MfunGD bietet eine Datensammlung zu annotierten Proteinen der Maus und zu deren Auftreten in Protein-Netzwerken. Die Annotation von Protein-Funktionen erfolgt unter Verwendung des "Functional Catalogue (FunCat) Annotation Scheme", welches ein hierarchisch strukturiertes Klassifikationssystem darstellt . [Information des Anbieters, übersetzt]
Dieser Server widmet sich der Analyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen, die zur Superfamilie der alpha-/beta-Hydrolasen gehören, die homolog zu den Cholinesterasen sind. Keine andere Datenbank hält alle alpha/beta Hydrolase-Faltungsproteine zusammen: Interpro, Prosite und Pfam haben einige Einträge für Untermengen dieser strukturellen Superfamilie. Eine Tabelle „Synthese” zeigt die Korespondenz zwischen diesen Datenbankeinträgen und den Superfamilien in ESTHER. Die ESTHER-Tabelle ist momentan etwas zu groß um hilfreich zu sein. Jeder Ordner enthält eine der 31010 nicht-redundanten Proteine/Gene. Die Tabellen, die in der Familientabelle zusammengefasst sind, die Synthesen-Tabelle oder die Struktur-Tabelle werden möglicherweise hilfreicher sein. Die Gen-Lokus-Nomenklatur für diese nicht-redundanten Einträge ist ein Name mit 5 Buchstaben für die Organismen (3 für Gattungen, 2 für die Art, außer wenn ein allgemeiner 5-buchstabiger Name existiert; z.B. ratno für Rattus norvegicus und Mensch für Mann.) Dies erlaubt uns, nahe an der Swiss-Prot-Nomenklatur zu bleiben. Die letzten Eigenschaften definieren das Protein; z.B. menschliche AChE stellt die menschliche Acetylcholinesterase dar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
SUPERFAMILY ist eine Datenbank mit strukturellen und funktionellen Anmerkungen für alle Proteine und Genome. Die SUPERFAMILY-Erläuterungen basieren auf einer Sammlung von verborgenen Markov-Modellen, welche die strukturellen Proteindomänen, an der SCOP Superfamily ausgerichtet, repräsentieren. Eine Superfamilie fasst Domänen zusammen, die eine evolutionäre Verwandtschaft aufweisen. Die Erläuterungen entstanden durch das Scannen der Proteinsequenzen von über 2414 komplett sequenzierten Genomen gegen das verborgene Markov Modell. Für jedes Protein kann man: a) Sequenzen für die SCOP Klassifikation zusammenstellen; b) die Domänen Organisation, den Sequenzabgleich und Protein-Sequenz-Details anzeigen lassen. Für jedes Genom kann man: a) einen Superfamilien-Abgleich, phylogenetische Bäume, Domänen-Organisations-Listen und Networks prüfen; b) über- und unterrepräsentierte Superfamilien mit Hilfe des Genomes prüfen Für jede Superfamilie kann man: a) eine SCOP Klassifikation, funktionelle Erläuterungen, Gen-Ontologie-Erläuterungen, InterPro Auszüge und Genome Zuordnungen durchsehen; b)die Taxonomische Verteilung einer Superfamilie über einen Stammbaum erkunden Alle Erläuterungen, Modelle und die Datenbank sind für jeden frei zum Download verfügbar. SUPERFAMILY ist ein Mitglied der InterPro Vereinigung von Protein erläuternden Datenbanken und wurde in das „Ensamble eukaryotic genome project“ und „The Arabidopsis Information Resource“ aufgenommen. Bis heute sind die SUPERFAMILY-Veröffentlichungen über 1000 Mal zitiert worden. SUPERFAMILY wurde in strukturellen, funktionellen, evolutionellen und phylogenetischen Forschungsprojekten genutzt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die M-Phase, auch Zellteilung genannt, ist die wichtigste und fundamentalste Angelegenheit des eukaryotischen Zellzyklus. Nach der Replikation der Chromosomen während der S-Phase, werden die Schwester-Chromatiden getrennt und in die zwei Tochterzellen gleich aufgeteilt. Jede Tochterzelle erhält die durchschnittlichen und nötigen intrazellulären Komponenten und Organellen der Mutterzelle. Generell besteht die Zellteilung aus 6 Stufen, einschließlich Prophase, Prometaphase, Metaphase, Anaphase, Telophase und Cytokinese. Und die ersten 5 Schritte konstituieren die Mitose. Während der Mitose organisieren zahlreiche Proteine zu Super-Komplexen. Auch wenn bekannt ist, dass viele Proteine im Centromer, in den Kinetochoren und/oder den Intermediärkörperchen lokalisiert sind, gibt es keine integrierte Ressource auf diesem Gebiet. Deshalb haben wir hier alle solcher Proteine von 2 Pilzarten (S. cerevisiae und S. pombe) und 5 Tieren, einschließlich C. elegans, D. melanogaster, X. laevis, M. musculus und H. sapiens, gesammelt. Aus der verwandten Literatur von PubMed, wurde eine Vielzahl von Proteinen, die zumindest in einer der subzellulären Orte von Kinetochoren, dem Centrosom und den Intermediärkörperchen zu finden sind, manuell kuratiert. Um die Qualität der Daten, basierend auf „Sehen ist Glauben“, wurden diese Proteine eindeutig unter dem Fluoreszenzmikroskop untersucht. Danach wurde eine integrierte und suchbare Datenbank MiCroKit - Midbody, Centrosome and Kinetochore erstellt. Die MiCroKit-Datenbank ist die erste einheitliche Ressource um einen Großteil der identifizierten Komponenten und verwandten wissenschaftlichen Informationen zu Intermediärkörperchen, Centromer und Kinetochoren bereit zu stellen. Die Version 1.0 der MiCroKit-Datenbank wurde im November 2005 erstellt, und enthält 1,065 einzigartige Proteine. Die MiCroKit Version 2.0 wurde im Juni 2006, auf 1,120 Einträgen erweitert. Die aktuelle 3. Version der Datenbank wurde im Juli 2009 aktualisiert, und enthält 1,489 einzigartige Proteineinträge. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
SEVENS fasst GPCR (G-Protein gekoppelte Rezeptor) Gene zusammen, die mit einer hohen Genauigkeit von 56 eukariotischen Genomen durch Pipeline Integrating und derartige Software wie Gene Finder, Sequenzüberlagerungs-Tools, Motiv- und Domänen–Verknüpfungs-Tools und Helix-Vorhersagern identifiziert wurden. Diese Datenbank liefert einen höheren Datenumfang als andere zurzeit verfügbare Datenbanken, die nicht nur exprimierte Sequenzen, sondern auch neu identifizierte Sequenzen, die noch nicht in in vivo Experimenten nachgewiesen werden konnten, obwohl sie definitiv auf der Genomesequenz existieren und nur auf die Möglichkeit warten ihre Funktion auszudrücken, enthalten sollten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
PlasmoDB ist eine Genom-Datenbank für die Gattung Plasmodium, eine Gruppe von einzelligen, eukaryotischen Pathogenen, die in Menschen und Tieren Krankheiten einschließlich Malaria hervorrufen. [Information des Anbieters, übersetzt]
Das European Nucleotide Archive (ENA) speichert und veröffentlicht Informationen, die mit den experimentellen Arbeitsabläufen der Nukleotidsequenzierung zu tun haben. In der ENA-Datenbank werden alle Informationen, angefangen beim Input (Probe, Protokolle, Konfiguration der Geräte) über den Output des Sequenziergerätes (DNA-Sequenzen und Zusatzinformationen wie die Qualitätswerte) bis hin zu den Interpretationen der Analysen (Zusammenfügung der Sequenzen, Mapping und funktionelle Zuordnungen) hinterlegt. Die Daten erhält das ENA unter anderem von den größten europäischen Sequenzierzentren und durch Austausch mit anderen Partnerdatenbanken der International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). ENA besteht aus einer Vielzahl von Datenbanken, die die EMBL-Bank, das Sequence Read Archive (SRA) und das Trace Archive beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
hiPathDB stellt 2 verschiedene Typen von Integration/Verknüpfung zur Verfügung. Die Verknüpfung auf Pathway-Ebene (Stoffwechselebene) ist eine einfache Sammlung von verschiedenen Pathways, so wie sie in der ursprünglichen Datenbank beschrieben wurden. Wir entwickelten ein gen-zentriertes Pathwaymodel, das verschiedene Eigenschaften von vier Datenbanken wiederspiegelt. Die allumfassende Integration erstellt einen Super-Pathway, der alle Pathways miteinander verknüpft, indem er redundante Komponente vereinigt. Auch wenn detaillierte molekulare Informationen, wie die Komplexbildung oder die Modifikation in einzelnen Fällen verloren gehen können, bietet der vereinigte Superpathway einen Überblick über das aktuelle Wissen von menschlichen Pathways, besonders in Bezug auf das Verständnis von Beziehungen zwischen verschiedenen Pathways. Eine andere starke Leistung von hiPathDB ist das eingebaute Pathway-Visualisierungs–Modul, um wissenschaftliche Studien zu komplexen Netzwerken auf interaktivem Wege zu unterstützen. Der kraftgerichtete Layout-Algorithmus ist für fast alle automatischen Visualisierungen von Pathways optimiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DistiLD-Datenbank zielt darauf ab, den Nutzen existierender Ergebnisse genom-weiter Assoziationsstudien (GWAS) zu erhöhen, indem sie es einfacher macht krankheits-asoziierte SNPs und Gene in ihrem chromosomalen Kontext zu suchen und sichtbar zu machen. Die Datenbank führt drei wichtige Aufgaben durch: Publizierte GWAS werden von verschiedenen Quellen gesammelt und mit standartisierten, internationalen Krankheitscodes (ICD10 Codes) verknüpft. Zudem werden Daten des Internationalen HapMap-Projekts analysiert um "linkage disequilibrium"(LD)-Blocks zu definieren, auf denen SNPs und Gene abgebildet sind. Drittens macht es das Web-Interface leicht, krankheits-assoziierte SNPs und Gene innerhalb LD-Blocks zu suchen und zu visualisieren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DNAtraffic-Datenbank ist eine einzigartige, umfassende und ausführlich kommentierte Datenbank der Genomdynamiken während des Lebens einer Zelle. DNAtraffic enthält umfangreiche Daten zur Nomenklatur, Ontologie, Struktur und Funktion von Proteinen, die bei der Kontrolle der DNA-Integritätsmechanismen eine Rolle spielen. Diese Daten sind z.B. Chromatin-Remodelling, DNA-Reparatur und die Antwort auf DNA-Schäden von 8 Modellorganismen, die häufig in Studien zur DNA verwendet werden: Homo sapiens (Mensch), Mus musculus (Maus), Drosophila melanogaster (Fruchtfliege), Caenorhabditis elegans (Nematode), Saccharomyces cerevisiae (knospende Hefe), Schizosaccharomyces pombe (Spalthefe), Escherichia coli K-12, Arabidopsis thaliana (Acker-Schmalwand). DNAtraffic enthält vergleichende Informationen zu Krankheiten, die in Verbindung mit gefalteten menschlichen Proteinen stehen. Die Datenbank wird oft im Zusammenhang mit systematischen Informationen der Nomenklatur, Chemie und Struktur von DNA-Schäden und Drug-targeting Nukleinsäuren und/oder Proteinen, die in die Aufrechterhaltung der Genomstabilität involviert sind, zitiert. Eines der Ziele der Datenbank ist die Schaffung der ersten Plattform für die kombinatorische Komplexität der DNA-Metabolismus-Analyse. Sie enthält Illustrationen von Stoffwechselwegen, Schäden, Proteinen und Wirkstoffen. Da DNAtraffic designed wurde um ein großes Spektrum an wissenschaftlichen Disziplinen abzudecken, ist es großflächig mit einer Vielzahl von Datenquellen verknüpft. Die Datenbank ist frei erhältlich und kann nach Name des DNA-Netzwerkprozesses, DNA-Schaden, Protein, Krankheit und Wirkstoff durchsucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
