Synthetic biology has gained much attention since Craig Venter and his team in 2010 made the historic announcement of the creation of first fully functioning, reproducing cell controlled by synthetic DNA. The 2013 NCMLS New Frontiers symposium - a joint venture between the Radboud University Medical & Science faculties - will feature international keynote speakers as well as NCMLS top researchers, who will provide high-quality presentations on current achievements and challenges ahead in our quest to understanding the chemistry and biology of life. ... [Information of the supplier]
Für das Erreichen eines besseren Verständnisses des Spleiß-Prozesses und seiner Funktionen ist, eine umfassende Kenntnis aller Faktoren des Spleißens von Proteinen und von RNA und ihrer Wechselwirkungen miteinander entscheidend. Ein großer Teil der relevanten Informationen ist in der Literatur vergraben oder in vielen unterschiedlichen Datenbanken verfügbar. Durch von Hand kuratierte Screenings von Literatur und Datenbanken haben wir experimentell bemessene Daten von 71 menschlichen RNA-bindenden, das Spleißen regulierenden Proteinen erfasst und sie in einer Datenbank namens "SpliceAid -F" organisiert. Diese Datenbank stellt für jeden Spleißfaktor (SF) seine funktionellen Domänen und seine Protein- und chemischen Interaktoren bereit. Außerdem haben wir experimentell validierte RNA-SF-Wechselwirkungen, einschließlich der relevanten Informationen zu den RNA -Bindungsstellen der Gene erfasst, also bestimmt wo diese liegen, ihre genomischen Koordinaten erfasst, die Spleiß Effekte bestimmt, experimentelle Verfahren festgehalten, sowie die entsprechenden Literaturangaben erfasst. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ChIPBase ist eine eine integrierte Ressource und eine Plattform für die Dekodierung von Transkriptionsfaktorbindungsstellenkarten, Expressionsprofile und transkriptionale Regulation der langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs, lincRNAs), microRNAs, anderer ncRNAs (snoRNAs, tRNAs, snRNAs, etc.) und Protein-kodierender Genen von ChIP-Seq Daten. ChIPBase umfasst derzeit Millionen von Transkriptionsfaktorbindungsstellen (TFBSs) aus 6 verschiedenen Arten. ChIPBase bietet verschiedene web-basierte Tools und Browser an, um TF-lncRNA, TF-miRNA, TF-mRNA, TF-ncRNA und TF-miRNA-mRNA regulatorische Netzwerke zu untersuchen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
In Bakterien sind kleine (~30-500 nt) nicht-kodierende RNAs (sRNAs ) die häufigste Klasse von post- transkriptionellen Regulatoren, die in vielfältigen Prozessen einschließlich dem Quorum Sensing, der Stress-Reaktion, der Virulenz und dem Kohlenstoff-Metabolismus beteiligt sind. Basierend auf den Zielmolekülen können sRNAs in zwei große Gruppen unterteilt werden: (i) mRNA bindende Antisense sRNAs und (ii) Protein bindenden sRNAs. Die Antisense-RNAs können außerdem als cis codierte Antisense-sRNAs, die vollständig komplementär zu ihren Zielen sind, und trans codierte Antisense-sRNAs, die nur teilweise komplementär zu ihren Zielen sind, kategorisiert werden. In jedem Fall kann die Wechselwirkung zwischen Antisense-RNA und Ziel-mRNA eine Vielzahl von biologischen Regelkreisen lenken. Jüngste Entwicklungen in High-Throughput- Techniken, wie genomische Tiling Arrays und RNA-Seq, haben unschätzbare Einblicke in die Erkennung und Charakterisierung von bakteriellen sRNAs geliefert. Allerdings steht eine umfassende bakterielle sRNA Datenbank noch nicht zur Verfügung, vor allem für die Integration und Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungs Daten. Deswegen haben wir die Datenbank BSRD (bakterielle regulatorische RNA Database) entworfen und aufgebaut, welche sRNAs aus über 783 Bakterienarten und 957 Stämmen zur Verfügung stellt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
LncBase stellt Informationen für vorhergesagte und experimentell verifizierte miRNA - lncRNA Wechselwirkungen zur Verfügung. Die Datenbank besteht aus zwei getrennten Modulen. Das experimentelle Modul enthält detaillierte Informationen über mehr als 5.000 Wechselwirkungen zwischen 2.958 lncRNAs und 120 miRNAs, die sich von miRNA und lncRNA abhängigen Fakten bis zu Informationen über ihre Interaktionen, die experimentelle Validierung von Methoden und deren Ergebnisse erstrecken. Das Prognosemodul, das auf die neueste Version von DIANA - microT Ziel Prädiktionsalgorithmus ( DIANA - microT - CDS) basiert, enthält detaillierte Informationen über mehr als 10 Millionen Interaktionen zwischen 56.097 lncRNAs und 3.078 miRNAs, die sich von miRNA und lncRNA Details zu spezifischen Informationen über ihre Interaktionsstellen, grafische Darstellungen ihrer Bindungen und die vorhergesagten Ergebnisse erstrecken. Dieses Modul ermöglicht eine einzigartige Funktion zum Durchsuchen der Datenbank. Benutzer sind in der Lage genomische Positionen zu ihren Anfragen hinzuzufügen, um jede miRNA - lncRNA Interaktion, die mindestens ein MRE innerhalb der abgefragten Loci hat, zu durchsuchen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MODOMICS und RNApathwaysDB sind zwei sich ergänzende Ressourcen, die RNA-Metabolismus auf verschiedenen Ebenen präsentieren. Während MODOMICS RNA Modifikationswege auf der Ebene der Nukleoside bietet, behandelt RNApathwaysDB RNA Metabolismus bezogen auf vollständige RNA-Moleküle. Unser oberstes Ziel ist es diese Datenbanken zusammenzufassen, aber im Moment werden die Benutzer aufgefordert diese beiden komplementären Ressourcen je nach ihren Bedürfnissen und Interessen zu konsultieren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Protist Ribosomal Reference Database bietet einen Zugang zu Small SubUnit rRNA und rDNA Sequenzen einzelliger Eukaryoten mit kuratierter Taxonomie. Die Datenbank konzentriert sich auf die nuklear-codierten Sequenzen von Protisten. Allerdings sind Metazoen, Landpflanzen und makroskopische Pilze sowie eukaryotische Organellen (Mitochondrien, Plastiden und andere) auch enthalten, weil sie nützlich für die Next Generation Sequencing Datensatz Analysen sind. Die PR2 Datenbank kann heruntergeladen oder nach Ähnlichkeiten durchsucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
This symposium assembles approximately 50 experts from different fields to discuss a fundamental new understanding of genetic novelty, code-generating, genome-formatting factors, multi-use nature for RNAgents and behavioral motifs of RNA-consortia. The small number of participants guarantees a relaxed and inspiring atmosphere for presentation and discussion. The Proceedings will be published. ... [Information of the supplier]
snOPY ist der Kurzname der "snoRNA Orthological Gene Database". snOPY liefert umfassende Informationen über snoRNAs, snoRNA gene loci und target RNAs. [Information des Anbieters, verändert]
The second Computational RNA Biology conference will bring together computational researchers with experimentalists interested in non-coding RNA biology to discuss the latest developments in this fast moving field. In recent years, there have been important advances in identifying and understanding non-coding RNAs. They are involved in many biological processes and are increasingly seen as important in disease. Computational approaches greatly assist our understanding of how to characterise and understand the biological functions of these molecules. This meeting will cover all aspects of RNA biology with a focus on computational methods to elucidate structure, function and interactions of non-coding RNAs across different species. We expect to see many new exciting results unveiled through the application of high-throughput sequencing as well as single sequence approaches. This meeting follows on from the successful first conference held in 2014, which was characterised by excellent presentations and vibrant discussions. ... [Information of the supplier]
