Synthetic biology has gained much attention since Craig Venter and his team in 2010 made the historic announcement of the creation of first fully functioning, reproducing cell controlled by synthetic DNA. The 2013 NCMLS New Frontiers symposium - a joint venture between the Radboud University Medical & Science faculties - will feature international keynote speakers as well as NCMLS top researchers, who will provide high-quality presentations on current achievements and challenges ahead in our quest to understanding the chemistry and biology of life. ... [Information of the supplier]
The second Computational RNA Biology conference will bring together computational researchers with experimentalists interested in non-coding RNA biology to discuss the latest developments in this fast moving field. In recent years, there have been important advances in identifying and understanding non-coding RNAs. They are involved in many biological processes and are increasingly seen as important in disease. Computational approaches greatly assist our understanding of how to characterise and understand the biological functions of these molecules. This meeting will cover all aspects of RNA biology with a focus on computational methods to elucidate structure, function and interactions of non-coding RNAs across different species. We expect to see many new exciting results unveiled through the application of high-throughput sequencing as well as single sequence approaches. This meeting follows on from the successful first conference held in 2014, which was characterised by excellent presentations and vibrant discussions. ... [Information of the supplier]
Der Allen Brain Atlas (ABA) stellt eine interaktive und genomweite Bilddatenbank der Genexpressionsmuster im Mäusegehirn dar. Auf der Webseite sind eine Kombination von RNA In-Situ Hybridisierungsdaten, ein ausführlicher Referenzatlas und ein IT-gestütztes Analysewerkzeug integriert worden, um einen durchsuchbaren, digitalen Atlas der Genexpression bereitzustellen. Zusammengenommen bieten diese Resourcen Ihnen eine umfangreiche Online-Platform für die Erforschung des Gehirns auf zellulärer und molekularer Ebene. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
In Bakterien sind kleine (~30-500 nt) nicht-kodierende RNAs (sRNAs ) die häufigste Klasse von post- transkriptionellen Regulatoren, die in vielfältigen Prozessen einschließlich dem Quorum Sensing, der Stress-Reaktion, der Virulenz und dem Kohlenstoff-Metabolismus beteiligt sind. Basierend auf den Zielmolekülen können sRNAs in zwei große Gruppen unterteilt werden: (i) mRNA bindende Antisense sRNAs und (ii) Protein bindenden sRNAs. Die Antisense-RNAs können außerdem als cis codierte Antisense-sRNAs, die vollständig komplementär zu ihren Zielen sind, und trans codierte Antisense-sRNAs, die nur teilweise komplementär zu ihren Zielen sind, kategorisiert werden. In jedem Fall kann die Wechselwirkung zwischen Antisense-RNA und Ziel-mRNA eine Vielzahl von biologischen Regelkreisen lenken. Jüngste Entwicklungen in High-Throughput- Techniken, wie genomische Tiling Arrays und RNA-Seq, haben unschätzbare Einblicke in die Erkennung und Charakterisierung von bakteriellen sRNAs geliefert. Allerdings steht eine umfassende bakterielle sRNA Datenbank noch nicht zur Verfügung, vor allem für die Integration und Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungs Daten. Deswegen haben wir die Datenbank BSRD (bakterielle regulatorische RNA Database) entworfen und aufgebaut, welche sRNAs aus über 783 Bakterienarten und 957 Stämmen zur Verfügung stellt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ChIPBase ist eine eine integrierte Ressource und eine Plattform für die Dekodierung von Transkriptionsfaktorbindungsstellenkarten, Expressionsprofile und transkriptionale Regulation der langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs, lincRNAs), microRNAs, anderer ncRNAs (snoRNAs, tRNAs, snRNAs, etc.) und Protein-kodierender Genen von ChIP-Seq Daten. ChIPBase umfasst derzeit Millionen von Transkriptionsfaktorbindungsstellen (TFBSs) aus 6 verschiedenen Arten. ChIPBase bietet verschiedene web-basierte Tools und Browser an, um TF-lncRNA, TF-miRNA, TF-mRNA, TF-ncRNA und TF-miRNA-mRNA regulatorische Netzwerke zu untersuchen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Webseite der Datenbank für vergleichbare ribosomale Komplexe (DARC – Database für Aligned Ribosomal Complexes) ist ein Hilfsmittel für den direkten Vergleich der Strukturen von verfügbaren ribosomalen Komplexen. Die Webseite bietet eine Sammlung von Dateien, die in der RCSB Proteindatenbank und der Electron Microscopy Datenbank hinterlegt sind, und die abgeglichen wurden, sodass ein direkter Vergleich der Strukturen möglich ist. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die virale siRNA Datenbank (VIRsiRNAdb) ist eine strukturelle Sammlung von experimentell bestätigten siRNAs, veröffentlicht in der wissenschaftlichen Literatur, welche auf diverse Gene von humanmedizinisch wichtigen Viren abzielen. Die Pflegebemühungen konzentrieren sich bisher hauptsächlich auf bekannte Viren, die mit bekannten Infektionskrankheiten beim Menschen in Verbindung gebracht werden. Derzeit liefert die Datenbank experimentelle Informationen von 1358 siRNAs, aus einschlägigen Pubmed-Artikeln, welche siRNA-Sequenzen, Virus-Subtypen, Zielgene, GenBank Zugänge, Design Algorithmen, Zelltyp und Wirksamkeit einschließen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
LncBase stellt Informationen für vorhergesagte und experimentell verifizierte miRNA - lncRNA Wechselwirkungen zur Verfügung. Die Datenbank besteht aus zwei getrennten Modulen. Das experimentelle Modul enthält detaillierte Informationen über mehr als 5.000 Wechselwirkungen zwischen 2.958 lncRNAs und 120 miRNAs, die sich von miRNA und lncRNA abhängigen Fakten bis zu Informationen über ihre Interaktionen, die experimentelle Validierung von Methoden und deren Ergebnisse erstrecken. Das Prognosemodul, das auf die neueste Version von DIANA - microT Ziel Prädiktionsalgorithmus ( DIANA - microT - CDS) basiert, enthält detaillierte Informationen über mehr als 10 Millionen Interaktionen zwischen 56.097 lncRNAs und 3.078 miRNAs, die sich von miRNA und lncRNA Details zu spezifischen Informationen über ihre Interaktionsstellen, grafische Darstellungen ihrer Bindungen und die vorhergesagten Ergebnisse erstrecken. Dieses Modul ermöglicht eine einzigartige Funktion zum Durchsuchen der Datenbank. Benutzer sind in der Lage genomische Positionen zu ihren Anfragen hinzuzufügen, um jede miRNA - lncRNA Interaktion, die mindestens ein MRE innerhalb der abgefragten Loci hat, zu durchsuchen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
This symposium assembles approximately 50 experts from different fields to discuss a fundamental new understanding of genetic novelty, code-generating, genome-formatting factors, multi-use nature for RNAgents and behavioral motifs of RNA-consortia. The small number of participants guarantees a relaxed and inspiring atmosphere for presentation and discussion. The Proceedings will be published. ... [Information of the supplier]
In Tieren regulieren RNA-Bindungsproteine (RBP) und mikroRNA (miRNA) die Expression von förmlich allen Genen post-transkriptional durch die Bindung von RNA. Aktuelle Fortschritte in experimentellen und kombinatorischen Methoden ermöglichen das transkriptom-weite Abbilden von diesen Interaktionen. Es wird vermutet, dass die kombinatorischen Aktivitäten von RBPs und miRNAs auf Target-mRNA einen post-transkriptionalen Code bilden. Wir stellen Ihnen eine Datenbank zur Verfügung, die die Suche nach der Entschlüsselung dieses regulatorischen Codes unterstützt. Innerhalb DoRiNA kuratieren, speichern und integrieren wir systematisch Daten zu Bindungsstellen für RBPs und miRNAs. Nutzer können einen auf ein bestimmtes Ziel (mRNA) oder einen Regulator (RBP und/oder miRNA) fokussierten Blick frei wählen. Wir haben einen Datenbankrahmen mit kurzen Suchzeiten für komplexe Suchbedingungen geschaffen (z.B. die Frage nach allen Targets einer bestimmten Kombination von Regulatoren). Alle Suchresultate können in Kombination mit einer riesigen Auswahl an anderen genom-weiten Daten durchsucht, inspiziert und analysiert werden, da unsere Datenbank direkt mit einer lokalen Kopie des UCSC-Genom-Browsers verbunden ist. Zur Zeit umfasst DoRiNA RBP-Daten von Mensch-, Maus- und Wurmgenom. [Quelle: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/15/nar.gkr1007.full, übersetzt] ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
