Der Abbau von Xenobiotika und anderen toxischen Substanzen durch Mikroorganismen ist ein zentraler Aspekt der Strategien für die mikrobiologische Sanierung kontaminierter Lebensräume. Das "Center for Microbial Ecology" der Michigan State University und der Rutgers University iniziierten eine Studie zur Etablierung der phylogenetischen Verteilung von beschriebenen, biodegradierenden Mikroorganismen mit dem Ziel der Identifikation von Mustern innerhalb mikrobieller degradativer Prozesse in einem phylogenetischen Kontext und zur Gewinnung von Erkenntnissen zur Evolution dieser Prozesse. Diese andauernden Bemühungen wurde durch Bakterienstamm-Daten, welche schwierig zusammen zu tragen und oft zwischen den Bakterienstämmen nicht vergleichbar sind, erschwert, und unterstreicht die potentielle Nützlichkeit einer Datenbank, die solche mikrobiellen Daten auf Stamm-Ebene zusammenbringt. Um diese Notwendigkeit anzusprechen und eine solche Ressource für die Wissenschaftsgemeinde bereit zu stellen, haben wir die Biodegradative Strain Database (BSD) entwickelt. Sie soll einen schnellen Zugang zu vergleichenden Daten von bekannten biodegradativen Mikroorganismen und der gefährlichen Substanzen, die diese abbauen, festigen und ermöglichen. Somit soll BSD vergleichende Analysen ermöglichen und Wissenslücken in diesem Gebiet aufzeigen. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
hiPathDB stellt 2 verschiedene Typen von Integration/Verknüpfung zur Verfügung. Die Verknüpfung auf Pathway-Ebene (Stoffwechselebene) ist eine einfache Sammlung von verschiedenen Pathways, so wie sie in der ursprünglichen Datenbank beschrieben wurden. Wir entwickelten ein gen-zentriertes Pathwaymodel, das verschiedene Eigenschaften von vier Datenbanken wiederspiegelt. Die allumfassende Integration erstellt einen Super-Pathway, der alle Pathways miteinander verknüpft, indem er redundante Komponente vereinigt. Auch wenn detaillierte molekulare Informationen, wie die Komplexbildung oder die Modifikation in einzelnen Fällen verloren gehen können, bietet der vereinigte Superpathway einen Überblick über das aktuelle Wissen von menschlichen Pathways, besonders in Bezug auf das Verständnis von Beziehungen zwischen verschiedenen Pathways. Eine andere starke Leistung von hiPathDB ist das eingebaute Pathway-Visualisierungs–Modul, um wissenschaftliche Studien zu komplexen Netzwerken auf interaktivem Wege zu unterstützen. Der kraftgerichtete Layout-Algorithmus ist für fast alle automatischen Visualisierungen von Pathways optimiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Human Metabolome Database (HMDB) ist eine frei verfügbare elektronische Datenbank für Detailinformationen zu niedermolekularen Metaboliten, die im menschlichen Körper vorkommen. Die beabsichtigten Verwendungsbereiche liegen bei Metabolomics, Klinischer Chemie, Biomarker-Identifizierung und in der Ausbildung. Die Datenbankstruktur ist darauf angelegt, drei Arten von Daten zu speichern bzw. zu verlinken: 1) chemische Daten, 2) klinische Daten und 3) molekularbiologische/biochemische Daten. Zur Zeit enthält die Datenbank fast 2500 Einträge zu Metaboliten; sowohl wasserlösliche als auch fettlösliche Metabolite, und sowohl in größerer Menge auftretende (> 1 uM) als auch seltenere Metabolite (< 1 nM) werden berücksichtigt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Sequencing of the human genome has opened the way and provided the impetus for building a comprehensive picture of a mammalian cell. Significant efforts are underway in the fields of genomics and proteomics to identify all genes and proteins in a given organism. The goal is a complete map of the genes, gene products and their interaction networks in a functioning cell. The next step in establishing a comprehensive picture of a cell will be to tie the cell's metabolome into the rapidly developing genomic and proteomic maps. A cell's metabolome, however, is such an enormous and complex entity that characterizing it can only be approached in sections. This consortium is now proposing to focus on the lipid section of the metabolome by developing an integrated metabolomic system capable of characterizing the global changes in lipid metabolites ("lipidomics"). Our consortium has developed a Lipid Metabolites and Pathways Strategy, termed LIPID MAPS, that applies a global integrated approach to the study of lipidomics. ... [Information of the supplier]
MeRy-B ist eine Pflanzenmetabolom-Plattform, die es ihren Nutzern erlaubt, metabolische NMR-Profile von Pflanzen abzulegen und zu visualisieren. MeRy-B ist eine web-basierende Applikation mit öffentlichem und privatem Zugang. Sie wurde entwickelt, um das Wissen von kuratierten Pflanzenprofilen und Metaboliten unter Einbeziehung von NMR zu erweitern, die Daten abzufragen und zu visualisieren, Biomarker mittels Visualisierung der Spektren und statistischer Werkzeuge zu detektieren und bei der Biomarker-Identifikation zu assistieren. Die Plattform enthält Pflanzenmetaboliten und Listen unbekannter Stoffe mit Information über experimentelle Bedingungen und Metabolitkonzentrationen von verschiedenen Pflanzenarten, welche aus Tausenden von kuratierten und kommentierten NMR-Profilen vieler Organe oder Gewebe zusammengetragen wurden. Um Daten hochladen zu können, kontaktieren Sie bitte den Administrator. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MMMDB 1.2 ist eine frei erhältliche metabolische Datenbank, die eine Sammlung von in verschiedenen Geweben einzelner Mäuse gemessenen Metaboliten enthält. Die Datensätze wurden unter Benutzung eines einzigen Instruments gesammelt, und es fließen keine Informationen aus externen Literaturquellen ein. Diese Tatsache ist für das Erfassen eines ganzheitlichen Überblicks großer metabolischer Stoffwechselwege von besonderer Bedeutung. Momentan werden Daten von folgenden Geweben in der Datenbank bereitgestellt: Großhirn, Kleinhirn, Thymus, Milz, Lunge, Leber, Niere, Herz, Pankreas, Hoden und Plasma. Nicht-gerichtete Analysen wurden durch Kapillarelektrophorese-Laufzeit-Massenspektroskopie (CE-TOFMS) durchgeführt, deshalb wurden sowohl identifizierte Metabolite als auch unbekannte Peaks (ohne passenden Standard) zur vorliegenden Datenbank hinzugefügt. Es werden nicht nur quantifizierte Konzentrationen, sondern auch rohe Daten, wie Elektropherogramme, Massen-Spektroskopie-Ergebnisse und Kommentare (wie Isotop und Fragment) für die Nutzer der Datenbank bereitgestellt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
UniPathway ist eine manuell gepflegte Ressource zu enzymkatalysierten und spontanen chemischen Reaktionen. Sie liefert hierarchische Repräsentationen von metabolischen Stoffwechselwegen und ein kontrolliertes Vokabular für Pathway-Erläuterungen in UniProtKB. UniPathway-Daten sind verknüpft mit schon existierenden metabolischen Ressourcen wie zum Beispiel ChEBI/Rhea, KEGG and MetaCyc. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Yeast Metabolome Database (YMDB) ist eine manuell gepflegte Datenbank für kleine Molekülmetaboliten, die in Saccharomyces cerevisiae gefunden oder produziert wurden. Diese Datenbank behandelt Metaboliten, die in Büchern, wissenschaftlichen Journalen, metabolischen Rekonstruktionen oder anderen elektronischen Datenbanken beschrieben werden. YMDB enthält Metaboliten, die sowohl bei normalem Saccharomyces cerevisiae-Metabolismus unter definierten Bedingungen im Labor als auch Metaboliten, die in Saccharomyces cerevisiae vorkommen, wenn es zum Backen oder zur Produktion von Wein, Bier oder anderen Spirituosen benutzt wird. YMDB enthält derzeit 2027 kleine Moleküle mit 857 assoziierten Enzymen und 138 assoziierten Transportern. Jedes kleine Molekül hat 48 Datensätze, die das Molekül, seine chemischen Eigenschaften und Links zu spektralen und chemischen Datenbänken beschreiben. Jedes Enzym/jeder Transpoter ist verbunden mit seinem assoziierten Metaboliten und hat 30 Datensätze, die sowohl das Gen als auch das korrespondierende Protein beschreiben. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
