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SUPERFAMILY database of structural and functional protein annotations for all completely sequenced organisms
SUPERFAMILY database of structural and functional protein annotations for all completely sequenced organisms
| Titel: | SUPERFAMILY database of structural and functional protein annotations for all completely sequenced organisms |
| Titel Kurzform: | SUPERFAMILY |
| Titel alternativ: | Superfamily - HMM library and genome assignments server |
| Identifier: | http://supfam.org/SUPERFAMILY/ |
| Autor: | Gough, Julian; et al. |
| Zusammenfassung: | SUPERFAMILY ist eine Datenbank mit strukturellen und funktionellen Anmerkungen für alle Proteine und Genome. Die SUPERFAMILY-Erläuterungen basieren auf einer Sammlung von verborgenen Markov-Modellen, welche die strukturellen Proteindomänen, an der SCOP Superfamily ausgerichtet, repräsentieren. Eine Superfamilie fasst Domänen zusammen, die eine evolutionäre Verwandtschaft aufweisen. Die Erläuterungen entstanden durch das Scannen der Proteinsequenzen von über 2414 komplett sequenzierten Genomen gegen das verborgene Markov Modell. Für jedes Protein kann man: a) Sequenzen für die SCOP Klassifikation zusammenstellen; b) die Domänen Organisation, den Sequenzabgleich und Protein-Sequenz-Details anzeigen lassen. Für jedes Genom kann man: a) einen Superfamilien-Abgleich, phylogenetische Bäume, Domänen-Organisations-Listen und Networks prüfen; b) über- und unterrepräsentierte Superfamilien mit Hilfe des Genomes prüfen Für jede Superfamilie kann man: a) eine SCOP Klassifikation, funktionelle Erläuterungen, Gen-Ontologie-Erläuterungen, InterPro Auszüge und Genome Zuordnungen durchsehen; b)die Taxonomische Verteilung einer Superfamilie über einen Stammbaum erkunden Alle Erläuterungen, Modelle und die Datenbank sind für jeden frei zum Download verfügbar. SUPERFAMILY ist ein Mitglied der InterPro Vereinigung von Protein erläuternden Datenbanken und wurde in das „Ensamble eukaryotic genome project“ und „The Arabidopsis Information Resource“ aufgenommen. Bis heute sind die SUPERFAMILY-Veröffentlichungen über 1000 Mal zitiert worden. SUPERFAMILY wurde in strukturellen, funktionellen, evolutionellen und phylogenetischen Forschungsprojekten genutzt. [Information des Anbieters, übersetzt] |
| Thema: |
Proteine (572.6); Allgemeine Themen der biochemischen Genetik (572.83) » finde ähnliche Quellen! |
| Zielgruppe: | Experten |
| Sprache: | Englisch |
| Format: | Website; Datenbank |
| Ressourcentyp: | Fakten-Datenbanken |
| Zugang: | frei |
| Letzte Änderung des Metadatensatzes: | 18.06.2014 |
| Metadatenlieferant: |
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| URL dieses vifabio-Datensatzes: | http://www.vifabio.de/iqfBio/detail/7754 |
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