Protein Spotlight ist eine monatlich aktualisierte Review-Seite des Swiss-Prot Teams am Schweizer Institut für Bioinformatik. Die Spotlight Artikel beschreiben jeden Monat ein bestimmtes Protein oder eine spezielle Proteinfamilie, meist mit einem (wissenschafts-)geschichtlichen Zusammenhang und auf unterhaltsame Art und Weise. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
TIGRFAMs ist eine Datensammlung zu Protein-Familien mit Daten zu Hidden Markov Models (HMMs), zu Multiple Sequence Alignments, sowie mit Kommentaren und Querbezügen zu Literaturquellen und thematisch verwandten Datenbanken und Modellen. [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Der "Molecular Genetics Explorer" ist eine BioQUEST Simulationssoftware zum Untersuchen biologischer Phänomene, die die Bereiche Genetik, Biochemie und Molekularbiologie umfasst. Sie wurde entwickelt, um Studenten die Beziehungen zwischen diesen drei Schlüsseldisziplinen der modernen molekularen Genetik zu verdeutlichen, welche auf dem Botsteinschen Dreieck beruhen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Dieser Dienst im Internet möchte es dem Endnutzer erleichtern, Bilder und Videos von Proteinstrukturen zu erzeugen, indem mittels der Software "Dino" die am häufigsten gebrauchten Tools aus dem Bereich der molekularen Grafikerstellung verwendet werden. "High Definition (HD)" - Bilder und Videos werden mithilfe der Megapov Engine, die auf dem "Persistance of Vision" Raytracer basiert, generiert (POV-Ray engine). Die Rendering Engine ist mit externen Programmen wie Stride (secondary structure determination) oder msms (molecular surface calculation) gekoppelt. Somit kann dieser Dienst statische Bilder ebenso erzeugen wie Videosequenzen, die z.B. das makromolekulare "Andocken", die molekulare Dynamik, die NMR Modelldiversität oder Proteinbewegungen veranschaulichen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
FUNCRYPTA, das weltweit größte Tardigradenprojekt, wird durch das BMBF im Rahmenprogramm Biotechnologie - Chancen nutzen und gestalten, "QuantPro - Quantitative Analyse zur Beschreibung dynamischer Prozesse in lebenden Systemen" gefördert. Die wissenschaftlichen Zielsetzungen von FUNCRYPTA sind: (i) die Identifizierung von Genen, Enzymen und deren Metaboliten, die in der Stabilisierung von Zellen beim Eintritt, während und nach der anhydrobiotischen Phase bei Tardigraden eine Rolle spielen; (ii) die Zuordnung und das Verständnis bekannter zellulärer Prozesse während der anhydrobiotischen Phase; und (iii) die Entwicklung mathematischer Modelle, um die Mechanismen und die Dynamik der Anhydrobiose zu verstehen und zu quantifizieren. Dies soll ermöglichen, Veränderungen vorherzusagen und eine wissenschaftliche Grundlage für zukünftige Forschungsarbeiten und Entwicklungen von Produkten zur Stabilisierung von Zellen zu schaffen. ... [Information des Anbieters]
TCDB ist eine betreute Datenbank mit Fakten aus mehr als 10.000 veröffentlichten Referenzen. Die Datenbank enthält über 3.000 Protein-Sequenzen; sie wendet ein umfassendes, durch IUBMB akkreditiertes Klassifikationssystem für Membranproteine an, bekannt als "Transporter Classification (TC) system". Das TC-System ist analog dem System der Enzyme Commission (EC) für die Klassifikation von Enzymen, aber es berücksichtigt zusätzlich phylogenetische Informationen. TCDB wird durch die Saier Lab Bioinformatics Group betrieben. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Sie köennen SMART in zwei verschiedenen Modi verwenden: "normal" oder "genomic". Der Hauptunterschied liegt in den jeweils zugrunde liegenden Protein-Datenbanken. In "Normal SMART" umfaßt die Datenbasis Swiss-Prot, SP-TrEMBL und stabile Ensembl-Proteome. In "Genomic SMART" werden nur die Proteome von vollständig sequenzierten Genomen verwendet, und zwar Ensembl für Metazoan und Swiss-Prot für alle Übrigen. Die vollständige Liste der Genome in "Genomic SMART" ist online verfügbar. Die Protein-Datenbank in "Normal SMART" weist Redundanz in signifikantem Ausmaß auf, wenngleich identische Proteine entfernt werden. Wollen Sie SMART für die Analyse von Domänen-Architekturen oder für die Auszählung von Domänen in verschiedenen Genomen verwenden, dann ist der Wechsel in den "Genomic mode" eine Erwägung wert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
JASPAR ist eine Datensammlung zu Transkriptionsfaktoren und ihren DNA-Bindungen, modelliert in Form von Matrizes. Diese können in Position Weight Matrices (PWMs or PSSMs) konvertiert werden, wie sie für das Scannen von Genomsequenzen verwendet werden. JASPAR ist die einzige Datenbank zu diesem Themengebiet, bei der die Daten ohne Einschränkungen, das heisst nach dem Open-source-Prinzip zur Verfügung stehen. Für eine umfassende Übersicht zu den Modellen und ihren möglichen Verwendungen vergleiche die folgenden Reviews: DNA binding sites: representation and discovery. In: Bioinformatics. 2000 Jan;16(1):16-23; Applied bioinformatics for the identification of regulatory elements. In: Nat Rev Genet. 2004 Apr;5(4):276-87. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Unser Ziel: Die Proteinfaltung, die Proteinaggregation und die damit zusammenhängende Krankheiten zu verstehen. Proteine sind biologische Arbeitspferde – es sind „Nanomaschinen“. Bevor Proteine ihre biochemische Arbeit aufnehmen, bauen sie sich bemerkenswert selbst zusammen oder „falten“ sich. Obwohl der Prozess der Proteinfaltung entscheidend ist und die Grundlage der ganzen Biologie darstellt, ist er für uns noch immer ein Geheimnis. Es ist daher wohl nicht überraschend, dass es schwere Auswirkungen hat, wenn sich Proteine nicht richtig falten (im englischen „misfold“). So entstehen viele bekannte Krankheiten, wie Alzheimer, BSE, CJD (Creutzfeldt-Jakob-Krankheit), ALS (Amyotrophe Lateralsklerose) oder Parkinson. Was macht Folding@Home? Folding@Home ist ein Projekt für verteiltes Rechnen (Distributed Computing) - Menschen aus der ganzen Welt scharen sich zusammen und führen unsere Software aus. Auf diese Weise entsteht einer der größten Supercomputer der Welt. Unsere Algorithmen sind so entworfen, dass wir für jeden Computer, der an dem Projekt teilnimmt, eine angemessene Zunahme der Simulationsgeschwindigkeit erhalten. Die einzigartige Kombination unserer neuen Methoden und des verteilten Rechnens ermöglicht uns Probleme zu bearbeiten, welche zigtausendmal aufwändiger sind als zuvor gelöste Probleme. Wir hatten bereits einige Erfolge. Mehr darüber lesen können Sie auf unserer Wissenschaftsseite, im Ergebnisbereich oder besuchen Sie unsere Presse- und Veröffentlichungs-Webseiten. ... [Information des Anbieters, verändert]
Antimikrobielle Peptide, auch als "Host Defense Peptides“ oder" alarmins " bezeichnet, wurden in fast allen Lebewesen, in Bakterien, Pilzen, Pflanzen, Insekten, Amphibien, bis hin zu Säugetieren und dem Menschen nachgewiesen. Als zentrale Komponente der angeborenen Immunität beseitigen diese alten Peptide effektiv eindringende Mikroben wie Bakterien, Viren, Pilze und Parasiten. Es wird allgemein angenommen, dass kationische antimikrobielle Peptide ihre Wirkung über Angriffe auf die anionischen bakteriellen Membranen entfalten. Derzeit gibt es weltweit großes Interesse an diesem Thema mit dem Ziel, den Wirkungsmechanismus zu verstehen und natürliche antimikrobielle Peptide zu einer neuen Generation von Antibiotika weiterzuentwickeln. Um Forschung, Bildung und Informationsaustausch auf dem Gebiet zu fördern, haben wir diese Datenbank antimikrobieller Peptide und das Datenanalyse-System entwickelt. Die in APD2 gespeicherten Daten wurden aus der Protein Data Bank (PDB), der Swiss-Prot Protein Knowledgebase und aus PubMed National Library of Medicine zusammengestellt. Die Peptide in dieser Datenbank sind in der reifen und aktiven Form und in erster Linie aus natürlichen Quellen, die von Bakterien, Pflanzen bis zu Tieren reichen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
