John Illingworth von der Faculty of Biological Science an der Universität Leeds, Großbritannien, stellt auf dieser Seite Lerneinheiten für Studenten zu verschiedenen Themen aus dem Bereich Biochemie/Stoffwechsel und zu Methoden zur Verfügung. [Redaktion vifabio]
Ein Netzwerk von zusammengehörenden Genen und Proteinen verbindet die wissenschaftliche Literatur über Phänotypen, Pathologien und Genfunktionen. iHOP veranschaulicht eben dieses Netzwerk als einen einfachen Weg, um Zugang zu Millionen von PubMed-Abstracts zu finden. Indem Gene und Proteine als Hyperlinks zwischen Zusammenfassungen und einzelnen Sätzen dienen, können die Informationen in PubMed in eine navigierbare Struktur gebracht werden; damit werden die Vorteile des Internet auf das Recherchieren in wissenschaftlicher Literatur übertragen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Diese Webpräsenz wurde als Ergänzung zur traditionellen Vorlesung geschaffen, nicht als ein Ersatz. Ich denke, dass sie zur Wiederholung des Stoffes sehr hilfreich sein wird. Der Inhalt ist auf einem Level angelegt, das erste Kurse in Biochemie und die Zeit vor der Zwischenprüfung abdeckt. [Information des Anbieters, übersetzt]
ChemBioNet wurde durch Biologen und Chemiker initiiert, die den Bedarf an interdisziplinären Open Access-Plattformen zur Unterstützung von Forschungsprojekten im Bereich Kleine Moleküle / Systembiologie erkannt haben. Vier Partnerinstitutionen (Helmholtz Centre for Infection Research, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, University of Oslo, und Leibniz-Institut für Molekulare Pharmakologie, FMP) haben die vorliegene zentrale Compound Collection kofinanziert. Die Mission von ChemBioNet ist, eine effektives Verbindungsglied zwischen Biologen, Chemikern und Wissenschaftlern anderer Fächer anzubieten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Dieses Portal soll einen groben Überblick über die Inhalte und Nutzung von wichtigen online-Datenbanken mit biochemischen Inhalten verschaffen. Am wichtigsten sind hier wohl die Datenbanken mit Informationen über Proteine und Gene, es werden jedoch auch Datenbanken für organische Verbindungen oder verschiedene Organismen aufgeführt. BioKemika ist die zentrale Informationsplattform für Biochemie-Studenten der Goethe Universität in Frankfurt am Main. Jeder kann mit seinem Wissen beitragen. Seit April 2009 sind so 55 Artikel entstanden, die in folgenden Portalen organisiert sind: Lehre, Forschung, Bioinformatik, Studium, Mitmachen, Projektinfo, Seminare. ... [Information des Anbieters, verändert]
Cell Circuits ist eine Open-Access-Datenbank für Modelle molekularer Netzwerke. Die Datenbank verbindet pair-wise molekulare Wechselwirkungen und Datenbanken mit validierten Pathways. Die Datenbank nutzt Algorythmen, die molekulare Interaktionsnetzwerke durchsuchen. Es kann nach den Gennamen, Proteinnamen und der Genontologie gesucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die BioSamples-Datenbank (BioSD) auf der EBI-Webseite ist entwickelt worden, um Informationen über biologische Proben (Sample), besonders Proben aus anderen EBI-Datenbanken zu verwalten. BioSD-Daten werden mit NCBI (National Center for Biotechnology Information) ausgetauscht. Der Zweck der BioSamples-Datenbank ist eine vereinheitliche Archivierung und einen Zugang zu Informationen über biologische Proben bereitzustellen. Diese Proben können Forschungsinformationen aus anderen Datenbanken (z.B. Sequenzen, Struktur, Expression) archivieren. Physikalische Proben können außerdem für weitere Studien der Anbieter zugänglich sein. Die Definition eines Samples ist flexibel. Die meisten Proben sind relativ einfach, so wie Gewebe eines individuellen Organismus. Allerdings kann ein Sample auch eine Umweltprobe (z.B. für metagenomische Analysen), ein Hybrid zwischen zwei Arten, infiziertes Gewebe etc. sein. In der BioSamples Datenbank werden Sammlungen von Proben als „Vorlagen“ behandelt. Jede Vorlage ist eine SampleTab Format Datei, die zu biosamples@ebi.ac.uk gemailt wird. Manche gut betreute und hoch-frequentierte Vorlagen können Referenz-Samples werden, z.B. ENCODE cell lines. Das sind Samples, die von besonderem Interesse sind und Datensätze von verschiedenen Technologien, die mit ihnen zusammenhängen, beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EBIMed ist eine Webanwendung, die Informationsabfrage und -extrahierung aus Medline kombiniert. EBIMed findet Medline-Zusammenfassungen auf dieselbe Art wie Pubmed. Anschließend geht es einen Schritt weiter und analysiert diese, um einen kompletten Überblick über Verbindungen zwischen UniProt-Protein/Gen-Namen, GO-Anmerkungen, Wirkstoffe und Arten zu bieten. Das Ergebnis wird in einer Tabelle gezeigt, welche alle Verbindungen und Verknüpfungen zu den Aussagen und den Originalabstracts aufweist, die diese stützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The Executive Committee of FEBS has awarded the FEBS Congress for 2013 to the Russian Biochemical Society. It will be located in St. Petersburg, July 6th – 11th 2013 under the Congress Presidency of Professor Vladimir Skulachev with Professor Sir Richard Roberts as Chairman of the International Advisory Board. The Congress Theme is “Mechanisms in Biology” and we are seeking to build a powerful and diverse program to support this key theme. Symposia presently under consideration include: Immunology, RNA, Carbohydrate Biochemistry, Stem Cell Biology, Mechanisms of Proteolysis, Bacteriology, Bioinformatics, & Techniques of Biochemistry. A total of 37 symposia will be included in the program. We are expecting to have a strong cohort of keynote and symposium speakers from Europe, USA, Japan and other countries. ... [Information of the supplier]
Heutzutage können riesige Mengen von kleinen Molekülbindungsstellen in Protein Datenbanken (PDB) gefunden werden. Der vollständige Vergleich von diesen ist sehr aufwendig, aber nützlich für die Vorhersage von Proteinfunktionen und die Stoffermittlung. Wir stellen einen ungemein schnellen Algorithmus, Sketch Sort genannt, zur Verfügung, welcher die Aufzählung von ähnlichen Paaren von Bindungsstellen in einer großen Anzahl von Protein-Ligand Bindungsstellen ermöglicht. Wir führten Paar-ähnlichkeits-Untersuchungen für 3,4 Millionen bekannte und potentielle Bindungsstellen mit der oben gennanten Methode durch und entdeckten über 24 Millionen ähnliche Paare von Bindungsstellen. Wir präsentieren unsere Ergebnisse in einer relationalen Datenbank als Taschen-Ähnlichkeits-Suche, welche Multiple-Sketches (PoSSuM) benutzt. Inkludiert sind alle entdeckten Paare mit Erläuterungen der verschiedenen Typen (u.a. CATH, SCOP, EC Nummer, Gen Ontologie). PoSSuM ermöglicht einen enormen Aufschluss über ähnliche Bindungsstellen unter Strukturen mit verschiedenen oder auch ähnlichen globalen Faltungen. Desweiteren ist PoSSuM hilfreich, um einen bindenden Ligand für eine ungebundene Strukturen zu prognostizieren. Die Nutzer können ähnliche Bindungstaschen in zwei Suchmodi suchen: ii) „Search K“ ist nützlich, um ähnliche Bindungsstellen für eine bekannte Ligand-Bindungsstelle zu finden. Poste eine bekannte Bindungsstelle in der PDB und PoSSuM wird eine ähnliche Bindungsstelle für die gesuchte Stelle finden. ii) „Search P“ ist nützlich für das Prognostizieren von Liganden, die potentiell an eine bestimmte Struktur binden. Poste eine bekannte Protein Struktur (PDB ID) in der PDB und PoSSuM wird eine bekannte Liganden-Bindungsstelle für die gesuchte Struktur finden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
