Für das Erreichen eines besseren Verständnisses des Spleiß-Prozesses und seiner Funktionen ist, eine umfassende Kenntnis aller Faktoren des Spleißens von Proteinen und von RNA und ihrer Wechselwirkungen miteinander entscheidend. Ein großer Teil der relevanten Informationen ist in der Literatur vergraben oder in vielen unterschiedlichen Datenbanken verfügbar. Durch von Hand kuratierte Screenings von Literatur und Datenbanken haben wir experimentell bemessene Daten von 71 menschlichen RNA-bindenden, das Spleißen regulierenden Proteinen erfasst und sie in einer Datenbank namens "SpliceAid -F" organisiert. Diese Datenbank stellt für jeden Spleißfaktor (SF) seine funktionellen Domänen und seine Protein- und chemischen Interaktoren bereit. Außerdem haben wir experimentell validierte RNA-SF-Wechselwirkungen, einschließlich der relevanten Informationen zu den RNA -Bindungsstellen der Gene erfasst, also bestimmt wo diese liegen, ihre genomischen Koordinaten erfasst, die Spleiß Effekte bestimmt, experimentelle Verfahren festgehalten, sowie die entsprechenden Literaturangaben erfasst. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ChIPBase ist eine eine integrierte Ressource und eine Plattform für die Dekodierung von Transkriptionsfaktorbindungsstellenkarten, Expressionsprofile und transkriptionale Regulation der langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs, lincRNAs), microRNAs, anderer ncRNAs (snoRNAs, tRNAs, snRNAs, etc.) und Protein-kodierender Genen von ChIP-Seq Daten. ChIPBase umfasst derzeit Millionen von Transkriptionsfaktorbindungsstellen (TFBSs) aus 6 verschiedenen Arten. ChIPBase bietet verschiedene web-basierte Tools und Browser an, um TF-lncRNA, TF-miRNA, TF-mRNA, TF-ncRNA und TF-miRNA-mRNA regulatorische Netzwerke zu untersuchen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
