This server is constructed around a database dedicated to the analysis of the genome of Escherichia coli: Colibri. Its purpose is to collate and integrate various aspects of the genomic information from E. coli, the paradigm of Gram-negative bacteria. Colibri provides a complete dataset of DNA and protein sequences derived from the paradigm strain E. coli K-12, linked to the relevant annotations and functional assignments. It allows one to easily browse through these data and retrieve information, using various criteria (gene names, location, keywords, etc.). ... [Information of the supplier]
Integrative und konjugative Elemente (ICEs) sind eine vielfältige Gruppe von mobilen genetischen Elementen, welche in Gram-positiven und Gram-negativen Bakterien gefunden wurden. ICEs sind selbst-übertragbare Elemente, die ein vollständiges Komplement für die Maschinerie zur Konjugation sowie aufwendige regulatorische Systeme für die Kontrolle des Ausschneidens aus dem Chromosom und den anschließenden, konjugativen Transfer beinhalten (Wozniak und Waldor, 2010; Burrus,2004). Diese multi-talentierten Einheit treibt ihre eigene Mobilisierung und potenziell auch die anderer „trampender“ genetischer Elemente voran und bewirkt einen horizontalen Gentransfer von virulenten Determinanten, Antibiotischen Resistenzgenen und anderen bakterieller Eigenschaften (Hastings. et al., 2004). ICEs werden mit steigenden Zahlen identifiziert, da Datenbanken mit sequenzierten Genomen exponentiell wachsen (Wozniak, et al., 2010; Ryan, et al., 2009; te Poele, et al., 2008; Burrus et al., 2002). Gegenwärtig sind nur wenige zur ICE-Familie klassifiziert worden, darunter als das am besten charakterisierte Element die SXT/R391-Famile von Vibrio cholerae, zum Beispiel SXT von Vibrio cholerae O139 MO10. Darüber hinaus wurden verschiedene Elemente, welche mehr als ein Jahrzehnt zuvor entdeckt wurden und vorher als Plasmid oder konjugative Transposons klassifiziert wurden, wie pSAM2 und Tn916, nun als ICEs definiert. ICEs bieten typischerweise eine Zahl an Eigenschaften, die interessant für die Forscher auf den Gebieten der prokariotischen Evolution, Pathogenese, Biotechnologie und Stoffwechselprozesse sind. Diese beinhalten ein hohes Niveau an funktioneller Diversität, fremdartiger und häufig geflickter Replikationsursprüngen sowie in geringem Umfang experimentelle Daten über dieses Gebilde. Wir sortieren die verfügbaren experimentellen und bioinformatischen Untersuchungsdaten und Literatur über bekannte und mutmaßliche ICEs in Bakterien in eine PostgreSQL-basierte Datenbank, genannt ICEberg. Wie der Name andeutet, erwarten wir, dass ICEberg weiter von seiner gegenwärtig sichtbaren, winzigen Spitze, welche das aktuelle Wissen über ICEs darstellt, zu einer sehr substantiellen Datenbank wächst, wo immer mehr dieser Objekte bestätigt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EcoGene 3.0 a ist ein neues Web-Interface für EcoGene.org, welches unter Benutzung von Drupal Open-Source Website-Software gestaltet wurde. EcoGene 2.0 und EcoGene präsentieren beide Daten aus unserer täglich aktualisierten relationalen MySql-Datenbank. Manche der Bereiche und Inhalte von EcoGene.org werden nur über EcoGene 3.0 erhältlich sein. EcoGene 2.0 wird über einen Link auf der EcoGene 3.0 Homepage für die, die es weiter nutzen möchten, verfügbar bleiben. EcoGene-RefSeq wurde zur Unterstützung des Nutzen der EcoGene-Graphik-Präsentationen und Tools mit anderen Genomen entwickelt. Aktuell sind 2074 vollständige Bakteriengenome aus dem NCBI-RefSeq-Projekt über EcoGene-RefSeq erreichbar. Querverweis-Mapping und Download wurde für den Nutzerzugang zu vielen zusätzlichen Zugangszahlen und anderen Gen-Identifers, wie z.B. Genname, Synonym entwickelt. GeneSets Venn-Diagramme, GeneSets wurden von Genen gesammelt, und in EcoTopics, EcoArray oder von Nutzern ausgestatteten Listen von Genen zusammengefasst. Venn-Diagramm ist eine interaktive Graphik-Präsentation von booleschen Suchvergleichen, die 1, 2 oder 3 Gen-Sätze verwenden. Weitere Informationen sind auf der EcoTools-Seite erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
