The plant snoRNA Database and web-site brings together information from three independent computer-assisted searches of the Arabidopsis genome for box C/D snoRNA genes and from studies of ncRNAs. To date, the Arabidopsis box C/D snoRNAs have been used to identify approximately 250 genes from different non-Arabidopsis plant species and these sequences are included as alignments in the Database. Finally, the Database provides a unifying nomenclature for all of the plant snoRNA genes. ... [Information of the supplier]
The Ribosomal Database Project (RDP) provides ribosome related data services to the scientific community, including online data analysis, rRNA derived phylogenetic trees, and aligned and annotated rRNA sequences. [Information of the supplier]
snoRNA-LBME-db includes profiles of more than 350 human snoRNAs, with descriptions of the molecule and data on sequence, size and target. Data is accessible for searching and browsing. [Editorial staff vifabio]
Die miRBase Sequenz Datenbank ist ein durchsuchbare Datenbank mit publizierten miRNA Sequenzen und Annotationen. Die Daten hier wurden vormals von miRNA Registry bereitgestellt. Jeder Eintrag in der miRBase Sequenz Datenbank repräsentiert ein vorausgesagtes "Haarnadel" Teilstück eines miRNA Transkripts (in der Datenbank als "mir" bezeichnet), zusammen mit Informationen über den Ort und die Sequenz der reifen miRNA Sequenz (genannt "miR"). Beides, die "Hairpin" und die reifen Sequenzen sind verfügbar für die Suche mit BLAST und SSEARCH, und die Einträge können auch per Suche mit Name, Schlüsselbegriff, Referenz oder Annotation erhalten werden. Alle Sequenz - und Annotationsdaten sind auch zum Download verfügbar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Bei dem Vienna Drosophila RNAi Center (VDRC) handelt es sich um eine gemeinsame Initiative des Instituts für Molekulare Biotechnologie (IMBA) und dem Forschungsinstitut für Molekulare Pathologie (IMP). Das VDRC nutzt und entwickelt die Transgene Drosophila RNAi Bibliothek der Dickson-Arbeitsgruppe (früher am IMBA, zur Zeit am IMP) weiter. Seine Aufgabe ist es, mithilfe dieser Technologie wissenschaftliche Entdeckungen zu fördern. Der in vivo RNAi Ansatz erlaubt es den Forschern, individuelle Drosophila Gene gezielt auszuschalten, indem sie das GAL4/UAS System benutzen, um die RNAi zu bestimmten tierischen Zellen zu steuern. Mit einer Abdeckung des Drosophila-Genoms von über 85 % scheint es eine vielversprechende Methode zu sein, um Genfunktionen zu bekannten und neu-annotierten Genen des Genomsequenzierungsprojektes zuzuordnen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
JASPAR ist eine Datensammlung zu Transkriptionsfaktoren und ihren DNA-Bindungen, modelliert in Form von Matrizes. Diese können in Position Weight Matrices (PWMs or PSSMs) konvertiert werden, wie sie für das Scannen von Genomsequenzen verwendet werden. JASPAR ist die einzige Datenbank zu diesem Themengebiet, bei der die Daten ohne Einschränkungen, das heisst nach dem Open-source-Prinzip zur Verfügung stehen. Für eine umfassende Übersicht zu den Modellen und ihren möglichen Verwendungen vergleiche die folgenden Reviews: DNA binding sites: representation and discovery. In: Bioinformatics. 2000 Jan;16(1):16-23; Applied bioinformatics for the identification of regulatory elements. In: Nat Rev Genet. 2004 Apr;5(4):276-87. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
SILVA ist ein Projekt zur Schaffung einer umfassenden Datenbank von rRNA-Sequenzdaten aus allen drei Domänen (Bacteria, Archaea und Eukarya), die für wissenschaftliche Zwecke zur freien Verfügung steht. SILVA basiert auf dem Softwaresystem ARB. Zurzeit existiert eine als "Beta" bezeichnete Version neben einer Version, die diesen Zusatz nicht trägt. ... [Redaktion vifabio]
Die Webseite der Datenbank für vergleichbare ribosomale Komplexe (DARC – Database für Aligned Ribosomal Complexes) ist ein Hilfsmittel für den direkten Vergleich der Strukturen von verfügbaren ribosomalen Komplexen. Die Webseite bietet eine Sammlung von Dateien, die in der RCSB Proteindatenbank und der Electron Microscopy Datenbank hinterlegt sind, und die abgeglichen wurden, sodass ein direkter Vergleich der Strukturen möglich ist. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Diese Datenbank möchte für jeden hilfreich sein, der die Rolle von microRNAs (miRNAs) in der Wachstumsphase von Pflanzen, in der Organbildung und bei der Reaktion auf verschiedene biotische und abiotische Streßreize erforschen will. Um die Datenbank zu erkunden, müssen Sie einfach auf „Browse Atlas“ klicken oder Sie können einen bestimmten miRNA-Eintrag suchen, indem Sie mindestens 2 Zahlen seiner ID in das Fenster eintragen. Detaillierte Informationen und verfügbare Features der mirEX-Datenbank sind als Videotutorial verfügbar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
miRNEST ist eine umfangreiche Sammlung von tierischen, pflanzlichen und viralen microRNA-Daten. Die Datenbank bietet Ihnen 9980 miRNA-Kandidaten von 420 Tier- und Pflanzenarten, die in Expressed Sequence Tags vorhergesagt werden, vorhergesagte Targets für Pflanzenkandidaten, RNA-Seq die Kandidaten von 29 Arten abbilden, sowie externe Daten aus 12 Datenbanken, die Sequenzen, Polymorphismus, Expression und Regulation beinhalten. Die aktuelle Version miRNEST 1.0 enthält miRNA von 563 Tieren, Pflanzen und Viren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]