ChemMine is a compound mining database that facilitates drug and agrochemical discovery and chemical genomics screens. Its web service is divided into three major functional components: (1) Compound Database, comprising Annotation Search and Structure Search; (2) Cheminformatics Workbench; and (3) Screening Database. A detailed tutorial for using ChemMine's online services is available on the ReadMe page. ... [Information of the supplier, modified]
'The BindingDB is a public, web-accessible database of measured binding affinities for biomolecules, genetically or chemically modified biomolecules, and synthetic compounds.The database currently contains data generated by isothermal titration calorimetry (ITC) and enzyme inhibition (Enz. Inhib.) methods; other techniques will be included in the future. ... [Information of the supplier]
Das Structural Genomics Consortium (SGC) ist eine gemeinnützige Organisation, die darauf abzielt, die dreidimensionale Struktur medizinisch relevanter Proteine zu bestimmen und sie der Öffentlichkeit ohne Einschränkung zugänglich zu machen. Das SGC wird unterhalten von den Universitäten Oxford und Toronto, sowie dem Karolinska Institut in Stockholm. Das SGC arbeitet an den Strukturen von Proteinen aus einer Target-Liste mit ca. 2000 Proteinen, die Human-Proteine, welche mit Krankheiten wie Krebs, Diabetes, Entzündungen und genetischen Krankheiten assoziiert sind, ebenso umfassen wie Proteine menschlicher Parasiten, die z.B. Malaria verursachen. Die Forschung im SGC ist in drei Teilbereiche gegliedert: Strukturelle Genomics löslicher Proteine, strukturelle Genomics von integralen Membran-Proteinen und strukturelle Chemie der löslichen Proteine. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cell Circuits ist eine Open-Access-Datenbank für Modelle molekularer Netzwerke. Die Datenbank verbindet pair-wise molekulare Wechselwirkungen und Datenbanken mit validierten Pathways. Die Datenbank nutzt Algorythmen, die molekulare Interaktionsnetzwerke durchsuchen. Es kann nach den Gennamen, Proteinnamen und der Genontologie gesucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die BioSamples-Datenbank (BioSD) auf der EBI-Webseite ist entwickelt worden, um Informationen über biologische Proben (Sample), besonders Proben aus anderen EBI-Datenbanken zu verwalten. BioSD-Daten werden mit NCBI (National Center for Biotechnology Information) ausgetauscht. Der Zweck der BioSamples-Datenbank ist eine vereinheitliche Archivierung und einen Zugang zu Informationen über biologische Proben bereitzustellen. Diese Proben können Forschungsinformationen aus anderen Datenbanken (z.B. Sequenzen, Struktur, Expression) archivieren. Physikalische Proben können außerdem für weitere Studien der Anbieter zugänglich sein. Die Definition eines Samples ist flexibel. Die meisten Proben sind relativ einfach, so wie Gewebe eines individuellen Organismus. Allerdings kann ein Sample auch eine Umweltprobe (z.B. für metagenomische Analysen), ein Hybrid zwischen zwei Arten, infiziertes Gewebe etc. sein. In der BioSamples Datenbank werden Sammlungen von Proben als „Vorlagen“ behandelt. Jede Vorlage ist eine SampleTab Format Datei, die zu biosamples@ebi.ac.uk gemailt wird. Manche gut betreute und hoch-frequentierte Vorlagen können Referenz-Samples werden, z.B. ENCODE cell lines. Das sind Samples, die von besonderem Interesse sind und Datensätze von verschiedenen Technologien, die mit ihnen zusammenhängen, beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Heutzutage können riesige Mengen von kleinen Molekülbindungsstellen in Protein Datenbanken (PDB) gefunden werden. Der vollständige Vergleich von diesen ist sehr aufwendig, aber nützlich für die Vorhersage von Proteinfunktionen und die Stoffermittlung. Wir stellen einen ungemein schnellen Algorithmus, Sketch Sort genannt, zur Verfügung, welcher die Aufzählung von ähnlichen Paaren von Bindungsstellen in einer großen Anzahl von Protein-Ligand Bindungsstellen ermöglicht. Wir führten Paar-ähnlichkeits-Untersuchungen für 3,4 Millionen bekannte und potentielle Bindungsstellen mit der oben gennanten Methode durch und entdeckten über 24 Millionen ähnliche Paare von Bindungsstellen. Wir präsentieren unsere Ergebnisse in einer relationalen Datenbank als Taschen-Ähnlichkeits-Suche, welche Multiple-Sketches (PoSSuM) benutzt. Inkludiert sind alle entdeckten Paare mit Erläuterungen der verschiedenen Typen (u.a. CATH, SCOP, EC Nummer, Gen Ontologie). PoSSuM ermöglicht einen enormen Aufschluss über ähnliche Bindungsstellen unter Strukturen mit verschiedenen oder auch ähnlichen globalen Faltungen. Desweiteren ist PoSSuM hilfreich, um einen bindenden Ligand für eine ungebundene Strukturen zu prognostizieren. Die Nutzer können ähnliche Bindungstaschen in zwei Suchmodi suchen: ii) „Search K“ ist nützlich, um ähnliche Bindungsstellen für eine bekannte Ligand-Bindungsstelle zu finden. Poste eine bekannte Bindungsstelle in der PDB und PoSSuM wird eine ähnliche Bindungsstelle für die gesuchte Stelle finden. ii) „Search P“ ist nützlich für das Prognostizieren von Liganden, die potentiell an eine bestimmte Struktur binden. Poste eine bekannte Protein Struktur (PDB ID) in der PDB und PoSSuM wird eine bekannte Liganden-Bindungsstelle für die gesuchte Struktur finden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Rhea ist eine Datenbank chemischer Reaktionen, in welcher alle Reaktionsteilnehmer (Reaktanden und Produkte) in einer ChEBI Datenbank, welche detaillierte Informationen über Struktur, Formel und Ladung liefert, in Zusammenhang gebracht werden. Rhea stellt eine eingebaute Validierung bereit, die die Elementar- und Ladungs-Balance von Reaktionen garantiert. Wir haben die Datenbank mit Reaktionen, die in der EC-Liste gefunden werden können, bestückt und diese durch bekannte Reaktionen mit biologischem Interesse erweitert. Rhea ist eine manuelle, mit Erläuterungen versehende Ressource und liefert: a) Reaktions-Identifikatoren für jede seiner Reaktionen. Diese Identifikatoren sind unabhängig von EC-Nummern, aber mit diesen über Cross References verbunden; b) Bündelung von Informationen, wenn die physiologische Richtung der Reaktion bekannt ist; c) Die Möglichkeit verschiedene Reaktionen zu verbinden, um Komplex-Reaktionen zu schaffen. Diese Funktion kann ebenfalls dafür benutzt werden, um eine Reaktion in zwei Reaktionen zu zerlegen; d) Umfassende Cross-Referenzen zu anderen Ressourcen, um Enzymkatalysierte und andere metabolische Reaktionen mit einzubeziehen, wie z.B. die EC list, KEGG, MetaCyc und UniPathway; e) Chemische Unterstrukturen- und Ähnlichkeitssuchen nach chemischen Verbindungen in Rhea, wodurch Reaktionen gefunden werden können, in welchen ähnliche chemische Verbindungen involviert sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das European Bioinformatics Institute (EBI) ist die Heimat vieler bioinformatischen Ressourcen, die relevante Daten aus dem biomedizinischen Bereich verwalten, und ist somit in einer einzigartigen Position, um die Annotation von biologischen Daten durch Querverweise und Kartierung zwischen Ressourcen zu verbessern. Die "Structure Integration with Function, Taxonomy and Sequence" (SIFTS) Initiative ist eine enge Zusammenarbeit zwischen UniProt und der Protein Data Bank in Europa (PDBE) und zielt darauf ab, die Vernetzung von strukturellen Datenbanken wie der PDB und Sequenz-Datenbanken wie UniProt zu verbessern. SIFTS ist die maßgebliche Quelle für up-to-date residue-level-Annotation von Strukturen in der PDB mit Daten aus UniProt, IntEnz, CATH, SCOP, GO, InterPro, Pfam und PubMed. SIFTS wird von den wichtigsten Ressourcen wie RCSB, PDBsum, Pfam, SCOP, InterPro, DAS server providers und vielen Forschungs-und Service-Gruppen auf der ganzen Welt eingesetzt. Das Projekt wurde im Jahr 2000 gestartet und führte zur Gestaltung eines Mechanismus für die Verbesserung der Erläuterung und des Austausches von Daten zwischen diesen beiden primären Daten-Ressourcen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Wir präsentieren die umfassende Sammlung von Homo sapiens-Modellen HOCOMOCO betreffend Transkriptionsfaktor(TF)-Bindungsmodelle; wir haben die Sammlung durch sorgfältige Integration von Daten aus verschiedenen Quellen generiert. HOCOMOCO enthält 426 nicht-redundante kuratierte Bindungsmodelle für 401 menschliche Transkriptionsfaktoren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Tumorsuppressorprotein p53 war zunächst als essentiell wichtiger Transkriptionsfaktor nach DNA-Schädigungen erkannt worden. In der Folgezeit wurde klar, dass p53 weitreichendere Funktionen im Zusammenhang mit zellulärem Streß besitzt, etwa bezüglich Onkogen-Aktivierung oder Hypoxie. Das Protein p53 fungiert als tetramerer Transkriptionsfaktor, der in normalen nicht gestressten Zellen in sehr niedrigen Konzentrationen vorkommt. Nach Streß können verschiedene Pfade zu posttranslationalen Modifikationen des Proteins und zu seiner Stabilisierung führen. Die p53 Database enthält mehr als 16.000 Einträge zu TP53-Mutationen, die in Tumoren, in normalen Hautzellen sowie bei nicht krebsartigen Erkrankungen wie rheumatischer Arthritis gefunden wurden. Die Datenbank schließt auch Keimbahn-Mutationen ein, die bei Li-Fraumeni Syndrome (LFS) und bei LFS-artigen Syndromen auftreten. ... [Information des Anbieters, verändert]
