Polbase ist ein offener Speicher von Informationen zum Thema DNA-Polymerase. Ziele sind: a) Lieferung einer freien und offenen Informationsquelle, fokussiert auf DNA-Polymerasen; b) Zusammenstellung von Auszügen der wichtigsten Ergebnisse von veröffentlichten und unveröffentlichten Quellen; c) Präsentation der Ergebnisse im Kontext, aber ohne redaktionelle Befangenheit, bestätigt durch Autoren; d) Schaffung eines Hubs mit DNA-Polymerase als Mittelpunkt, durch Verbindung mit anderen Protein-Ressourcen; e) Berücksichtigung der Ratschläge von der Community; f) Verbleib bei der aktuellen automatischen Identifizierung neu veröffentlichter Paper; g) Nachhaltigkeit! Durch Beteiligung der Polymerase-Forschungs-Community können wir eine nützliche Quelle mit minimalem Aufwand von jedem individuellen Mitarbeiter anfertigen lassen. Die DNA-Polymerase-Datenbank (Poolbase) ist vorgesehen als Zusammenstellung der Fülle von existierenden DNA- Polymerase-Informationen von privaten und öffentlichen Aufzeichnungen in eine offene durchsuchbare Datenbank. Sie ergänzt existierende Quellen, zum Beispiel: a) PubMed; b) ExPASy; c) UniProtKB; d) RCSB PDB; e) KEGG; f) PROSITE; g) BRENDA; h) Human Polymerase Gamma Mutation Database. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das European Nucleotide Archive (ENA) speichert und veröffentlicht Informationen, die mit den experimentellen Arbeitsabläufen der Nukleotidsequenzierung zu tun haben. In der ENA-Datenbank werden alle Informationen, angefangen beim Input (Probe, Protokolle, Konfiguration der Geräte) über den Output des Sequenziergerätes (DNA-Sequenzen und Zusatzinformationen wie die Qualitätswerte) bis hin zu den Interpretationen der Analysen (Zusammenfügung der Sequenzen, Mapping und funktionelle Zuordnungen) hinterlegt. Die Daten erhält das ENA unter anderem von den größten europäischen Sequenzierzentren und durch Austausch mit anderen Partnerdatenbanken der International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). ENA besteht aus einer Vielzahl von Datenbanken, die die EMBL-Bank, das Sequence Read Archive (SRA) und das Trace Archive beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DNAtraffic-Datenbank ist eine einzigartige, umfassende und ausführlich kommentierte Datenbank der Genomdynamiken während des Lebens einer Zelle. DNAtraffic enthält umfangreiche Daten zur Nomenklatur, Ontologie, Struktur und Funktion von Proteinen, die bei der Kontrolle der DNA-Integritätsmechanismen eine Rolle spielen. Diese Daten sind z.B. Chromatin-Remodelling, DNA-Reparatur und die Antwort auf DNA-Schäden von 8 Modellorganismen, die häufig in Studien zur DNA verwendet werden: Homo sapiens (Mensch), Mus musculus (Maus), Drosophila melanogaster (Fruchtfliege), Caenorhabditis elegans (Nematode), Saccharomyces cerevisiae (knospende Hefe), Schizosaccharomyces pombe (Spalthefe), Escherichia coli K-12, Arabidopsis thaliana (Acker-Schmalwand). DNAtraffic enthält vergleichende Informationen zu Krankheiten, die in Verbindung mit gefalteten menschlichen Proteinen stehen. Die Datenbank wird oft im Zusammenhang mit systematischen Informationen der Nomenklatur, Chemie und Struktur von DNA-Schäden und Drug-targeting Nukleinsäuren und/oder Proteinen, die in die Aufrechterhaltung der Genomstabilität involviert sind, zitiert. Eines der Ziele der Datenbank ist die Schaffung der ersten Plattform für die kombinatorische Komplexität der DNA-Metabolismus-Analyse. Sie enthält Illustrationen von Stoffwechselwegen, Schäden, Proteinen und Wirkstoffen. Da DNAtraffic designed wurde um ein großes Spektrum an wissenschaftlichen Disziplinen abzudecken, ist es großflächig mit einer Vielzahl von Datenquellen verknüpft. Die Datenbank ist frei erhältlich und kann nach Name des DNA-Netzwerkprozesses, DNA-Schaden, Protein, Krankheit und Wirkstoff durchsucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
“Multi-purpose Automated Genome Project Investigation Environment” (MAGPIE, http://magpie.ucalgary.ca/) ist ein Softwarepacket für die automatisierte Verwaltung und Präsentation von DNA- und Proteinsequenzen. MAGPIE filtert die Ergebnisse verschiedener Datenbanksuchergebnisse auf jede Sequenz (z.B. exprimierte Sequenz-Taqs, ESTs) oder Untersequenzen (z.B. offenes Leseraster, ORFs, in bakterieller genomischer DNA), und zeigt sie auf einer Zusammenfassungsseite, die Interpretationen der biologischen Rolle von Genen und Origins ermöglicht, an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Diese Seite erlaubt den Vergleich einer Antikörper-Sequenz mit der Kabat-Datenbank. Alle ungewöhnlichen Aminosäuren, die in weniger als 1% der Sequenzen in der Datenbank vorkommen, werden dem Benutzer angezeigt; dadurch können Klonierungsartefakte und Sequenzierfehler erkannt werden. Die Kabat-Datenbank umfaßt im Moment (März 2007) 6014 leichte Ketten und 7895 schwere Ketten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
CATH is a hierarchical classification of protein domain structures, which clusters proteins at four major levels, Class(C), Architecture(A), Topology(T) and Homologous superfamily (H).Class, derived from secondary structure content, is assigned for more than 90% of protein structures automatically. Architecture, which describes the gross orientation of secondary structures, independent of connectivities, is currently assigned manually. The topology level clusters structures into fold groups according to their topological connections and numbers of secondary structures. The homologous superfamilies cluster proteins with highly similar structures and functions. The assignments of structures to fold groups and homologous superfamilies are made by sequence and structure comparisons. The boundaries and assignments for each protein domain are determined using a combination of automated and manual procedures. These include computational techniques, empirical and statistical evidence, literature review and expert analysis. ... [Information of the supplier]
MOLMOL ist ein molekulares Grafikprogramm, das eingesetzt wird, um dreidimensionale Strukturen von biologischen Makromolekühlen darzustellen, zu analysieren und zu manipulieren, mit besonderer Betonung der Untersuchung von durch NMR bestimmten Protein- oder DNA-Strukturen. Das Programm läuft auf UNIX und Windows NT/95/98/2000 und ist frei erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Der "Molecular Genetics Explorer" ist eine BioQUEST Simulationssoftware zum Untersuchen biologischer Phänomene, die die Bereiche Genetik, Biochemie und Molekularbiologie umfasst. Sie wurde entwickelt, um Studenten die Beziehungen zwischen diesen drei Schlüsseldisziplinen der modernen molekularen Genetik zu verdeutlichen, welche auf dem Botsteinschen Dreieck beruhen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
