Für das Erreichen eines besseren Verständnisses des Spleiß-Prozesses und seiner Funktionen ist, eine umfassende Kenntnis aller Faktoren des Spleißens von Proteinen und von RNA und ihrer Wechselwirkungen miteinander entscheidend. Ein großer Teil der relevanten Informationen ist in der Literatur vergraben oder in vielen unterschiedlichen Datenbanken verfügbar. Durch von Hand kuratierte Screenings von Literatur und Datenbanken haben wir experimentell bemessene Daten von 71 menschlichen RNA-bindenden, das Spleißen regulierenden Proteinen erfasst und sie in einer Datenbank namens "SpliceAid -F" organisiert. Diese Datenbank stellt für jeden Spleißfaktor (SF) seine funktionellen Domänen und seine Protein- und chemischen Interaktoren bereit. Außerdem haben wir experimentell validierte RNA-SF-Wechselwirkungen, einschließlich der relevanten Informationen zu den RNA -Bindungsstellen der Gene erfasst, also bestimmt wo diese liegen, ihre genomischen Koordinaten erfasst, die Spleiß Effekte bestimmt, experimentelle Verfahren festgehalten, sowie die entsprechenden Literaturangaben erfasst. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das "Encyclopedia of DNA Elements"(ENCODE)- Konsortium hat sich zum Ziel gesetzt alle funktionalen Elemente des menschlichen Genoms zu identifizieren. Zu diesen Elementen gehören genomische Regionen, die von Transkriptionsfaktoren(TFs) gebunden werden, die von Nukleosomen mit modifizierten Histonen besetzt sind oder die überempfindlich für die Spaltung durch DNase I sind, etc. Wir organisieren die laufende Analyse der Ergebnisse der TF-Bindungs-Daten in einem im Web zugänglichen Speicher namens „factorbook.org“. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ChIPBase ist eine eine integrierte Ressource und eine Plattform für die Dekodierung von Transkriptionsfaktorbindungsstellenkarten, Expressionsprofile und transkriptionale Regulation der langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs, lincRNAs), microRNAs, anderer ncRNAs (snoRNAs, tRNAs, snRNAs, etc.) und Protein-kodierender Genen von ChIP-Seq Daten. ChIPBase umfasst derzeit Millionen von Transkriptionsfaktorbindungsstellen (TFBSs) aus 6 verschiedenen Arten. ChIPBase bietet verschiedene web-basierte Tools und Browser an, um TF-lncRNA, TF-miRNA, TF-mRNA, TF-ncRNA und TF-miRNA-mRNA regulatorische Netzwerke zu untersuchen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
dbVar ist eine Datenbank für genomische strukturelle Veränderungen, die es erlaubt variante Daten aus Studien, eingereicht für jeden Organismus, zu suchen, anzuzeigen und zu downloaden. Im Allgemeinen sind die Varianten ≥ 50 Nukleotiden, aber gelegentlich auch kleiner. dbVar bietet Zugriff auf die Rohdaten (wenn verfügbar) und Links zu anderen NCBI- und externen Ressourcen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Database of Genomic Variants archive (DGVA) ist eine Repository, die die Archivierung, Accessionierung und Verteilung von öffentlich verfügbaren genomischen, strukturellen Varianten bereitstellt. In den letzten Jahren gab es noch nie da gewesenene Fortschritte in der Technologie, die genomische Veränderungen charakterisiert, außerdem ist bekannt, dass eine Variation in der Einzel-Nukleotid- Ebene in den Genomen aller Arten reichlich vorkommt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Menschliche Transkriptionsfaktoren werden nach ihrer DNA-Bindedomäne klassifiziert. Die hier zur Verfügung gestellte Klassifizierung ist eine funktionierende Version, die gelegentlichen Änderungen, welche zur Diskussion gestellt werden, unterliegt. Eine robustere Version mit flexibler Visualisierung konnte mit Hilfe von Jürgen Dönitz' OBA-Server zur Verfügung gestellt werden. Darüber hinaus wird die Datenbank auch von der geneXplain Plattform genutzt und ist darüber ebenfalls zugänglich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Wir präsentieren die umfassende Sammlung von Homo sapiens-Modellen HOCOMOCO betreffend Transkriptionsfaktor(TF)-Bindungsmodelle; wir haben die Sammlung durch sorgfältige Integration von Daten aus verschiedenen Quellen generiert. HOCOMOCO enthält 426 nicht-redundante kuratierte Bindungsmodelle für 401 menschliche Transkriptionsfaktoren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
UCNEbase bietet Informationen über die Entwicklung und genomische Organisation von ultra-konservierten nicht-kodierenden Elementen (UCNEs) in mehreren Wirbeltierarten. Es umfasst derzeit 4.351 solcher Elemente aus 18 verschiedenen Arten. Rund die Hälfte dieser Elemente liegen in intergenetischen Regionen (2.139) und der Rest innerhalb von nicht-codierenden Teile von Genen: Introns (1.713) und UTRs (499). Die Mehrheit der UCNEs scheinen transkriptionelle Regulatoren der Schlüsselentwicklungsgene zu sein. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The Murnau Conference on Structural Biology is the biannual meeting of the study group Structural Biology of the German Society for Biochemistry and Molecular Biology (GBM). Welcome to the homepage of the 5th Murnau Conference 2014, taking place in the beautiful scenery of the Alpine foothills of Bavaria. During three days in September of 2014, established leaders of the field and younger scientists will come together for discussions in a relaxed atmosphere. Besides lectures given by invited speakers, there is room for additional oral presentations and posters. Industry exhibitions and social events further complement the program. In the interest of fostering discussions and retaining a focused meeting, the number of participants will be restricted to a maximum of 200. ... [Information of the supplier]
The 2015 IMB Conference will explore cutting edge research in the fields of DNA repair and genome stability within chromatin environments.The conference will cover local chromatin events and their implications for genome stability, such as the functions of chromatin remodellers and posttranslational modifications in various DNA repair and damage signalling pathways.The global consequences of chromatin structure, such as the modulation of nuclear dynamics and the relevance of higher-order chromatin for accessibility and damage processing will also be explored.Scientific talks will be structured into the following themes: DNA damage signalling and checkpoint activation in chromatin,Influence of chromatin on damage processing and repair,Replication of chromatin in the presence of DNA damage,Chromatin dynamics and remodelling in response to DNA damage. The combined expertise represented by the panel of speakers who will present their unpublished research is expected to provide an environment to integrate newly emerging information into conceptual advances in the field. This conference will be a unique opportunity for all participants to learn about the latest discoveries, talk about their own findings and initiate research partnerships. We hope that the ideas and concepts developed during the conference will result in exciting collaborations. ... [Information of the supplier]