Dieses Portal soll einen groben Überblick über die Inhalte und Nutzung von wichtigen online-Datenbanken mit biochemischen Inhalten verschaffen. Am wichtigsten sind hier wohl die Datenbanken mit Informationen über Proteine und Gene, es werden jedoch auch Datenbanken für organische Verbindungen oder verschiedene Organismen aufgeführt. BioKemika ist die zentrale Informationsplattform für Biochemie-Studenten der Goethe Universität in Frankfurt am Main. Jeder kann mit seinem Wissen beitragen. Seit April 2009 sind so 55 Artikel entstanden, die in folgenden Portalen organisiert sind: Lehre, Forschung, Bioinformatik, Studium, Mitmachen, Projektinfo, Seminare. ... [Information des Anbieters, verändert]
Cell Circuits ist eine Open-Access-Datenbank für Modelle molekularer Netzwerke. Die Datenbank verbindet pair-wise molekulare Wechselwirkungen und Datenbanken mit validierten Pathways. Die Datenbank nutzt Algorythmen, die molekulare Interaktionsnetzwerke durchsuchen. Es kann nach den Gennamen, Proteinnamen und der Genontologie gesucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die BioSamples-Datenbank (BioSD) auf der EBI-Webseite ist entwickelt worden, um Informationen über biologische Proben (Sample), besonders Proben aus anderen EBI-Datenbanken zu verwalten. BioSD-Daten werden mit NCBI (National Center for Biotechnology Information) ausgetauscht. Der Zweck der BioSamples-Datenbank ist eine vereinheitliche Archivierung und einen Zugang zu Informationen über biologische Proben bereitzustellen. Diese Proben können Forschungsinformationen aus anderen Datenbanken (z.B. Sequenzen, Struktur, Expression) archivieren. Physikalische Proben können außerdem für weitere Studien der Anbieter zugänglich sein. Die Definition eines Samples ist flexibel. Die meisten Proben sind relativ einfach, so wie Gewebe eines individuellen Organismus. Allerdings kann ein Sample auch eine Umweltprobe (z.B. für metagenomische Analysen), ein Hybrid zwischen zwei Arten, infiziertes Gewebe etc. sein. In der BioSamples Datenbank werden Sammlungen von Proben als „Vorlagen“ behandelt. Jede Vorlage ist eine SampleTab Format Datei, die zu biosamples@ebi.ac.uk gemailt wird. Manche gut betreute und hoch-frequentierte Vorlagen können Referenz-Samples werden, z.B. ENCODE cell lines. Das sind Samples, die von besonderem Interesse sind und Datensätze von verschiedenen Technologien, die mit ihnen zusammenhängen, beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EBIMed ist eine Webanwendung, die Informationsabfrage und -extrahierung aus Medline kombiniert. EBIMed findet Medline-Zusammenfassungen auf dieselbe Art wie Pubmed. Anschließend geht es einen Schritt weiter und analysiert diese, um einen kompletten Überblick über Verbindungen zwischen UniProt-Protein/Gen-Namen, GO-Anmerkungen, Wirkstoffe und Arten zu bieten. Das Ergebnis wird in einer Tabelle gezeigt, welche alle Verbindungen und Verknüpfungen zu den Aussagen und den Originalabstracts aufweist, die diese stützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The Executive Committee of FEBS has awarded the FEBS Congress for 2013 to the Russian Biochemical Society. It will be located in St. Petersburg, July 6th – 11th 2013 under the Congress Presidency of Professor Vladimir Skulachev with Professor Sir Richard Roberts as Chairman of the International Advisory Board. The Congress Theme is “Mechanisms in Biology” and we are seeking to build a powerful and diverse program to support this key theme. Symposia presently under consideration include: Immunology, RNA, Carbohydrate Biochemistry, Stem Cell Biology, Mechanisms of Proteolysis, Bacteriology, Bioinformatics, & Techniques of Biochemistry. A total of 37 symposia will be included in the program. We are expecting to have a strong cohort of keynote and symposium speakers from Europe, USA, Japan and other countries. ... [Information of the supplier]
Heutzutage können riesige Mengen von kleinen Molekülbindungsstellen in Protein Datenbanken (PDB) gefunden werden. Der vollständige Vergleich von diesen ist sehr aufwendig, aber nützlich für die Vorhersage von Proteinfunktionen und die Stoffermittlung. Wir stellen einen ungemein schnellen Algorithmus, Sketch Sort genannt, zur Verfügung, welcher die Aufzählung von ähnlichen Paaren von Bindungsstellen in einer großen Anzahl von Protein-Ligand Bindungsstellen ermöglicht. Wir führten Paar-ähnlichkeits-Untersuchungen für 3,4 Millionen bekannte und potentielle Bindungsstellen mit der oben gennanten Methode durch und entdeckten über 24 Millionen ähnliche Paare von Bindungsstellen. Wir präsentieren unsere Ergebnisse in einer relationalen Datenbank als Taschen-Ähnlichkeits-Suche, welche Multiple-Sketches (PoSSuM) benutzt. Inkludiert sind alle entdeckten Paare mit Erläuterungen der verschiedenen Typen (u.a. CATH, SCOP, EC Nummer, Gen Ontologie). PoSSuM ermöglicht einen enormen Aufschluss über ähnliche Bindungsstellen unter Strukturen mit verschiedenen oder auch ähnlichen globalen Faltungen. Desweiteren ist PoSSuM hilfreich, um einen bindenden Ligand für eine ungebundene Strukturen zu prognostizieren. Die Nutzer können ähnliche Bindungstaschen in zwei Suchmodi suchen: ii) „Search K“ ist nützlich, um ähnliche Bindungsstellen für eine bekannte Ligand-Bindungsstelle zu finden. Poste eine bekannte Bindungsstelle in der PDB und PoSSuM wird eine ähnliche Bindungsstelle für die gesuchte Stelle finden. ii) „Search P“ ist nützlich für das Prognostizieren von Liganden, die potentiell an eine bestimmte Struktur binden. Poste eine bekannte Protein Struktur (PDB ID) in der PDB und PoSSuM wird eine bekannte Liganden-Bindungsstelle für die gesuchte Struktur finden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Rhea ist eine Datenbank chemischer Reaktionen, in welcher alle Reaktionsteilnehmer (Reaktanden und Produkte) in einer ChEBI Datenbank, welche detaillierte Informationen über Struktur, Formel und Ladung liefert, in Zusammenhang gebracht werden. Rhea stellt eine eingebaute Validierung bereit, die die Elementar- und Ladungs-Balance von Reaktionen garantiert. Wir haben die Datenbank mit Reaktionen, die in der EC-Liste gefunden werden können, bestückt und diese durch bekannte Reaktionen mit biologischem Interesse erweitert. Rhea ist eine manuelle, mit Erläuterungen versehende Ressource und liefert: a) Reaktions-Identifikatoren für jede seiner Reaktionen. Diese Identifikatoren sind unabhängig von EC-Nummern, aber mit diesen über Cross References verbunden; b) Bündelung von Informationen, wenn die physiologische Richtung der Reaktion bekannt ist; c) Die Möglichkeit verschiedene Reaktionen zu verbinden, um Komplex-Reaktionen zu schaffen. Diese Funktion kann ebenfalls dafür benutzt werden, um eine Reaktion in zwei Reaktionen zu zerlegen; d) Umfassende Cross-Referenzen zu anderen Ressourcen, um Enzymkatalysierte und andere metabolische Reaktionen mit einzubeziehen, wie z.B. die EC list, KEGG, MetaCyc und UniPathway; e) Chemische Unterstrukturen- und Ähnlichkeitssuchen nach chemischen Verbindungen in Rhea, wodurch Reaktionen gefunden werden können, in welchen ähnliche chemische Verbindungen involviert sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
SCRIPDB ist eine Datenbank für chemische Strukturen, die diese Metadaten zugänglich macht. Wir führen öffentliche Domains chemischer Informationen, die in U.S. Patents enthalten sind und liefern den vollen Patenttext, Reaktionen und Beziehungen, die in jedem individuellen Patent beschrieben sind sowie die originale CDX, MOL und FIFF Files. SCRIPDB kann nach exakten chemischen Strukturen, Untereinheiten oder molekularen Ähnlichkeiten durchsucht werden, die Ergebnisse könnten aber beschränkt sein auf Patent beschreibende synthetische Wege. SCRIPDB wurde von Abraham Heifets und Igor Jurisica entwickelt und wird vom Jurisica Labor am Ontario Cancer Institute und der Universität von Toronto gewartet. ... [Redaktion vifabio]
Dear colleagues, the GBM announces its upcoming biannual fall meeting 2013 in Frankfurt. We continue with our new tradition to have the meeting at the same venue in Frankfurt to strengthen our corporate identity and establish a prominent recognition factor. The meeting covers the major aspects of molecular life sciences from a broad range of model systems. Topics covered by distinguished plenary lectures include 'Protein Synthesis and Folding', 'Chemical and Systems Biology', 'Metabolic Sensing', 'Biotechnology' and 'Organelles, Membranes and Lipids'. The program was compiled in close cooperation with the GBM study groups, which select the newest and ground breaking contribution within their field as inspiring showcase to all participants. Young group leaders and investigators were especially encouraged and selected to present their newest ideas and most advanced approaches. Furthermore numerous young researchers will be selected from the submitted abstract and present their latest results in a Pecha Kucha format. Last but not least we will have several attractive lunch sessions under the slogan “Science and Beyond”: Our industrial partners will showcase various scientific aspects in round table discussions and presentations. Our very active student’s organization, the Junior GBM, and the GBM workgroup of young scientists will focus on funding opportunities, career prospects and general perspectives for young scientists, as well as legal issues of scientific publishing and so on. On top of that, the poster sessions will offer insights into the latest research, providing also a great opportunity to meet colleagues, friends and coworkers. We are looking forward to seeing you in Frankfurt. ... [Information of the supplier]
On behalf of the Organising Committee it is our great pleasure to invite you to Perth, Western Australia, to participate in the 9th IsoEcol Conference. The conference will be held 3-8 August 2014 at The University Club at The University of Western Australia, on the shores of the beautiful Swan River. IsoEcol 9 will bring together a mix of international and Australian researchers from universities, industry and government with interests in the development and application of stable isotope techniques to the ecological sciences. ... [Information of the supplier]
