Proteasen sind eine wichtige Gruppe der Enzyme und machen mehr als 2% des Genoms bei Menschen, Schimpansen, Mäusen und Ratten aus. Diese Enzymgruppe ist an zahlreichen physiologischen Prozessen beteiligt. Die Bedeutung der Proteasen wird durch die Existenz von 80 verschiedenen Erbkrankheiten belegt, die auf Mutationen der Protease-Gene zurückgehen. Außerdem sind Proteasen an vielen Krankheiten wie Gefäßkrankheiten, rheumatischer Arthritis, neurodegenerativen Prozessen und Krebs beteiligt. Während der letzten 10 Jahre hat unser Labor mehr als 60 humane Protease-Gene identifiziert und charakterisiert. Wegen der Bedeutung der proteolytischen Enzyme in der humanen Pathologie und Physiologie haben wir kürzlich das Konzept des Degradomes, als das vollständige Proteasen-Repertoire eines Gewebes oder Organismus’, entwickelt. Dank des Abschlusses der Sequenzierungs-Projekte der Genome von Mensch, Schimpanse, Maus und Ratte waren wir zum ersten Mal in der Lage, das gesamte Protease-Repertoire dieser Organismen zu vergleichen und zu analysieren genauso wie die entsprechenden Protease-Inhibitor-Gene. Diese Website ist ein Repository dieser Information, wie beschrieben in: The Degradome database: mammalian proteases and diseases of proteolysis Nucleic Acids Res (2008). ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Diese Site des Eurexpress-Projekts soll ein Hilfsmittel für die Forscher darstellen, die sich mit der Genexpression und dem daraus resultierenden Verständnis bezüglich der Rolle bestimmter Gene oder Proteine und deren Wechselwirkung beschäftigen. Die Site dient dem gegenseitigen Austausch europäischer Wissenschaftler. Hauptsächlich soll eine Akquisition von Expressionsmustern über das gesamte Transkriptom erfolgen. Dies soll mit Hilfe von In Situ Hybridisierung (ISH) mit nichtradioaktiven Proben geschehen, um letztendlich eine interaktive digitale Transkriptomkarte mit über 20.000 Genen von E14.5 Wildtyp-Mäuseembryonen zu erstellen. Vor allem für Gene, die direkt mit menschlichen Erbkrankheiten assoziiert werden, sollen auch Daten zur Expression erstellt werden. Dafür sollen Gewebe-Arrays von Mäusen und Menschen genutzt werden, was den direkten Vergleich zwischen den Expressionsmustern im adulten Gewebe von Menschen und Mäusen ermöglichen wird. Sämtliche mit und für Eurexpress erstellten Daten werden unmittelbar der allgemeinen Forschungsgemeinschaft zur Verfügung gestellt. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Das auf dieser Website vorgestellte Forschungsprojekt GUDMAP wurde vom NIDDK und dem NICHD erstellt, um die Stammzellenforschung und damit die Grundlagenforschung der Entwicklungsbiologie zu unterstützen. Grund dafür sind erkannte große Lücken bei den Grundlagen auf diesem Forschungsfeld und die damit unzureichenden Einsatzmöglichkeiten von Stammzellen in der Medizin. Im Vordergrund stehen hier die Erarbeitung von Strategien zum Einsatz der Stammzellen bei Organschäden oder auch dem Ersatz defekter Organe. Des Weiteren sollen Einsichten in die Entwicklung der Organe und damit auch diejenige von Organdefekten und -erkrankungen gewonnen werden, um letzteren eventuell vorbeugen oder besser entgegenwirken zu können. Das Ziel von GUDMAP ist deshalb die detaillierte Beschreibung der Verdauungsorgane und der Niere. Um dies zu erreichen sollen die folgenden drei Verfahren angewandt und weiterentwickelt werden: a) Hochdurchsatz-in situ-Hybridisierungsanalysen, um die Expressionsmuster von Genen, die in den oben genannten Organen exprimiert werden, zu untersuchen, b) hochauflösende Genexpressionsanalysen, um die Genexpression im Verlauf der Organentwicklung zu definieren, so Gemeinsamkeiten bei den Genexpressionsmustern erkennen zu können und schließlich auf Zusammenhänge zwischen Genexpression und Organfunktion schließen zu können und c) eine Datenbank zu erstellen, in der die gesammelten Daten der gesamten Forschungsgemeinschaft zur Verfügung gestellt werden können. Schließlich sollen auch Microarrayanalysen und die Zucht von Mäusestämmen mit genetischen Markern im Verlauf dieses Projekts zum Einsatz kommen, um das Ziel der Definition von molekularer und zellulärer Anatomie im Verlauf der Enticklung der Organe zu unterstützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
NEMBASE ist eine Quelle für Transkriptionsanalysen von Nematoden (Fadenwürmer) und ein Forschungstool für die Nematodenbiologie, für die Ermittlung von Wirkstoffen und die Medikamentenentwicklung [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Tiger Genome Project (TGP) ist ein internationales, offenes Projekt für die Sequenzierung und Analyse des Tigergenoms. Das offene Projekt ist ein öffentlicher Dienst, der durch die Non-Profit-Organisation Genome Research Foundation (GRF) und TheragenEtex Inc. ins Leben gerufen wurde. Das Ziel des Projekts ist es die Informationen zum Tigergenom zu sichern, da der Tiger durch die koreanische Regierung auf die Stufe 1 der gefährdeten Tierarten gesetzt wurde. GRF strebt die Erforschung des gesamten Genoms des Amurtigers (Panthera tigris altaica; Koreanischer oder Sibirischer Tiger) durch Sequenzierung und Analyse an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Bgee ist eine Datenbank für das Abrufen und den Vergleich der Genexpressionsmuster zwischen Tierarten. Bgee bildet zuerst heterogene Expressionsdaten zur Anatomie und Entwicklung von verschiedenen Arten ab (aktuell Expressed Sequence Tags (EST), Affymetrix und in-situ-Hybridisierungsdaten). Anschließend wurden Homologiebeziehungen zwischen Anatomien, und Vergleichskriterien zwischen Entwicklungsstadien entwickelt, um automatisierte Vergleiche über die Artgrenzen hinaus durchführen zu können. Auf die Daten kann durch Ontologie-Browsing, Textsuche, Expressionssuche oder erweiterte Expressionssuche zugegriffen werden. Genexpressionsmuster können durch das Auswählen einer beliebigen Genfamilie (z.B. ENSFM00500000270089) verglichen werden. Die gesamten Inhalte der Bgee Expressionsdatenbank, der Ontologien, der Homologieverknüpfungen zwischen anatomischen Ontologien und die Beziehungen zwischen Entwicklungsontologien sind alle im Download-Bereich erhältlich. Weitere Information ist in der Dokumentation bereitgestellt. Alle Datenquellen, die in Bgee benutzt wurden, sind auf der Datenquellen-Seite aufgelistet. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
In Tieren regulieren RNA-Bindungsproteine (RBP) und mikroRNA (miRNA) die Expression von förmlich allen Genen post-transkriptional durch die Bindung von RNA. Aktuelle Fortschritte in experimentellen und kombinatorischen Methoden ermöglichen das transkriptom-weite Abbilden von diesen Interaktionen. Es wird vermutet, dass die kombinatorischen Aktivitäten von RBPs und miRNAs auf Target-mRNA einen post-transkriptionalen Code bilden. Wir stellen Ihnen eine Datenbank zur Verfügung, die die Suche nach der Entschlüsselung dieses regulatorischen Codes unterstützt. Innerhalb DoRiNA kuratieren, speichern und integrieren wir systematisch Daten zu Bindungsstellen für RBPs und miRNAs. Nutzer können einen auf ein bestimmtes Ziel (mRNA) oder einen Regulator (RBP und/oder miRNA) fokussierten Blick frei wählen. Wir haben einen Datenbankrahmen mit kurzen Suchzeiten für komplexe Suchbedingungen geschaffen (z.B. die Frage nach allen Targets einer bestimmten Kombination von Regulatoren). Alle Suchresultate können in Kombination mit einer riesigen Auswahl an anderen genom-weiten Daten durchsucht, inspiziert und analysiert werden, da unsere Datenbank direkt mit einer lokalen Kopie des UCSC-Genom-Browsers verbunden ist. Zur Zeit umfasst DoRiNA RBP-Daten von Mensch-, Maus- und Wurmgenom. [Quelle: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/15/nar.gkr1007.full, übersetzt] ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
Dr.VIS sammelt und lokalisiert mit humanen Krankheiten verknüpfte virale Integrationsstellen. Bis jetzt sind ca. 600 Stellen erhältlich, die 5 Virusorganismen und 11 menschliche Krankheiten abdecken. Integrationsstellen in Dr. VIS sind gegen Chromosomen-, Cytoband-, Gen- und Refseq-Positionen, so spezifisch wie möglich, lokalisiert worden. Viral-zelluläre Junction-Sequenzen wurden aus Papern und Nukleotid-Datenbanken extrahiert, und sind mit korrespondierenden Integrationsstellen verknüpft. Graphische Bilder, die die Verteilung von viralen Integrationsstellen zusammenfassen, sind mit Hilfe von Chromosomenkarten erzeugt worden. Es steht Ihnen frei sich umzusehen und Daten von Dr. VIS zu downloaden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cancer GEnome Mine ist eine öffentliche Datenbank zur Speicherung von klinischen Daten zu Tumorproben und Microarray-Daten, sowie relevanten Metadaten der Messungen und Proben mit Schwerpunkt auf vergleichende genomische Hybridisierung (aCGH) und Data-Mining von Genkopienzahlveränderungen. CanGEM unterstützt den MIAME-Standard und speichert, wenn möglich, klinische Informationen, die standartisiertes, sowie kontrolliertes Vokabular verwenden. Microarray-Proben werden weiterhin mit ihren physikalischen Koordinaten im menschlichen Genom annotiert, und es werden aCGH-Daten zum Erhalt von genspezifischen Kopienzahlen analysiert. Nutzer können eigene Datensätze durch die Suche nach spezifischen klinischen Proben oder Kopienzahländerungen von individuellen Genen anlegen. Abweichungshäufigkeiten für diese Datensätze können kalkuliert werden, und die Daten können auf der Genomkarte des menschlichen Genoms mit Genannotationen visualisiert werden. Außerdem sind die originalen Datenordner für eine detailiertere Analyse erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Diese Seite enthält alle Daten unserer laufenden proteomischen Analysen des menschlichen Zellkerns, welche als eine Zusammenarbeit zwischen den Lamond- und Mann-Laboren (in Dänemark und in München) erfolgt. Durch Nutzung von hoch sensitiver Massen Spektroskopie und stringenten Kriterien haben wir bis jetzt ca. 700 menschliche, nukleare Proteine identifiziert. Kürzlich haben wir eine quantitative proteomische Annäherung für die zeitliche Charakterisierung des Proteinflusses durch den Kern genutzt, um die Kinetik von bis zu 489 nuklearen Proteinen nach verschiedensten Stoffbehandlungen zu ermitteln und zu demonstrieren, dass es kein einheitliches komplettes Proteom für den Nukleus gibt, aber ein überlappendes Set von Proteomen, die relevant sind, um den Zellstatus oder Zellzustand zu unterscheiden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
