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CPLA - Compendium of Protein Lysine Acetylation
Titel: CPLA - Compendium of Protein Lysine Acetylation
Titel Kurzform: CPLA
Identifier: http://cpla.biocuckoo.org/
Autor: Xue, Yu; et al.
Veröffentlicht durch: Huazhong University of Science and Technology / Department of Systems Biology / Cuckoo Workgroup
Zusammenfassung: Es gibt zwei Arten von Acetylierungsprozessen, die in den meisten Proteinsequenzen auftreten. Die erste Nα-terminale Acetylierung wird durch eine Vielzahl von N-terminalen Acetyltransferasen (NATs) bewirkt, die die co-translationale Übertragung der Acetylgruppe des Acetyl-CoA auf die α-Aminogruppe der Proteinkette katalysieren. Auch wenn die Nα-terminale Acetylierung in Prokaryoten selten ist, wird geschätzt, dass ca. 85% der eukaryotischen Proteine Nα-terminal modifiziert werden. Der zweite Typ ist die Nε-Lysin-Acetylierung, die die ε-Aminogruppe des Proteins Lysin spezifisch modifiziert. Zwar ist die Lysin-Acetylierung seltener, aber trotzdem eine der bedeutendsten und ubiquitiösen post-translationalen Modifikationen, die in Prokaryoten und Eurayoten konserviert ist. Zudem sind die Acetylierung und Deacetylierung dynamisch und zeitweise durch Histon-Acetyltransferasen (HAT) und Histon-Deacetylasen (HDAC) reguliert. Seit die Zahl der bekannten Acetylierungsstellen rapide zugenommen hat, ist die Sammlung der experimentellen Daten und die Bereitstellung einer integrierten Ressource für die Allgemeinheit ein dringendes Thema. Letztlich haben schon manche öffentliche Datenbanken, wie PhosphoSitePlus, HPRD, SysPTM, und dbPTM Protein-Acetylierungs-Informationen umfasst. In diesen Datenbanken wurden sowohl Daten zu Nα-terminaler und Nε-Lysin-Acetylierung gesammelt, wohingegen Lysin-Acetylierungsstellen meist nur einen limitierten Teil der kompletten Datensätze einnahmen. Deshalb sind noch einige tausend Lysin-Acetylierungsstellen in anderen Arten nicht gesammelt. Die CPLA 1.0-Datenbank wurde am 1. März 2010 aktualisiert und enthält 3,311 einzigartige Proteineintragungen mit 7,151 Lysin-Acetylierungsstellen. Der Online-Service von CPLA 1.0 wurde in PHP + MySQL + JavaScript eingebaut. Und die lokalen Packages von CPLA 1.0 wurden in JAVA 1.5 entwickelt. Die Datenbank wird aktualisiert, sobald neue acetylierte Lysin-Reste bekannt werden. [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Thema: Proteine (572.6)
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Zielgruppe: Experten
Sprache: Englisch
Format: Website; Datenbank
Ressourcentyp: Fakten-Datenbanken
Zugang: frei
Letzte Änderung des Metadatensatzes: 07.01.2013
Metadatenlieferant: UBFfm
URL dieses vifabio-Datensatzes: http://www.vifabio.de/iqfBio/detail/7748
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