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Sie betrachten Ressourcen für:
Proteine
Proteine
"Hot Spots sind energetisch wichtige Seitenketten auf Proteinkontaktstellen und sind nicht zufällig über die Berührungsfläche verstreut, sondern ziemlich konzentriert. Diese gebündelten Hot Spots bilden Hot Regions. Hot Regions sind wichtig für die Stabilität von Proteinkomplexen und liefern auch die Spezifität der Bindungsstellen. Wir schlagen eine Datenbank namens HotRegion vor, welche die Hot Region-Informationen der Bindungsflächen durch die Verwendung vorhergesagter Hot Spot-Seitenketten und ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
http://prism.ccbb.ku.edu.tr/hotregion
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32.
IDEAL database
IDEAL (Intrinsisch ungeordnete Proteine mit extensiver Kommentierung und Literatur) bietet eine Sammlung von Wissen über experimentell bestätigte, intrinsisch ungeordnete Proteine (Intrinsically Disordered Proteins – IDPs) oder intrinsisch ungeordnete Regionen (Intrinsically Disordered Regions – IDRs). IDEAL beinhaltet von Hand gepflegte Vermerke über IDPs in Lokalisierungen, Strukturen und funktionellen Seiten wie Proteinbinderegionen und posttranslationalen Modifizierungsstellen zusammen mit Referenzen ... [Information des Anbieters, übersetzt]
http://www.ideal.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/
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Die "Indel Flanking Region"-Datenbank (kurz IndelFR) ist eine Online-Ressource für Indels und die flankierenden Regionen von Proteinen aus den SCOP (Structural classification of Proteins)-Superfamilien. Das Ziel der Datenbank soll die Bereitstellung eines vergleichenden Datensatzes für die Analyse der Qualität von Aminosäure-Insertionen oder -Delektionen (Indels), Substitutionen und die Beziehung zwischen ihnen sein.
Die Unterseite "SCOP Tree" bietet Ihnen Informationen, die nach der Klassifikation ... [Information des Anbieters, übersetzt]
http://indel.bioinfo.sdu.edu.cn/
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Von einem Schlagwort oder PDB-Eintrag eines Komplexes aus können sie nach Folgendem durchsuchen: Homologe für jeden Proteinstrang in anderen Komplexen; Strukturelle Interologe für jede Kontaktstelle; Erfassung von Strukturen der Berührstellen, überlagerte Interlogstrukturen und vorhergesagter Sequenzabgleich in verschiedenen Spezies. [Information des Anbieters, übersetzt]
http://biodev.cea.fr/interevol
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35.
JASPAR database
JASPAR ist eine Datensammlung zu Transkriptionsfaktoren und ihren DNA-Bindungen, modelliert in Form von Matrizes. Diese können in Position Weight Matrices (PWMs or PSSMs) konvertiert werden, wie sie für das Scannen von Genomsequenzen verwendet werden.
JASPAR ist die einzige Datenbank zu diesem Themengebiet, bei der die Daten ohne Einschränkungen, das heisst nach dem Open-source-Prinzip zur Verfügung stehen. Für eine umfassende Übersicht zu den Modellen und ihren möglichen Verwendungen vergleiche ... [Information des Anbieters, übersetzt]
http://jaspar.genereg.net/
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LOCATE ist eine kuratierte Datenbank für Daten über die molekulare Organisation von Membranen und die subzellulare Lokalisierung von Proteinen aus den RIKEN FANTOM4-Proteinsequenz-Daten für Maus (Mus musculus) und Mensch (Homo sapiens; Mammalia). [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
http://locate.imb.uq.edu.au/
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Auf Massenspektrometrie basierende Proteomik ist zu einer mächtigen Technologie für die Erforschung der Protein-Zusammensetzung von Organellen, Zelltypen und Geweben geworden. In unserem Department läuft ein umfassendes Programm zum Mapping dieser Proteome, welches durch die Max-Planck Unified (MAPU) Proteome Database unterstützt wird. MAPU enthält Daten zu Proteomen mehrerer Körperflüssigkeiten, inklusive Plasma, Urin und Gehirnflüssigkeit. Auch grundlegende Annotationen sowie Links zu anderen öffentlich ... [Information des Anbieters, übersetzt]
http://www.mapuproteome.com/
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The Membrane Protein Data Bank (MPDB) is an online, searchable, relational database of structural and functional information on integral, anchored and peripheral membrane proteins and peptides. Data originates from the Protein Data Bank and other databases, and from the literature. Structures are based on X-ray and electron diffraction, nuclear magnetic resonance and cryoelectron microscopy. The MPDB is searchable online by protein characteristic, structure determination method, crystallization technique, ...
http://www.mpdb.tcd.ie/
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Diese Webseite bietet eine aktuelle Liste mit Strukturen von Membranproteinen, die anhand von Röntgen- und Elektronenbeugung bestimmt wurden. Auch sind Verlinkungen zu der Protein Data Bank und anderen nützlichen Seiten zu finden. Obwohl diese Datenbank Strukturen erfasst, die mittels Diffraktionsmethoden ermittelt wurden, sind auch einige NMR-basierte Strukturen enthalten. [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
http://blanco.biomol.uci.edu/mpstruc/
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MfunGD bietet eine Datensammlung zu annotierten Proteinen der Maus und zu deren Auftreten in Protein-Netzwerken. Die Annotation von Protein-Funktionen erfolgt unter Verwendung des "Functional Catalogue (FunCat) Annotation Scheme", welches ein hierarchisch strukturiertes Klassifikationssystem darstellt . [Information des Anbieters, übersetzt]
http://mips.helmholtz-muenchen.de/genre/proj/mfungd/
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