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UniPROBE - Universal PBM Resource for Oligonucleotide Binding Evaluation Database
Titel: UniPROBE - Universal PBM Resource for Oligonucleotide Binding Evaluation Database
Titel Kurzform: UniPROBE
Identifier: http://the_brain.bwh.harvard.edu/uniprobe/
Autor: Bulyk, Martha L.; et al.
Zusammenfassung: Die UniPROBE-Datenbank (Universal PBM Resource for Oligonucleotide Binding Evaluation) beherbergt Daten, die durch universelle Proteinbindungs-Microarray(PBM)-Technologie zu den in-vitro DANN-Bindungsspezifitäten von Proteinen generiert wurden. Diese erstmalige Herausgabe der UniPROBE-Datenbank bietet eine zentrale Ressource für die Zugänglichkeit von vergleichenden Daten zu den Präferenzen von Proteinen aller möglicher Sequenzvariationen (‚Worte“) von Länge k („k-mere“), wie auch „Position weight matrix“ (PWM) und graphische Sequenz-Logo-Repräsentationen der k-mer-Daten. Alles in allem enthält die Datenbank aktuell DNA-Bindungsdaten von 406 nicht-redundanten Proteinen aus einer diversen Sammlung von Organismen, einschließlich dem Prokaryoten Vibrio harveyi, dem eukaryotischen Malaria-Parasiten Plasmodium falciparum, dem parasitischen Apicomplexan Cryptosporidium parvum, der Hefe Saccharomyces cerevisiae, dem Wurm Caenorhabditis elegans, Maus und Mensch. Die Datenbank-Web-Tools (auf der rechten Seite) schließen eine text-basierende Suche, eine Funktion für den Zugang zu Motif-Ähnlichkeiten zwischen durch den Nutzer eingetragenen Daten und Datenbank-PWMs, und eine Funktion für die Lokalisierung von mutmaßlichen Bindungsstellen in den vom Nutzer eingegebenen Nukleotidsequenzen. [Information des Anbieters, übersetzt]
Thema: Proteine (572.6);
Nukleotide (572.85)
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Zielgruppe: Experten
Sprache: Englisch
Format: Website; Datenbank
Ressourcentyp: Fakten-Datenbanken
Zugang: frei
Letzte Änderung des Metadatensatzes: 28.11.2012
Metadatenlieferant: UBFfm
URL dieses vifabio-Datensatzes: http://www.vifabio.de/iqfBio/detail/7763
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