ChemMine is a compound mining database that facilitates drug and agrochemical discovery and chemical genomics screens. Its web service is divided into three major functional components: (1) Compound Database, comprising Annotation Search and Structure Search; (2) Cheminformatics Workbench; and (3) Screening Database. A detailed tutorial for using ChemMine's online services is available on the ReadMe page. ... [Information of the supplier, modified]
'The BindingDB is a public, web-accessible database of measured binding affinities for biomolecules, genetically or chemically modified biomolecules, and synthetic compounds.The database currently contains data generated by isothermal titration calorimetry (ITC) and enzyme inhibition (Enz. Inhib.) methods; other techniques will be included in the future. ... [Information of the supplier]
Das Structural Genomics Consortium (SGC) ist eine gemeinnützige Organisation, die darauf abzielt, die dreidimensionale Struktur medizinisch relevanter Proteine zu bestimmen und sie der Öffentlichkeit ohne Einschränkung zugänglich zu machen. Das SGC wird unterhalten von den Universitäten Oxford und Toronto, sowie dem Karolinska Institut in Stockholm. Das SGC arbeitet an den Strukturen von Proteinen aus einer Target-Liste mit ca. 2000 Proteinen, die Human-Proteine, welche mit Krankheiten wie Krebs, Diabetes, Entzündungen und genetischen Krankheiten assoziiert sind, ebenso umfassen wie Proteine menschlicher Parasiten, die z.B. Malaria verursachen. Die Forschung im SGC ist in drei Teilbereiche gegliedert: Strukturelle Genomics löslicher Proteine, strukturelle Genomics von integralen Membran-Proteinen und strukturelle Chemie der löslichen Proteine. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Biological Biochemical Image Database ist eine durchsuchbare Datenbank mit Bildern von mutmaßlichen biochemischen Stoffwechselwegen, makromolekularen Strukturen, Genfamilien und zellulären Funktionsbeziehungen. Sie ist für diejenigen nützlich, die professionell mit Genen bzw. Proteinen arbeiten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Cell Circuits ist eine Open-Access-Datenbank für Modelle molekularer Netzwerke. Die Datenbank verbindet pair-wise molekulare Wechselwirkungen und Datenbanken mit validierten Pathways. Die Datenbank nutzt Algorythmen, die molekulare Interaktionsnetzwerke durchsuchen. Es kann nach den Gennamen, Proteinnamen und der Genontologie gesucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die BioSamples-Datenbank (BioSD) auf der EBI-Webseite ist entwickelt worden, um Informationen über biologische Proben (Sample), besonders Proben aus anderen EBI-Datenbanken zu verwalten. BioSD-Daten werden mit NCBI (National Center for Biotechnology Information) ausgetauscht. Der Zweck der BioSamples-Datenbank ist eine vereinheitliche Archivierung und einen Zugang zu Informationen über biologische Proben bereitzustellen. Diese Proben können Forschungsinformationen aus anderen Datenbanken (z.B. Sequenzen, Struktur, Expression) archivieren. Physikalische Proben können außerdem für weitere Studien der Anbieter zugänglich sein. Die Definition eines Samples ist flexibel. Die meisten Proben sind relativ einfach, so wie Gewebe eines individuellen Organismus. Allerdings kann ein Sample auch eine Umweltprobe (z.B. für metagenomische Analysen), ein Hybrid zwischen zwei Arten, infiziertes Gewebe etc. sein. In der BioSamples Datenbank werden Sammlungen von Proben als „Vorlagen“ behandelt. Jede Vorlage ist eine SampleTab Format Datei, die zu biosamples@ebi.ac.uk gemailt wird. Manche gut betreute und hoch-frequentierte Vorlagen können Referenz-Samples werden, z.B. ENCODE cell lines. Das sind Samples, die von besonderem Interesse sind und Datensätze von verschiedenen Technologien, die mit ihnen zusammenhängen, beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EBIMed ist eine Webanwendung, die Informationsabfrage und -extrahierung aus Medline kombiniert. EBIMed findet Medline-Zusammenfassungen auf dieselbe Art wie Pubmed. Anschließend geht es einen Schritt weiter und analysiert diese, um einen kompletten Überblick über Verbindungen zwischen UniProt-Protein/Gen-Namen, GO-Anmerkungen, Wirkstoffe und Arten zu bieten. Das Ergebnis wird in einer Tabelle gezeigt, welche alle Verbindungen und Verknüpfungen zu den Aussagen und den Originalabstracts aufweist, die diese stützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Heutzutage können riesige Mengen von kleinen Molekülbindungsstellen in Protein Datenbanken (PDB) gefunden werden. Der vollständige Vergleich von diesen ist sehr aufwendig, aber nützlich für die Vorhersage von Proteinfunktionen und die Stoffermittlung. Wir stellen einen ungemein schnellen Algorithmus, Sketch Sort genannt, zur Verfügung, welcher die Aufzählung von ähnlichen Paaren von Bindungsstellen in einer großen Anzahl von Protein-Ligand Bindungsstellen ermöglicht. Wir führten Paar-ähnlichkeits-Untersuchungen für 3,4 Millionen bekannte und potentielle Bindungsstellen mit der oben gennanten Methode durch und entdeckten über 24 Millionen ähnliche Paare von Bindungsstellen. Wir präsentieren unsere Ergebnisse in einer relationalen Datenbank als Taschen-Ähnlichkeits-Suche, welche Multiple-Sketches (PoSSuM) benutzt. Inkludiert sind alle entdeckten Paare mit Erläuterungen der verschiedenen Typen (u.a. CATH, SCOP, EC Nummer, Gen Ontologie). PoSSuM ermöglicht einen enormen Aufschluss über ähnliche Bindungsstellen unter Strukturen mit verschiedenen oder auch ähnlichen globalen Faltungen. Desweiteren ist PoSSuM hilfreich, um einen bindenden Ligand für eine ungebundene Strukturen zu prognostizieren. Die Nutzer können ähnliche Bindungstaschen in zwei Suchmodi suchen: ii) „Search K“ ist nützlich, um ähnliche Bindungsstellen für eine bekannte Ligand-Bindungsstelle zu finden. Poste eine bekannte Bindungsstelle in der PDB und PoSSuM wird eine ähnliche Bindungsstelle für die gesuchte Stelle finden. ii) „Search P“ ist nützlich für das Prognostizieren von Liganden, die potentiell an eine bestimmte Struktur binden. Poste eine bekannte Protein Struktur (PDB ID) in der PDB und PoSSuM wird eine bekannte Liganden-Bindungsstelle für die gesuchte Struktur finden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Rhea ist eine Datenbank chemischer Reaktionen, in welcher alle Reaktionsteilnehmer (Reaktanden und Produkte) in einer ChEBI Datenbank, welche detaillierte Informationen über Struktur, Formel und Ladung liefert, in Zusammenhang gebracht werden. Rhea stellt eine eingebaute Validierung bereit, die die Elementar- und Ladungs-Balance von Reaktionen garantiert. Wir haben die Datenbank mit Reaktionen, die in der EC-Liste gefunden werden können, bestückt und diese durch bekannte Reaktionen mit biologischem Interesse erweitert. Rhea ist eine manuelle, mit Erläuterungen versehende Ressource und liefert: a) Reaktions-Identifikatoren für jede seiner Reaktionen. Diese Identifikatoren sind unabhängig von EC-Nummern, aber mit diesen über Cross References verbunden; b) Bündelung von Informationen, wenn die physiologische Richtung der Reaktion bekannt ist; c) Die Möglichkeit verschiedene Reaktionen zu verbinden, um Komplex-Reaktionen zu schaffen. Diese Funktion kann ebenfalls dafür benutzt werden, um eine Reaktion in zwei Reaktionen zu zerlegen; d) Umfassende Cross-Referenzen zu anderen Ressourcen, um Enzymkatalysierte und andere metabolische Reaktionen mit einzubeziehen, wie z.B. die EC list, KEGG, MetaCyc und UniPathway; e) Chemische Unterstrukturen- und Ähnlichkeitssuchen nach chemischen Verbindungen in Rhea, wodurch Reaktionen gefunden werden können, in welchen ähnliche chemische Verbindungen involviert sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
SCRIPDB ist eine Datenbank für chemische Strukturen, die diese Metadaten zugänglich macht. Wir führen öffentliche Domains chemischer Informationen, die in U.S. Patents enthalten sind und liefern den vollen Patenttext, Reaktionen und Beziehungen, die in jedem individuellen Patent beschrieben sind sowie die originale CDX, MOL und FIFF Files. SCRIPDB kann nach exakten chemischen Strukturen, Untereinheiten oder molekularen Ähnlichkeiten durchsucht werden, die Ergebnisse könnten aber beschränkt sein auf Patent beschreibende synthetische Wege. SCRIPDB wurde von Abraham Heifets und Igor Jurisica entwickelt und wird vom Jurisica Labor am Ontario Cancer Institute und der Universität von Toronto gewartet. ... [Redaktion vifabio]
