Das auf dieser Website vorgestellte Forschungsprojekt GUDMAP wurde vom NIDDK und dem NICHD erstellt, um die Stammzellenforschung und damit die Grundlagenforschung der Entwicklungsbiologie zu unterstützen. Grund dafür sind erkannte große Lücken bei den Grundlagen auf diesem Forschungsfeld und die damit unzureichenden Einsatzmöglichkeiten von Stammzellen in der Medizin. Im Vordergrund stehen hier die Erarbeitung von Strategien zum Einsatz der Stammzellen bei Organschäden oder auch dem Ersatz defekter Organe. Des Weiteren sollen Einsichten in die Entwicklung der Organe und damit auch diejenige von Organdefekten und -erkrankungen gewonnen werden, um letzteren eventuell vorbeugen oder besser entgegenwirken zu können. Das Ziel von GUDMAP ist deshalb die detaillierte Beschreibung der Verdauungsorgane und der Niere. Um dies zu erreichen sollen die folgenden drei Verfahren angewandt und weiterentwickelt werden: a) Hochdurchsatz-in situ-Hybridisierungsanalysen, um die Expressionsmuster von Genen, die in den oben genannten Organen exprimiert werden, zu untersuchen, b) hochauflösende Genexpressionsanalysen, um die Genexpression im Verlauf der Organentwicklung zu definieren, so Gemeinsamkeiten bei den Genexpressionsmustern erkennen zu können und schließlich auf Zusammenhänge zwischen Genexpression und Organfunktion schließen zu können und c) eine Datenbank zu erstellen, in der die gesammelten Daten der gesamten Forschungsgemeinschaft zur Verfügung gestellt werden können. Schließlich sollen auch Microarrayanalysen und die Zucht von Mäusestämmen mit genetischen Markern im Verlauf dieses Projekts zum Einsatz kommen, um das Ziel der Definition von molekularer und zellulärer Anatomie im Verlauf der Enticklung der Organe zu unterstützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
NEMBASE ist eine Quelle für Transkriptionsanalysen von Nematoden (Fadenwürmer) und ein Forschungstool für die Nematodenbiologie, für die Ermittlung von Wirkstoffen und die Medikamentenentwicklung [Information des Anbieters, übersetzt]
Regenwürmer sind essentiell für das Leben und die Gesundheit des Erdreichs des Planeten und daher für das Leben und Gesundheit der irdischen Ökosysteme. Charles Darwin und andere haben gezeigt, dass Regenwürmer Erde "machen" und ihre Fruchtbarkeit sicher stellen. Lumbricus rubellus ist ein häufiger Regenwurm, heimisch in vielen gemäßigten Ökosystemen, und wird als Modellorganismus von Forschern verwendet, um die Biologie und Ökologie des Bodens zu untersuchen, sowie die Effekte von Schadstoffen und anderen Chemikalien auf Bodenorganismen. [...] Wir sequenzieren das Genom von Lumbricus rubellus. Dieses wird das erste Wenigborster-Ringelwurm-Genom sein, welches sequenziert wurde. Die Genomsequenz wird die Struktur dieser wichtigen Art aufdecken und helfen, die Teile zusammenzufügen, wie die Würmer wachsen, sich ernähren, fortpflanzen und wie er dem Kontakt mit potentiell giftigen Bodenkontaminationen standhält. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Das Tiger Genome Project (TGP) ist ein internationales, offenes Projekt für die Sequenzierung und Analyse des Tigergenoms. Das offene Projekt ist ein öffentlicher Dienst, der durch die Non-Profit-Organisation Genome Research Foundation (GRF) und TheragenEtex Inc. ins Leben gerufen wurde. Das Ziel des Projekts ist es die Informationen zum Tigergenom zu sichern, da der Tiger durch die koreanische Regierung auf die Stufe 1 der gefährdeten Tierarten gesetzt wurde. GRF strebt die Erforschung des gesamten Genoms des Amurtigers (Panthera tigris altaica; Koreanischer oder Sibirischer Tiger) durch Sequenzierung und Analyse an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Bgee ist eine Datenbank für das Abrufen und den Vergleich der Genexpressionsmuster zwischen Tierarten. Bgee bildet zuerst heterogene Expressionsdaten zur Anatomie und Entwicklung von verschiedenen Arten ab (aktuell Expressed Sequence Tags (EST), Affymetrix und in-situ-Hybridisierungsdaten). Anschließend wurden Homologiebeziehungen zwischen Anatomien, und Vergleichskriterien zwischen Entwicklungsstadien entwickelt, um automatisierte Vergleiche über die Artgrenzen hinaus durchführen zu können. Auf die Daten kann durch Ontologie-Browsing, Textsuche, Expressionssuche oder erweiterte Expressionssuche zugegriffen werden. Genexpressionsmuster können durch das Auswählen einer beliebigen Genfamilie (z.B. ENSFM00500000270089) verglichen werden. Die gesamten Inhalte der Bgee Expressionsdatenbank, der Ontologien, der Homologieverknüpfungen zwischen anatomischen Ontologien und die Beziehungen zwischen Entwicklungsontologien sind alle im Download-Bereich erhältlich. Weitere Information ist in der Dokumentation bereitgestellt. Alle Datenquellen, die in Bgee benutzt wurden, sind auf der Datenquellen-Seite aufgelistet. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
In Tieren regulieren RNA-Bindungsproteine (RBP) und mikroRNA (miRNA) die Expression von förmlich allen Genen post-transkriptional durch die Bindung von RNA. Aktuelle Fortschritte in experimentellen und kombinatorischen Methoden ermöglichen das transkriptom-weite Abbilden von diesen Interaktionen. Es wird vermutet, dass die kombinatorischen Aktivitäten von RBPs und miRNAs auf Target-mRNA einen post-transkriptionalen Code bilden. Wir stellen Ihnen eine Datenbank zur Verfügung, die die Suche nach der Entschlüsselung dieses regulatorischen Codes unterstützt. Innerhalb DoRiNA kuratieren, speichern und integrieren wir systematisch Daten zu Bindungsstellen für RBPs und miRNAs. Nutzer können einen auf ein bestimmtes Ziel (mRNA) oder einen Regulator (RBP und/oder miRNA) fokussierten Blick frei wählen. Wir haben einen Datenbankrahmen mit kurzen Suchzeiten für komplexe Suchbedingungen geschaffen (z.B. die Frage nach allen Targets einer bestimmten Kombination von Regulatoren). Alle Suchresultate können in Kombination mit einer riesigen Auswahl an anderen genom-weiten Daten durchsucht, inspiziert und analysiert werden, da unsere Datenbank direkt mit einer lokalen Kopie des UCSC-Genom-Browsers verbunden ist. Zur Zeit umfasst DoRiNA RBP-Daten von Mensch-, Maus- und Wurmgenom. [Quelle: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/15/nar.gkr1007.full, übersetzt] ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
Dr.VIS sammelt und lokalisiert mit humanen Krankheiten verknüpfte virale Integrationsstellen. Bis jetzt sind ca. 600 Stellen erhältlich, die 5 Virusorganismen und 11 menschliche Krankheiten abdecken. Integrationsstellen in Dr. VIS sind gegen Chromosomen-, Cytoband-, Gen- und Refseq-Positionen, so spezifisch wie möglich, lokalisiert worden. Viral-zelluläre Junction-Sequenzen wurden aus Papern und Nukleotid-Datenbanken extrahiert, und sind mit korrespondierenden Integrationsstellen verknüpft. Graphische Bilder, die die Verteilung von viralen Integrationsstellen zusammenfassen, sind mit Hilfe von Chromosomenkarten erzeugt worden. Es steht Ihnen frei sich umzusehen und Daten von Dr. VIS zu downloaden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cancer GEnome Mine ist eine öffentliche Datenbank zur Speicherung von klinischen Daten zu Tumorproben und Microarray-Daten, sowie relevanten Metadaten der Messungen und Proben mit Schwerpunkt auf vergleichende genomische Hybridisierung (aCGH) und Data-Mining von Genkopienzahlveränderungen. CanGEM unterstützt den MIAME-Standard und speichert, wenn möglich, klinische Informationen, die standartisiertes, sowie kontrolliertes Vokabular verwenden. Microarray-Proben werden weiterhin mit ihren physikalischen Koordinaten im menschlichen Genom annotiert, und es werden aCGH-Daten zum Erhalt von genspezifischen Kopienzahlen analysiert. Nutzer können eigene Datensätze durch die Suche nach spezifischen klinischen Proben oder Kopienzahländerungen von individuellen Genen anlegen. Abweichungshäufigkeiten für diese Datensätze können kalkuliert werden, und die Daten können auf der Genomkarte des menschlichen Genoms mit Genannotationen visualisiert werden. Außerdem sind die originalen Datenordner für eine detailiertere Analyse erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Diese Seite enthält alle Daten unserer laufenden proteomischen Analysen des menschlichen Zellkerns, welche als eine Zusammenarbeit zwischen den Lamond- und Mann-Laboren (in Dänemark und in München) erfolgt. Durch Nutzung von hoch sensitiver Massen Spektroskopie und stringenten Kriterien haben wir bis jetzt ca. 700 menschliche, nukleare Proteine identifiziert. Kürzlich haben wir eine quantitative proteomische Annäherung für die zeitliche Charakterisierung des Proteinflusses durch den Kern genutzt, um die Kinetik von bis zu 489 nuklearen Proteinen nach verschiedensten Stoffbehandlungen zu ermitteln und zu demonstrieren, dass es kein einheitliches komplettes Proteom für den Nukleus gibt, aber ein überlappendes Set von Proteomen, die relevant sind, um den Zellstatus oder Zellzustand zu unterscheiden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Wissenschaftler der Zoologischen Staatssammlung München sind dabei, für alle etwa 34.000 in Bayern beheimateten Tierarten einen genetischen Bestimmungsschlüssel zu erstellen. Diese Daten sind in der Forschung, aber auch in zahlreichen praktischen Anwendungsgebieten nutzbar. Im vierten Projektjahr (Frühjahr 2013) liegen bereits DNA Sequenzen von über 11.000 Arten vor - ein riesiger Erfolg, der BFB weltweit zu einem Spitzenreiter im DNA Barcoding macht. Die Wissenschaftler der Zoologischen Staatsammlung in München sind dabei Projektpartner einer der wohl ehrgeizigsten weltweiten Forschungsinitiativen in den Biowissenschaften. Der kanadische Biologe Paul Hebert von der University of Guelph bei Toronto hat sich mit iBOL (International Barcode of Life) zum Ziel gesetzt, die Gencodes aller Tierarten weltweit zu analysieren und diese in der Online-Datenbank Bold (Barcode of Life Data Systems) Forschern weltweit zur Verfügung zu stellen. ... [Information des Anbieters]
