H-DBAS ist eine einzigartige Datenbank für Alternatives Splicen (AS) basierend auf H-InvDB. Die Besonderheiten der Datenbank sind wie folgt: 1) repräsentative AS-Varianten (RASVs) wurden durch 8 Datensätze identifiziert, die 6 Säugetier-Modellorganismen (Mensch, Maus, Ratte, Schimpanse, Makak und Hund) beinhalten. Splice-Sites und Splice-Motive durch SNPs können an menschlicher mRNA beobachtet werden. Die Inhalte der Datensätze und der dazugehörenden Arten sind wie folgt: Komplette cDNA-Datensätze, mRNA-Datensätze und RNA-Datensätze 2) gleich splicende Varianten (ESVs) durch RASVs zwischen Mensch und Maus, Ratte, Schimpanse, Makak und Hund unter Benutzung von vergleichender Genomik 3) Splice-Stellen und Splicemotive durch SNPs können in Menschen beobachtet werden 4) RASVs, die Proteinfunktionen beeinflussen (Proteinmotiv, GO, subzelluläres Lokalisationssignal und Transmembrandomäne) können in Menschen beobachtet werden 5) AS-Junctions aus spezifischen zellulären Fraktionen (Zytoplasma, Kern, und Polysomen) von menschlichen Zellen wurden durch RNA-Seq Tags bestimmt. Die Translationsvalidation der Varianten, die AS-Junctions haben, wurden durch Vergleiche mit RefSeq-Junctions analysiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
GWAS Central (vorher: Human Genome Variation Datenbank of Genotype-to-Phenotype Information) ist eine Datenbank von zusammengefassten Ergebnissen aus genetischen Assoziationsstudien. Wir sammeln aktiv Datensätze von Public-Domain-Projekten, und ermutigen zu einer direkten Dateneinsendung durch die Forschercommunity. GWAS Central wurde über einem einfachen Layer von Markern, die alle bekannten SNPs und andere Varianten von öffentlichen Datenbanken, wie dbSNP und DBGV umfassen. Allel- und Genotyphäufigkeitsdaten, sowie genetische Assiziationssignifikanzfunde wurden am Anfang der Marker-Daten hinzugefügt und in gleicher Weise organisiert, sodass Recherchen in typischen Journalmanuskripten berichtet werden. Kritisch ist, dass keine individuellen Genotypen oder Phänotypen in der GWAS Central-Datenbank präsentiert werden, sondern nur in Gruppen zusammengefasste Daten. Die größte Einheit des Datenangebots ist eine Studie, die als gleichwertig mit einem Journal-Artikel angesehen werden kann. Diese kann ein oder mehrere Experimente, eine oder mehrere Proben-Panels der Testobjekte und eine oder mehrere Phänotypen enthalten. Proben-Panels können im Sinne von verschiedenen Phänotypen charakterisiert werden und sie können zudem kombiniert und/oder in „Assayed Panels“ geteilt werden. Die Assayed Panels werden als eine Basis für die Auswertung von Allel-/Genotyp-Häufigkeiten (in Genotype Experiments), und/oder von genetischen Assoziationsfunden (in ‘Analysis Experiments’). Verwendet. Umweltfaktoren werden als Teil der Sample Panel- and Assayed Panel-Datenstrukturen gehandhabt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The Genetic Association Database is an archive of human genetic association studies of complex diseases and disorders. The goal of this database is to allow the user to rapidly identify medically relevant polymorphism from the large volume of polymorphism and mutational data, in the context of standardized nomenclature. ... [Information of the supplier]
T1DBase is a public website and database that supports the type 1 diabetes (T1D) research community. It is being created by a joint effort between the Institute for Systems Biology, Juvenile Diabetes Research Foundation/Wellcome Trust Diabetes and Inflammation Laboratory and the Juvenile Diabetes Research Foundation International. T1DBase collects information from public sources and from collaborating laboatories, integrates this information, and presents it in a form that is useful for T1D researchers. The current data scope includes annotated genomic sequences for suspected T1D susceptibility regions; microarray data; functional annotation of genes active in beta cells; and "global"datasets, generally from the literature, that are useful for systems biology studies. ... [Information of the supplier, modified]
Das auf dieser Website vorgestellte Forschungsprojekt GUDMAP wurde vom NIDDK und dem NICHD erstellt, um die Stammzellenforschung und damit die Grundlagenforschung der Entwicklungsbiologie zu unterstützen. Grund dafür sind erkannte große Lücken bei den Grundlagen auf diesem Forschungsfeld und die damit unzureichenden Einsatzmöglichkeiten von Stammzellen in der Medizin. Im Vordergrund stehen hier die Erarbeitung von Strategien zum Einsatz der Stammzellen bei Organschäden oder auch dem Ersatz defekter Organe. Des Weiteren sollen Einsichten in die Entwicklung der Organe und damit auch diejenige von Organdefekten und -erkrankungen gewonnen werden, um letzteren eventuell vorbeugen oder besser entgegenwirken zu können. Das Ziel von GUDMAP ist deshalb die detaillierte Beschreibung der Verdauungsorgane und der Niere. Um dies zu erreichen sollen die folgenden drei Verfahren angewandt und weiterentwickelt werden: a) Hochdurchsatz-in situ-Hybridisierungsanalysen, um die Expressionsmuster von Genen, die in den oben genannten Organen exprimiert werden, zu untersuchen, b) hochauflösende Genexpressionsanalysen, um die Genexpression im Verlauf der Organentwicklung zu definieren, so Gemeinsamkeiten bei den Genexpressionsmustern erkennen zu können und schließlich auf Zusammenhänge zwischen Genexpression und Organfunktion schließen zu können und c) eine Datenbank zu erstellen, in der die gesammelten Daten der gesamten Forschungsgemeinschaft zur Verfügung gestellt werden können. Schließlich sollen auch Microarrayanalysen und die Zucht von Mäusestämmen mit genetischen Markern im Verlauf dieses Projekts zum Einsatz kommen, um das Ziel der Definition von molekularer und zellulärer Anatomie im Verlauf der Enticklung der Organe zu unterstützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Dr.VIS sammelt und lokalisiert mit humanen Krankheiten verknüpfte virale Integrationsstellen. Bis jetzt sind ca. 600 Stellen erhältlich, die 5 Virusorganismen und 11 menschliche Krankheiten abdecken. Integrationsstellen in Dr. VIS sind gegen Chromosomen-, Cytoband-, Gen- und Refseq-Positionen, so spezifisch wie möglich, lokalisiert worden. Viral-zelluläre Junction-Sequenzen wurden aus Papern und Nukleotid-Datenbanken extrahiert, und sind mit korrespondierenden Integrationsstellen verknüpft. Graphische Bilder, die die Verteilung von viralen Integrationsstellen zusammenfassen, sind mit Hilfe von Chromosomenkarten erzeugt worden. Es steht Ihnen frei sich umzusehen und Daten von Dr. VIS zu downloaden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
GeneCards® is an integrated database of human genes that includes automatically-mined genomic, proteomic and transcriptomic information, as well as orthologies, disease relationships, SNPs, gene expression, gene function, and service links for ordering assays and antibodies. [Information of the supplier]
The HCV database group strives to present HCV-associated genetic and immunologic data in a userfriendly way, by providing access to the central database via web-accessible search interfaces and supplying a number of analysis tools. (...) The HCV search interface allows you to find and download sequences on the basis of a number of criteria. (...) You can either download all sequences (as nucleotides or amino acid sequences) that meet your criteria, or you can limit your set to a specific gene or region by selecting that genomic region on the search interface. (...) ... [Information of the supplier, modified]
Influenza Virus Resource presents data obtained from the NIAID Influenza Genome Sequencing Project as well as from GenBank, combined with tools for flu sequence analysis and annotation. In addition, it provides links to other resources that contain flu sequences, publications and general information about flu viruses. [Information of the supplier]
Die Human Metabolome Database (HMDB) ist eine frei verfügbare elektronische Datenbank für Detailinformationen zu niedermolekularen Metaboliten, die im menschlichen Körper vorkommen. Die beabsichtigten Verwendungsbereiche liegen bei Metabolomics, Klinischer Chemie, Biomarker-Identifizierung und in der Ausbildung. Die Datenbankstruktur ist darauf angelegt, drei Arten von Daten zu speichern bzw. zu verlinken: 1) chemische Daten, 2) klinische Daten und 3) molekularbiologische/biochemische Daten. Zur Zeit enthält die Datenbank fast 2500 Einträge zu Metaboliten; sowohl wasserlösliche als auch fettlösliche Metabolite, und sowohl in größerer Menge auftretende (> 1 uM) als auch seltenere Metabolite (< 1 nM) werden berücksichtigt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]