Dieser Server widmet sich der Analyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen, die zur Superfamilie der alpha-/beta-Hydrolasen gehören, die homolog zu den Cholinesterasen sind. Keine andere Datenbank hält alle alpha/beta Hydrolase-Faltungsproteine zusammen: Interpro, Prosite und Pfam haben einige Einträge für Untermengen dieser strukturellen Superfamilie. Eine Tabelle „Synthese” zeigt die Korespondenz zwischen diesen Datenbankeinträgen und den Superfamilien in ESTHER. Die ESTHER-Tabelle ist momentan etwas zu groß um hilfreich zu sein. Jeder Ordner enthält eine der 31010 nicht-redundanten Proteine/Gene. Die Tabellen, die in der Familientabelle zusammengefasst sind, die Synthesen-Tabelle oder die Struktur-Tabelle werden möglicherweise hilfreicher sein. Die Gen-Lokus-Nomenklatur für diese nicht-redundanten Einträge ist ein Name mit 5 Buchstaben für die Organismen (3 für Gattungen, 2 für die Art, außer wenn ein allgemeiner 5-buchstabiger Name existiert; z.B. ratno für Rattus norvegicus und Mensch für Mann.) Dies erlaubt uns, nahe an der Swiss-Prot-Nomenklatur zu bleiben. Die letzten Eigenschaften definieren das Protein; z.B. menschliche AChE stellt die menschliche Acetylcholinesterase dar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
SUPERFAMILY ist eine Datenbank mit strukturellen und funktionellen Anmerkungen für alle Proteine und Genome. Die SUPERFAMILY-Erläuterungen basieren auf einer Sammlung von verborgenen Markov-Modellen, welche die strukturellen Proteindomänen, an der SCOP Superfamily ausgerichtet, repräsentieren. Eine Superfamilie fasst Domänen zusammen, die eine evolutionäre Verwandtschaft aufweisen. Die Erläuterungen entstanden durch das Scannen der Proteinsequenzen von über 2414 komplett sequenzierten Genomen gegen das verborgene Markov Modell. Für jedes Protein kann man: a) Sequenzen für die SCOP Klassifikation zusammenstellen; b) die Domänen Organisation, den Sequenzabgleich und Protein-Sequenz-Details anzeigen lassen. Für jedes Genom kann man: a) einen Superfamilien-Abgleich, phylogenetische Bäume, Domänen-Organisations-Listen und Networks prüfen; b) über- und unterrepräsentierte Superfamilien mit Hilfe des Genomes prüfen Für jede Superfamilie kann man: a) eine SCOP Klassifikation, funktionelle Erläuterungen, Gen-Ontologie-Erläuterungen, InterPro Auszüge und Genome Zuordnungen durchsehen; b)die Taxonomische Verteilung einer Superfamilie über einen Stammbaum erkunden Alle Erläuterungen, Modelle und die Datenbank sind für jeden frei zum Download verfügbar. SUPERFAMILY ist ein Mitglied der InterPro Vereinigung von Protein erläuternden Datenbanken und wurde in das „Ensamble eukaryotic genome project“ und „The Arabidopsis Information Resource“ aufgenommen. Bis heute sind die SUPERFAMILY-Veröffentlichungen über 1000 Mal zitiert worden. SUPERFAMILY wurde in strukturellen, funktionellen, evolutionellen und phylogenetischen Forschungsprojekten genutzt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die M-Phase, auch Zellteilung genannt, ist die wichtigste und fundamentalste Angelegenheit des eukaryotischen Zellzyklus. Nach der Replikation der Chromosomen während der S-Phase, werden die Schwester-Chromatiden getrennt und in die zwei Tochterzellen gleich aufgeteilt. Jede Tochterzelle erhält die durchschnittlichen und nötigen intrazellulären Komponenten und Organellen der Mutterzelle. Generell besteht die Zellteilung aus 6 Stufen, einschließlich Prophase, Prometaphase, Metaphase, Anaphase, Telophase und Cytokinese. Und die ersten 5 Schritte konstituieren die Mitose. Während der Mitose organisieren zahlreiche Proteine zu Super-Komplexen. Auch wenn bekannt ist, dass viele Proteine im Centromer, in den Kinetochoren und/oder den Intermediärkörperchen lokalisiert sind, gibt es keine integrierte Ressource auf diesem Gebiet. Deshalb haben wir hier alle solcher Proteine von 2 Pilzarten (S. cerevisiae und S. pombe) und 5 Tieren, einschließlich C. elegans, D. melanogaster, X. laevis, M. musculus und H. sapiens, gesammelt. Aus der verwandten Literatur von PubMed, wurde eine Vielzahl von Proteinen, die zumindest in einer der subzellulären Orte von Kinetochoren, dem Centrosom und den Intermediärkörperchen zu finden sind, manuell kuratiert. Um die Qualität der Daten, basierend auf „Sehen ist Glauben“, wurden diese Proteine eindeutig unter dem Fluoreszenzmikroskop untersucht. Danach wurde eine integrierte und suchbare Datenbank MiCroKit - Midbody, Centrosome and Kinetochore erstellt. Die MiCroKit-Datenbank ist die erste einheitliche Ressource um einen Großteil der identifizierten Komponenten und verwandten wissenschaftlichen Informationen zu Intermediärkörperchen, Centromer und Kinetochoren bereit zu stellen. Die Version 1.0 der MiCroKit-Datenbank wurde im November 2005 erstellt, und enthält 1,065 einzigartige Proteine. Die MiCroKit Version 2.0 wurde im Juni 2006, auf 1,120 Einträgen erweitert. Die aktuelle 3. Version der Datenbank wurde im Juli 2009 aktualisiert, und enthält 1,489 einzigartige Proteineinträge. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Mausphänotyp-Datenbank (MPD; phenome.jax.org) charakterisiert Stämme von Labormäusen, um translationale Entdeckungen zu ermöglichen und in der Wahl der Mausstämme für experimentelle Studien zu assistieren. Wir sind eine Forschungsgruppe am Jackson Laboratory. Datensätze werden freiwillig durch Wissenschaftler von einer Vielzahl von Institutionen und mit verschiedenartigen Hintergründen zur Verfügung gestellt, oder manchmal durch uns aus öffentlichen Quellen zusammen getragen. MPD hat drei große Typen von stamm-spezifischen Datensätzen: Phänotyp-Stamm-Suche, SNP und Variationsdaten, und Genexpressions-Stamm-Überblicke. MPD sammelt Daten von klassischen durch Inzucht erzeugten Stämmen, wie auch jeden "fest-genomischen" Stamm und Derviate, die öffentlich durch öffentliche Forscher erworben werden können. Stämme können aus JAX-Mice oder jedem anderen Anbieter sein. Forscher, die einen diversen Satz von klassischen Stämmen testen wollen, sollten unsere MDP-Priotitäts-Stammsätze in Betracht ziehen. Aktuell subventionieren oder assistieren wir nicht bei der Beschaffung von Mäusen für Projekte. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das SEQanswers Wiki, welches sich mit Sequenzierung und Sequenzierungstechnologien beschäftigt, ist ein SemanticMediWiki (SMW), das von Mitgliedern der SEQanswers Community bearbeitet und erneuert wird. Das Wiki liefert einen umfangreichen Katalog von manuell kategorisierten Analyse Tools, Technologien und Informationen über Service Provider. In zwei Jahren hat die SEQanswers Community Seiten für über 400 Software Tools kreiert und diese mit ca. 350 Literatur Referenzen und 500 Weblinks assoziiert. SEQwiki besteht aus Daten über 578 bioinformatische Anwendungen, 484 Referencen und 753 URLs. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
YetFaSCo steht für Yeast Transcription Factor Specificity Compendum. Es ist eine Sammlung von allen verfügbaren TF-Spezifitäten für die Hefe Saccharomyces cerevisiae in Position Frequency Matrix (PFM)- oder Position Weight Matrix (PWM)-Formaten. Mit diesem kann man Sequenzen mit der Absicht, die Lage potenzieller Bindungsstellen herauszufinden, scannen, vorher errechnete genomweite Bindungsstellen näher betrachten, herausfinden, welche TFs ein ähnliches Motiv aufweisen wie das bereits gefundene, und eine Sammlung von Motiven herunterladen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
SEVENS fasst GPCR (G-Protein gekoppelte Rezeptor) Gene zusammen, die mit einer hohen Genauigkeit von 56 eukariotischen Genomen durch Pipeline Integrating und derartige Software wie Gene Finder, Sequenzüberlagerungs-Tools, Motiv- und Domänen–Verknüpfungs-Tools und Helix-Vorhersagern identifiziert wurden. Diese Datenbank liefert einen höheren Datenumfang als andere zurzeit verfügbare Datenbanken, die nicht nur exprimierte Sequenzen, sondern auch neu identifizierte Sequenzen, die noch nicht in in vivo Experimenten nachgewiesen werden konnten, obwohl sie definitiv auf der Genomesequenz existieren und nur auf die Möglichkeit warten ihre Funktion auszudrücken, enthalten sollten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Bluejay ist ein Satz von Java-Objekten für die Bearbeitung, Anzeige und Suche von XML-kodierten linear scale data. Die Grundlage für die Analyse unserer Anwendung sind genetische und Protein-Sequenzen, wo Features irgendwo auf lineare Moleküle zurückgehen. Bluejay wächst mit dem Ziel, einen graphischen Viewer von genetischen Daten mit point-and-click-data-mining-Funktionalitäten zu erschaffen, so wie die, die durch einen Standard-Webbrowser verfügbar sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
“Multi-purpose Automated Genome Project Investigation Environment” (MAGPIE, http://magpie.ucalgary.ca/) ist ein Softwarepacket für die automatisierte Verwaltung und Präsentation von DNA- und Proteinsequenzen. MAGPIE filtert die Ergebnisse verschiedener Datenbanksuchergebnisse auf jede Sequenz (z.B. exprimierte Sequenz-Taqs, ESTs) oder Untersequenzen (z.B. offenes Leseraster, ORFs, in bakterieller genomischer DNA), und zeigt sie auf einer Zusammenfassungsseite, die Interpretationen der biologischen Rolle von Genen und Origins ermöglicht, an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The 2013 IMB Conference will be the first major European meeting to focus on the latest findings and concepts in the fields of chromatin dynamics and stem cells. As such it will bring together experts in epigenetics, developmental biology and cellular reprogramming. The conference will be of interest both to researchers performing basic research in these fields and to applied scientists interested in cellular reprogramming and translational medicine. The conference is open to anyone interested. ... [Information of the supplier]