ChemMine is a compound mining database that facilitates drug and agrochemical discovery and chemical genomics screens. Its web service is divided into three major functional components: (1) Compound Database, comprising Annotation Search and Structure Search; (2) Cheminformatics Workbench; and (3) Screening Database. A detailed tutorial for using ChemMine's online services is available on the ReadMe page. ... [Information of the supplier, modified]
Cell Circuits ist eine Open-Access-Datenbank für Modelle molekularer Netzwerke. Die Datenbank verbindet pair-wise molekulare Wechselwirkungen und Datenbanken mit validierten Pathways. Die Datenbank nutzt Algorythmen, die molekulare Interaktionsnetzwerke durchsuchen. Es kann nach den Gennamen, Proteinnamen und der Genontologie gesucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die BioSamples-Datenbank (BioSD) auf der EBI-Webseite ist entwickelt worden, um Informationen über biologische Proben (Sample), besonders Proben aus anderen EBI-Datenbanken zu verwalten. BioSD-Daten werden mit NCBI (National Center for Biotechnology Information) ausgetauscht. Der Zweck der BioSamples-Datenbank ist eine vereinheitliche Archivierung und einen Zugang zu Informationen über biologische Proben bereitzustellen. Diese Proben können Forschungsinformationen aus anderen Datenbanken (z.B. Sequenzen, Struktur, Expression) archivieren. Physikalische Proben können außerdem für weitere Studien der Anbieter zugänglich sein. Die Definition eines Samples ist flexibel. Die meisten Proben sind relativ einfach, so wie Gewebe eines individuellen Organismus. Allerdings kann ein Sample auch eine Umweltprobe (z.B. für metagenomische Analysen), ein Hybrid zwischen zwei Arten, infiziertes Gewebe etc. sein. In der BioSamples Datenbank werden Sammlungen von Proben als „Vorlagen“ behandelt. Jede Vorlage ist eine SampleTab Format Datei, die zu biosamples@ebi.ac.uk gemailt wird. Manche gut betreute und hoch-frequentierte Vorlagen können Referenz-Samples werden, z.B. ENCODE cell lines. Das sind Samples, die von besonderem Interesse sind und Datensätze von verschiedenen Technologien, die mit ihnen zusammenhängen, beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EBIMed ist eine Webanwendung, die Informationsabfrage und -extrahierung aus Medline kombiniert. EBIMed findet Medline-Zusammenfassungen auf dieselbe Art wie Pubmed. Anschließend geht es einen Schritt weiter und analysiert diese, um einen kompletten Überblick über Verbindungen zwischen UniProt-Protein/Gen-Namen, GO-Anmerkungen, Wirkstoffe und Arten zu bieten. Das Ergebnis wird in einer Tabelle gezeigt, welche alle Verbindungen und Verknüpfungen zu den Aussagen und den Originalabstracts aufweist, die diese stützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Heutzutage können riesige Mengen von kleinen Molekülbindungsstellen in Protein Datenbanken (PDB) gefunden werden. Der vollständige Vergleich von diesen ist sehr aufwendig, aber nützlich für die Vorhersage von Proteinfunktionen und die Stoffermittlung. Wir stellen einen ungemein schnellen Algorithmus, Sketch Sort genannt, zur Verfügung, welcher die Aufzählung von ähnlichen Paaren von Bindungsstellen in einer großen Anzahl von Protein-Ligand Bindungsstellen ermöglicht. Wir führten Paar-ähnlichkeits-Untersuchungen für 3,4 Millionen bekannte und potentielle Bindungsstellen mit der oben gennanten Methode durch und entdeckten über 24 Millionen ähnliche Paare von Bindungsstellen. Wir präsentieren unsere Ergebnisse in einer relationalen Datenbank als Taschen-Ähnlichkeits-Suche, welche Multiple-Sketches (PoSSuM) benutzt. Inkludiert sind alle entdeckten Paare mit Erläuterungen der verschiedenen Typen (u.a. CATH, SCOP, EC Nummer, Gen Ontologie). PoSSuM ermöglicht einen enormen Aufschluss über ähnliche Bindungsstellen unter Strukturen mit verschiedenen oder auch ähnlichen globalen Faltungen. Desweiteren ist PoSSuM hilfreich, um einen bindenden Ligand für eine ungebundene Strukturen zu prognostizieren. Die Nutzer können ähnliche Bindungstaschen in zwei Suchmodi suchen: ii) „Search K“ ist nützlich, um ähnliche Bindungsstellen für eine bekannte Ligand-Bindungsstelle zu finden. Poste eine bekannte Bindungsstelle in der PDB und PoSSuM wird eine ähnliche Bindungsstelle für die gesuchte Stelle finden. ii) „Search P“ ist nützlich für das Prognostizieren von Liganden, die potentiell an eine bestimmte Struktur binden. Poste eine bekannte Protein Struktur (PDB ID) in der PDB und PoSSuM wird eine bekannte Liganden-Bindungsstelle für die gesuchte Struktur finden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
