CGD ist eine systematische Sammlung von genetischen und molekularbiologischen Informationen über Candida albicans, eine Hefe, die als opportunistisches Pathogen des Menschen auftritt. Die Datenbank enthält Informationen über Candida albicans-Gene und -Proteine, Beschreibungen und Klassifizierungen ihrer biologischen Funktion und subzellulären Lokalisierung, Sequenzdaten zu Genen, Proteinen und Chromosomen, außerdem Werkzeuge für Analyse und Vergleich von Sequenzen und Links zu Literaturinformationen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die CATMA-Datenbank ist öffentlich und frei zugänglich. Das Ziel des vollständigen Acker-Schmalwand(Arabidopsis)-Transkriptom-MicroArray (Complete Arabidopsis Transcriptome MicroArray; CATMA)-Projekts war das Design und die Produktion von hochqualitativen genspezifischen Sequenz-Tags (GSTs), die nahezu das komplette Arabidopsisgenom abdecken. Das GST-Repertoire wird von einer Vielzahl von Gruppen für die Produktion von DNA-Arrays für Transkript-Profiling-Experimente verwendet. CATMA-Microarrays bilden die Basis des CAGE-Projekts, welches auf die Konstruktion einer Genexpressions-Referenzdatenbank für Arabidopsis abzielt. Die CATMA-GSTs sind außerdem das Basismaterial für das AGRIKOLA-Projekt, welches sich mit großflächigem systematischem RNAi-Silencing von Arabidopsis-Genen befasst. CATMA ist eine Zusammenarbeit von Forschungsgruppen aus 8 europäischen Ländern. Alle CATMA-Mitglieder sind öffentliche Laboratorien, teilweise mit Verbindungen zu privaten Forschungsinstituten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
This server is constructed around a database dedicated to the analysis of the genome of Escherichia coli: Colibri. Its purpose is to collate and integrate various aspects of the genomic information from E. coli, the paradigm of Gram-negative bacteria. Colibri provides a complete dataset of DNA and protein sequences derived from the paradigm strain E. coli K-12, linked to the relevant annotations and functional assignments. It allows one to easily browse through these data and retrieve information, using various criteria (gene names, location, keywords, etc.). ... [Information of the supplier]
Die MIPS Comprehensive Yeast Genome Database (CYGD) präsentiert Informationen zur molekularen Struktur und zum funktionalen Netzwerk eines als Modellorganismus vollständig sequenzierten Eukaryoten, der Hefe Saccharomyces cerevisiae. Zusätzlich sind Daten zu verwandten Hefen aus verschiedenen anderen Projekten für vergleichende Untersuchungen verfügbar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EcoGene 3.0 a ist ein neues Web-Interface für EcoGene.org, welches unter Benutzung von Drupal Open-Source Website-Software gestaltet wurde. EcoGene 2.0 und EcoGene präsentieren beide Daten aus unserer täglich aktualisierten relationalen MySql-Datenbank. Manche der Bereiche und Inhalte von EcoGene.org werden nur über EcoGene 3.0 erhältlich sein. EcoGene 2.0 wird über einen Link auf der EcoGene 3.0 Homepage für die, die es weiter nutzen möchten, verfügbar bleiben. EcoGene-RefSeq wurde zur Unterstützung des Nutzen der EcoGene-Graphik-Präsentationen und Tools mit anderen Genomen entwickelt. Aktuell sind 2074 vollständige Bakteriengenome aus dem NCBI-RefSeq-Projekt über EcoGene-RefSeq erreichbar. Querverweis-Mapping und Download wurde für den Nutzerzugang zu vielen zusätzlichen Zugangszahlen und anderen Gen-Identifers, wie z.B. Genname, Synonym entwickelt. GeneSets Venn-Diagramme, GeneSets wurden von Genen gesammelt, und in EcoTopics, EcoArray oder von Nutzern ausgestatteten Listen von Genen zusammengefasst. Venn-Diagramm ist eine interaktive Graphik-Präsentation von booleschen Suchvergleichen, die 1, 2 oder 3 Gen-Sätze verwenden. Weitere Informationen sind auf der EcoTools-Seite erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
FungiDB gehört zur EuPathDB-Familie von Datenbanken und ist eine integrierte genomische und funktional-genomische Datenbank für das Reich der Pilze. In der ersten Iteration (veröffentlicht Anfang 2011) enthielt FungiDB die Genome von 18 Pilzen, welche 17 Arten abdeckten. FungiDB bietet komplette Genomsequenzen und Erläuterungen und wird um experimentelle Daten erweitert sowie um aus der Umwelt isolierte Sequenzen, bereitgestellt von der Gemeinschaft der Wissenschaftler. Die Datenbank beinhaltet vergleichende Genomik, Analyse der Genexpression und zusätzliche bioinformatische Analysen sowie ein Webinterface zur Auswertung der Daten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Mit finanzieller Unterstützung der Wellcome Trust Functional Genomics Development Initiative strebt das Projekt GeneDB an, primär für drei Organismen kuratierte Datenbankressourcen zu entwickeln und zu unterhalten: Schizosaccharomyces pombe (vollständig sequenziert), sowie die Protozoen Leishmania major und Trypanosoma brucei (Sequenzierung noch abzuschließen). Zu den Zielen gehört, die Daten einzusammeln, zu speichern und zu pflegen, sie für die Integration in anlaufende Projekte im Bereich Functional genomics and proteomics zur Verfügung zu stellen, und eine einfach zu benutzende Schnittstelle zu bieten. Für die Zukunft wird in's Auge gefaßt, die übergreifend nutzbare Datenbankstruktur auch für Datensets zu anderen Organismen zu übernehmen, die am Sanger Institute Pathogen Sequencing Unit sequenziert wurden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Gramene ist eine kuratierte Open Source-Datenbasis für die vergleichende Genomanalyse bei Gräsern. Unser Ziel ist die Unterstützung von Untersuchungen zu interspezifischen Homologie-Beziehungen. Dabei wird auf Daten aus öffentlichen Projekten zurückgegriffen, die sich mit Genom- und EST-Sequenzierung, mit Analyse von Proteinstrukturen und -funktionen, mit genetischem Mapping, mit der Interpretation von biochemischen Stoffwechselwegen, mit der Lokalisierung von Genen und von QTL sowie mit phänotypischen Merkmalen und Mutationen befassen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Integrative und konjugative Elemente (ICEs) sind eine vielfältige Gruppe von mobilen genetischen Elementen, welche in Gram-positiven und Gram-negativen Bakterien gefunden wurden. ICEs sind selbst-übertragbare Elemente, die ein vollständiges Komplement für die Maschinerie zur Konjugation sowie aufwendige regulatorische Systeme für die Kontrolle des Ausschneidens aus dem Chromosom und den anschließenden, konjugativen Transfer beinhalten (Wozniak und Waldor, 2010; Burrus,2004). Diese multi-talentierten Einheit treibt ihre eigene Mobilisierung und potenziell auch die anderer „trampender“ genetischer Elemente voran und bewirkt einen horizontalen Gentransfer von virulenten Determinanten, Antibiotischen Resistenzgenen und anderen bakterieller Eigenschaften (Hastings. et al., 2004). ICEs werden mit steigenden Zahlen identifiziert, da Datenbanken mit sequenzierten Genomen exponentiell wachsen (Wozniak, et al., 2010; Ryan, et al., 2009; te Poele, et al., 2008; Burrus et al., 2002). Gegenwärtig sind nur wenige zur ICE-Familie klassifiziert worden, darunter als das am besten charakterisierte Element die SXT/R391-Famile von Vibrio cholerae, zum Beispiel SXT von Vibrio cholerae O139 MO10. Darüber hinaus wurden verschiedene Elemente, welche mehr als ein Jahrzehnt zuvor entdeckt wurden und vorher als Plasmid oder konjugative Transposons klassifiziert wurden, wie pSAM2 und Tn916, nun als ICEs definiert. ICEs bieten typischerweise eine Zahl an Eigenschaften, die interessant für die Forscher auf den Gebieten der prokariotischen Evolution, Pathogenese, Biotechnologie und Stoffwechselprozesse sind. Diese beinhalten ein hohes Niveau an funktioneller Diversität, fremdartiger und häufig geflickter Replikationsursprüngen sowie in geringem Umfang experimentelle Daten über dieses Gebilde. Wir sortieren die verfügbaren experimentellen und bioinformatischen Untersuchungsdaten und Literatur über bekannte und mutmaßliche ICEs in Bakterien in eine PostgreSQL-basierte Datenbank, genannt ICEberg. Wie der Name andeutet, erwarten wir, dass ICEberg weiter von seiner gegenwärtig sichtbaren, winzigen Spitze, welche das aktuelle Wissen über ICEs darstellt, zu einer sehr substantiellen Datenbank wächst, wo immer mehr dieser Objekte bestätigt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Diese Ressource bietet einen Überblick zu bisher bekannten Chromosomenzahlen innerhalb der Asteraceae. Über eine detaillierte Suchmaske sind Chromosomenzahlen, untersuchte Taxa und bibliographischer Nachweis der entsprechenden Publikationen abrufbar. In der Ressource sind Publikation bis inkl. 2009 erfasst (Stand 06/2009). [Redaktion vifabio]