The MicrobesOnline genome database contains over 300 prokaryotic genomes. All genomes are automatically analyzed through the VIMSS genome pipeline. We use publicly available sequence analysis tools and databases to search for homologs (NCBI BLAST, SwissProt, COG) and protein domains (InterPro), to assign gene ontologies (Gene Ontology Consortium) and EC numbers and to map the metabolic pathways (KEGG). We then link the orthology relationships between genes, predict operon structures and regulon networks. Most of the genomes are downloaded from NCBI and genes are parsed from GenBank files. When an incomplete genome is directly downloaded from a sequencing center, we predict protein coding genes using CRITICA and Glimmer, tRNA genes using tRNAscan and other RNA genes by BLASTn. All of the info in the VIMSS genome database is freely available on our website. ... [Information of the supplier]
xBASE ist eine Datenbank für vergleichende Genom-Analyse von Bakterien-Genomsequenzen mit besonderem Augenmerk auf Organismen mit Bedeutung für die Lebensmittelwirtschaft. Das Projekt wurde ursprünglich 2002 von Roy Chaudhuri und Mark Pallen der Universität Birmingham als ein Teil des von der BBSRC geförderten Exploiting Genomics Konsortiums (ExGen) konzipiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Mit dem Projekt "Ökologische Pilzkartierung 2000" hat die Deutsche Gesellschaft für Mykologie eine neue Ära der Bestandserfassung von Großpilzen eingeläutet. Die bisherige chorologische Kartierung, deren Erbgebnisse mit 4 Millionen Fundpunkten vom ehemaligen Vorsitzenden der DGfM, German Krieglsteiner, in 18jähriger mühevoller Kleinarbeit in Form der 2 Bände des "Verbreitungsatlas der Großpilze Deutschlands" verewigt wurden, wird von dem neuen Projekt keineswegs abgelöst. Vielmehr ist die "Kartierung 2000" als Erweiterung der rein chorologischen Kartierung zu verstehen. Die Computerunterstützung mit dem PC-Programm "Ökologische Pilzkartierung 2000" macht es möglich, Funddaten rasch auszuwerten und zu verwalten. So erwartet die DGfM bei gleicher Aktivität der Mitarbeiter eine Verfünfzehnfachung der Datenmenge. [Deutsche Gesellschaft für Mykologie] ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
PHI-base ist eine im Web frei zugängliche Datenbank für Gene aus Pilzen, Oomoyceten und Bakterien, die für Pathogenität und Virulenz relevant sind. Es sind Pathogene berücksichtigt, die Tiere, Pflanzen und Pilze befallen. PHI-base ist daher eine wertvolle Ressource im Kontext der Entdeckung von Genen bei medizinisch und agronomisch relevanten Pathogenen als Ziele chemischer Interventionen. Alle Einträge in PHI-base basieren auf verläßlichen experimentellen Ergebnissen und werden durch kompetente Kuratoren geprüft. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Mit finanzieller Unterstützung der Wellcome Trust Functional Genomics Development Initiative strebt das Projekt GeneDB an, primär für drei Organismen kuratierte Datenbankressourcen zu entwickeln und zu unterhalten: Schizosaccharomyces pombe (vollständig sequenziert), sowie die Protozoen Leishmania major und Trypanosoma brucei (Sequenzierung noch abzuschließen). Zu den Zielen gehört, die Daten einzusammeln, zu speichern und zu pflegen, sie für die Integration in anlaufende Projekte im Bereich Functional genomics and proteomics zur Verfügung zu stellen, und eine einfach zu benutzende Schnittstelle zu bieten. Für die Zukunft wird in's Auge gefaßt, die übergreifend nutzbare Datenbankstruktur auch für Datensets zu anderen Organismen zu übernehmen, die am Sanger Institute Pathogen Sequencing Unit sequenziert wurden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Culture Collections Information Worldwide ist ein Datenbank-Managementsystem für Sammlungen mikrobieller Kulturen. Es enthält CCINFO and STRAIN; dabei ist CCINFO im engeren Sinne ein weltweites Verzeichnis aller registrierten Kulturen-Sammlungen, während STRAIN die Bestände der registrierten Kulturen-Sammlungen nachweist. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Website "ProGlycProt" (Prokaryotische Glykoproteine) ist ein manuell gepflegter, umfassender Speicherort für experimentell charakterisierte bakterielle und archaeelle Glykoproteine, welcher mittels einer gründlichen Literatursuche generiert wird. Dies ist der Anfang der Bemühungen prägnante, relevante Informationen in einer vergleichenden Methode zu liefern, welche sich von der rasch anwachsenden Literatur über prokaryotische Glykoproteine, ihre glykosylierenden Enzyme, an Glykosylation gekoppelte Gene und deren genomischen Kontext ableiten lassen. ProGlycProt ist eine umfangreiche Online-Sammlung experimentell verifizierter Glykosites und Glykoproteinen von Prokaryoten. Zum Vorteil der Nutzer ist die Datenbank unter dem Menüpunkt ProGlycProtdb in zwei Sektionen unterteilt, ProCGP und ProUGP. ProCGP ist der Hauptabschnitt, welcher aus charakterisierten prokaryotischen Glykoproteinen besteht, definiert als Eintragungen mit mindestens einem experimentell bestätigten "glykosylierten Rest". ProUGP dahingegen ist die ergänzende Sektion, welche uncharakterisierte prokaryotische Glykoproteine präsentiert, definiert als Eintragungen mit experimentell identifizierter Glykosylation aber undefinierten Glykosites. ProGlycProt wurde mit dem Ziel entwickelt als Hilfsmittel zu fungieren aber auch das aufkommende wissenschaftliche Interesse am Verständnis von Mechanismen, Auswirkungen und Neuheiten der Protein-Glykosylation in Prokaryoten zu steigern, was viele krankheitserregende und auch ökonomisch wichtige bakterielle Arten einschließt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Der Abbau von Xenobiotika und anderen toxischen Substanzen durch Mikroorganismen ist ein zentraler Aspekt der Strategien für die mikrobiologische Sanierung kontaminierter Lebensräume. Das "Center for Microbial Ecology" der Michigan State University und der Rutgers University iniziierten eine Studie zur Etablierung der phylogenetischen Verteilung von beschriebenen, biodegradierenden Mikroorganismen mit dem Ziel der Identifikation von Mustern innerhalb mikrobieller degradativer Prozesse in einem phylogenetischen Kontext und zur Gewinnung von Erkenntnissen zur Evolution dieser Prozesse. Diese andauernden Bemühungen wurde durch Bakterienstamm-Daten, welche schwierig zusammen zu tragen und oft zwischen den Bakterienstämmen nicht vergleichbar sind, erschwert, und unterstreicht die potentielle Nützlichkeit einer Datenbank, die solche mikrobiellen Daten auf Stamm-Ebene zusammenbringt. Um diese Notwendigkeit anzusprechen und eine solche Ressource für die Wissenschaftsgemeinde bereit zu stellen, haben wir die Biodegradative Strain Database (BSD) entwickelt. Sie soll einen schnellen Zugang zu vergleichenden Daten von bekannten biodegradativen Mikroorganismen und der gefährlichen Substanzen, die diese abbauen, festigen und ermöglichen. Somit soll BSD vergleichende Analysen ermöglichen und Wissenslücken in diesem Gebiet aufzeigen. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Anfänge der DDBJ (DNA Data Bank of Japan) am National Institute of Genetics (NIG) reichen bis in das Jahr 1986 zurück. Seit Beginn fungiert DDBJ als eine der Internationalen DNA-Datenbanken, zu denen auch EBI in Europa und NCBI in den USA als die beiden anderen Mitglieder gehören. Folglich arbeiten wir mit diesen Datenbanken durch Austausch von Daten und Informationen sowie durch regelmäßig stattfindende Konferenzen zusammen. DDBJ ist die einzige DNA-Datenbank in Japan, die offiziell zum Sammeln von DNA-Sequenzen aus der Forschung und zum Ausgeben der international akzeptierten Accession Numbers zertifiziert ist. Wir sammeln primär Daten von japanischen Forschern, integrieren aber natürlich auch Daten von Forschern aus beliebigen anderen Ländern. Da wir die gesammelten Daten täglich mit EMBL/EBI und GenBank/NCBI abgleichen, weisen alle drei Datenbanken praktisch zu jeder Zeit denselben Datenbestand auf. Wir bieten weiterhin zahlreiche Tools für Recherche und Datenanalyse, die durch DDBJ und andere entwickelt worden sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Eine Datenbank ist ein Modell eines Teils der Welt. RegulonDB ist in diesem Sinn auf der einen Seite ein Modell der komplexen Regulation des Transkriptionstarts oder des regulatorischen Netzwerks der Zelle. Auf der anderen Seite ist es auch ein Modell der Organisation der Gene in Transkriptionseinheiten, Operons und einfache und komplexe Regulons. In diesem Sinn ist RegulonDB ein Computermodell der Mechanismen der Regulation der Transkription. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
