Der "Molecular Genetics Explorer" ist eine BioQUEST Simulationssoftware zum Untersuchen biologischer Phänomene, die die Bereiche Genetik, Biochemie und Molekularbiologie umfasst. Sie wurde entwickelt, um Studenten die Beziehungen zwischen diesen drei Schlüsseldisziplinen der modernen molekularen Genetik zu verdeutlichen, welche auf dem Botsteinschen Dreieck beruhen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Menschen empfinden zahlreiche chemische Verbindungen als bitter. Die Bitterheit eines Stoffes weist oft auf seine mögliche Giftigkeit und die Abneigung gegen Bitteres hilft, Giftiges nicht zu sich zu nehmen. Ein gut bekanntes Beispiel ist Strychnin. Einige andere bittere Stoffe, wie Koffein, sind genießbar und werden in großen Mengen konsumiert, während sie in hohen Dosen giftig sind. Die Zahl der bitteren Moleküle wird in die Tausende geschätzt. Aber was sind diese Verbindungen? Wie ähnlich oder verschieden sind ihre chemischen Eigenschaften? Agieren sie an den selben oder unterschiedlichen Rezeptoren? Ist es möglich, die Bitterheit eines Moleküls vorherzusagen? Um die Erforschung dieser verblüffenden Fragen zu ermöglichen, haben wir BitterDB gegründet, eine freie und duchsuchbare Datenbank von bitteren Stoffen. BitterDB enthält aktuell über 550 bittere Moleküle, aus der Literatur sowie dem Merck Index, und ihre zugehörigen 25 menschlichen Bittergeschmacksrezeptoren (ht2R). BitterDB bietet verschiedene Möglichkeiten, die bittere Welt zu untersuchen: Die Suche nach bitteren Verbindungen nach verschiedenen Kriterien und die Suche nach bitteren Molekülen mit ähnlicher Struktur zur angefragten Verbindung, BLAST von Bitterrezeptoren und mehr. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die CAPS-Datenbank bietet eine strukturelle Klassifizierung von Helix-Cappings oder Cappings, die aus Proteinstrukturen zusammengetragen sind. Kappen aus Proteinstrukturen wurden strukturell nach Geometrie und Konformation eingeteilt und baummäßig in einer hierarchischen Ordnung gegliedert, wo die verschiedenen Ebenen den verschiedenen Eigenschaften der Kappen entsprechen. Die CAPS-Datenbank ist vollständig navigier- und durchsuchbar und wird regelmäßig aktualisiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ccPDB (Erfassung und Gestaltung von Datensätzen aus PDB) wurde geschaffen, um Hilfe für die wissenschaftliche Öffentlichkeit zu bieten, die im Bereich der Funktions- oder Strukturanalyse von Proteinen arbeitet. Diese Datensammlung an Datensätzen basiert auf der Protein Data Bank (PDB), wo alle Datensätze von der PDB bezogen werden. ccPDB besitzt 4 Module: i) Erfassung von Datensätzen, ii) Erzeugunmg von Datensätzen, iii) Web Services und iv) wichtige Links. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cube-DB ist eine Datenbank von vorher ausgewählten Konservierungs- und Spezifikationsbewertungen für Seitenketten in paralogen Proteinen, welche zu mehrfach unterteilten Familien von menschlichen Proteinen gehören. Die Proteinfamilienklassifikation folgt häufig der Klassifikation, welche vom HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC) vorgeschlagen wurde. Sätze von orthologen Proteinsequenzen werden durch wechselseitig am besten passende Strategien erzeugt, die das gesamte, in Ensembl erhältliche Säugetiergenom benutzen. Die auf der „Doc“-Seite beschriebenen Ergebnisse beziehen sich auf jede einzelne Seitenkette in einem Protein, und sind in Tabellenform aufgelistet (HTML oder downloadfähiges xls-Format), und, falls erforderlich, mit der zugehörigen Struktur (Jmol, Pymol, Chimera) kartiert. Bitte testen sie unsere Unterseiten, oder klicken Sie auf den „Browse“–Link auf der rechten Seite, um auf die Liste der gesamten Ergebnisse zuzugreifen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Webseite der Datenbank für vergleichbare ribosomale Komplexe (DARC – Database für Aligned Ribosomal Complexes) ist ein Hilfsmittel für den direkten Vergleich der Strukturen von verfügbaren ribosomalen Komplexen. Die Webseite bietet eine Sammlung von Dateien, die in der RCSB Proteindatenbank und der Electron Microscopy Datenbank hinterlegt sind, und die abgeglichen wurden, sodass ein direkter Vergleich der Strukturen möglich ist. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Proteomik ist eine sehr junge Forschungsrichtung mit einer sehr viel älteren Wurzel: der Proteinanalytik. Diese befaßt sich mit der Aufklärung von molekularen Eigenschaften wie Aminosäuresequenz, dreidimensionale Struktur und biologische Aktivität individueller Proteine. Untersuchungsgegenstand der Proteomik ist demgegenüber die Gesamtheit aller Proteine in einer biologischen Probe im Moment der Untersuchung und bei den dafür gültigen Bedingungen. Dafür wurde vor etwa 7 Jahren der Begriff "Proteom" geprägt. Die DGPF versteht sich als Plattform, um die in Deutschland an verschiedenen Standorten und im Rahmen unterschiedlicher Programme angelaufenen Proteomik-Aktivitäten unter einem Dach zusammenzuführen und darüber hinaus die Proteomforschung durch national und international abgestimmte Initiativen voranzubringen. Durch eine übergreifende Koordination soll eine Bündelung und optimale Nutzung der nationalen Forschungs-kapazitäten herbeigeführt werden, um im weltweiten Wettbewerb an führender Stelle bestehen zu können. ... [Information des Anbieters]
DOLOP provides information for several hundred lipoproteins with relevant links to molecular details. Features include functional classification, predictive algorithm for query sequences, primary sequence analysis and lists of predicted lipoproteins ... [Information of the supplier, modified]
DOMMINO ist eine umfassende Strukturdatenbank für molekulare Interaktionen. [...] Zusätzlich zu Domäne-Domäne- und Domäne-Peptid-Interaktionen charakterisiert die Datenbank die Interaktion zwischen Domänen und unstrukturierten Proteinregionen, die nicht Teil einer Domäne sind, wie zum Beispiel Linker, N- und C-Termini. Die Interaktionen, die letztere unstrukturierte Bereiche von Proteinen beinhalten, werden in dieser Datenbank zum ersten Mal zusätzlich bereitgestellt, ca. 186.000 Interaktionen (ca. 45% der Gesamtinteraktionen, Stand: Juni 2011). [...] Umfang neuer Strukturdomänen: DOMMINO verwendet eine der genauesten Strukturklassifizierungen für Proteine, SCOP. Zusätzlich zu den existierenden SCOP-vermerkten Domänen nutzen wir einen hochmodernen, maschinellen Lernansatz, um neuere Proteinstrukturen in existierende SCOP-Familien einzuordnen. Mit dem Fortschritt der strukturellen Genetik erwarten wir keinen signifikanten Wachstum von strukturell neuen Faltungen oder Proteinfamilien, und daher erlaubt unsere Methode eine Abdeckung fast aller neuen Proteinstrukturen. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Unser Ziel: Die Proteinfaltung, die Proteinaggregation und die damit zusammenhängende Krankheiten zu verstehen. Proteine sind biologische Arbeitspferde – es sind „Nanomaschinen“. Bevor Proteine ihre biochemische Arbeit aufnehmen, bauen sie sich bemerkenswert selbst zusammen oder „falten“ sich. Obwohl der Prozess der Proteinfaltung entscheidend ist und die Grundlage der ganzen Biologie darstellt, ist er für uns noch immer ein Geheimnis. Es ist daher wohl nicht überraschend, dass es schwere Auswirkungen hat, wenn sich Proteine nicht richtig falten (im englischen „misfold“). So entstehen viele bekannte Krankheiten, wie Alzheimer, BSE, CJD (Creutzfeldt-Jakob-Krankheit), ALS (Amyotrophe Lateralsklerose) oder Parkinson. Was macht Folding@Home? Folding@Home ist ein Projekt für verteiltes Rechnen (Distributed Computing) - Menschen aus der ganzen Welt scharen sich zusammen und führen unsere Software aus. Auf diese Weise entsteht einer der größten Supercomputer der Welt. Unsere Algorithmen sind so entworfen, dass wir für jeden Computer, der an dem Projekt teilnimmt, eine angemessene Zunahme der Simulationsgeschwindigkeit erhalten. Die einzigartige Kombination unserer neuen Methoden und des verteilten Rechnens ermöglicht uns Probleme zu bearbeiten, welche zigtausendmal aufwändiger sind als zuvor gelöste Probleme. Wir hatten bereits einige Erfolge. Mehr darüber lesen können Sie auf unserer Wissenschaftsseite, im Ergebnisbereich oder besuchen Sie unsere Presse- und Veröffentlichungs-Webseiten. ... [Information des Anbieters, verändert]