H-DBAS ist eine einzigartige Datenbank für Alternatives Splicen (AS) basierend auf H-InvDB. Die Besonderheiten der Datenbank sind wie folgt: 1) repräsentative AS-Varianten (RASVs) wurden durch 8 Datensätze identifiziert, die 6 Säugetier-Modellorganismen (Mensch, Maus, Ratte, Schimpanse, Makak und Hund) beinhalten. Splice-Sites und Splice-Motive durch SNPs können an menschlicher mRNA beobachtet werden. Die Inhalte der Datensätze und der dazugehörenden Arten sind wie folgt: Komplette cDNA-Datensätze, mRNA-Datensätze und RNA-Datensätze 2) gleich splicende Varianten (ESVs) durch RASVs zwischen Mensch und Maus, Ratte, Schimpanse, Makak und Hund unter Benutzung von vergleichender Genomik 3) Splice-Stellen und Splicemotive durch SNPs können in Menschen beobachtet werden 4) RASVs, die Proteinfunktionen beeinflussen (Proteinmotiv, GO, subzelluläres Lokalisationssignal und Transmembrandomäne) können in Menschen beobachtet werden 5) AS-Junctions aus spezifischen zellulären Fraktionen (Zytoplasma, Kern, und Polysomen) von menschlichen Zellen wurden durch RNA-Seq Tags bestimmt. Die Translationsvalidation der Varianten, die AS-Junctions haben, wurden durch Vergleiche mit RefSeq-Junctions analysiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Anfänge der DDBJ (DNA Data Bank of Japan) am National Institute of Genetics (NIG) reichen bis in das Jahr 1986 zurück. Seit Beginn fungiert DDBJ als eine der Internationalen DNA-Datenbanken, zu denen auch EBI in Europa und NCBI in den USA als die beiden anderen Mitglieder gehören. Folglich arbeiten wir mit diesen Datenbanken durch Austausch von Daten und Informationen sowie durch regelmäßig stattfindende Konferenzen zusammen. DDBJ ist die einzige DNA-Datenbank in Japan, die offiziell zum Sammeln von DNA-Sequenzen aus der Forschung und zum Ausgeben der international akzeptierten Accession Numbers zertifiziert ist. Wir sammeln primär Daten von japanischen Forschern, integrieren aber natürlich auch Daten von Forschern aus beliebigen anderen Ländern. Da wir die gesammelten Daten täglich mit EMBL/EBI und GenBank/NCBI abgleichen, weisen alle drei Datenbanken praktisch zu jeder Zeit denselben Datenbestand auf. Wir bieten weiterhin zahlreiche Tools für Recherche und Datenanalyse, die durch DDBJ und andere entwickelt worden sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
