SILVA ist ein Projekt zur Schaffung einer umfassenden Datenbank von rRNA-Sequenzdaten aus allen drei Domänen (Bacteria, Archaea und Eukarya), die für wissenschaftliche Zwecke zur freien Verfügung steht. SILVA basiert auf dem Softwaresystem ARB. Zurzeit existiert eine als "Beta" bezeichnete Version neben einer Version, die diesen Zusatz nicht trägt. ... [Redaktion vifabio]
Die Webseite der Datenbank für vergleichbare ribosomale Komplexe (DARC – Database für Aligned Ribosomal Complexes) ist ein Hilfsmittel für den direkten Vergleich der Strukturen von verfügbaren ribosomalen Komplexen. Die Webseite bietet eine Sammlung von Dateien, die in der RCSB Proteindatenbank und der Electron Microscopy Datenbank hinterlegt sind, und die abgeglichen wurden, sodass ein direkter Vergleich der Strukturen möglich ist. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Diese Datenbank möchte für jeden hilfreich sein, der die Rolle von microRNAs (miRNAs) in der Wachstumsphase von Pflanzen, in der Organbildung und bei der Reaktion auf verschiedene biotische und abiotische Streßreize erforschen will. Um die Datenbank zu erkunden, müssen Sie einfach auf „Browse Atlas“ klicken oder Sie können einen bestimmten miRNA-Eintrag suchen, indem Sie mindestens 2 Zahlen seiner ID in das Fenster eintragen. Detaillierte Informationen und verfügbare Features der mirEX-Datenbank sind als Videotutorial verfügbar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
miRNEST ist eine umfangreiche Sammlung von tierischen, pflanzlichen und viralen microRNA-Daten. Die Datenbank bietet Ihnen 9980 miRNA-Kandidaten von 420 Tier- und Pflanzenarten, die in Expressed Sequence Tags vorhergesagt werden, vorhergesagte Targets für Pflanzenkandidaten, RNA-Seq die Kandidaten von 29 Arten abbilden, sowie externe Daten aus 12 Datenbanken, die Sequenzen, Polymorphismus, Expression und Regulation beinhalten. Die aktuelle Version miRNEST 1.0 enthält miRNA von 563 Tieren, Pflanzen und Viren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
In Tieren regulieren RNA-Bindungsproteine (RBP) und mikroRNA (miRNA) die Expression von förmlich allen Genen post-transkriptional durch die Bindung von RNA. Aktuelle Fortschritte in experimentellen und kombinatorischen Methoden ermöglichen das transkriptom-weite Abbilden von diesen Interaktionen. Es wird vermutet, dass die kombinatorischen Aktivitäten von RBPs und miRNAs auf Target-mRNA einen post-transkriptionalen Code bilden. Wir stellen Ihnen eine Datenbank zur Verfügung, die die Suche nach der Entschlüsselung dieses regulatorischen Codes unterstützt. Innerhalb DoRiNA kuratieren, speichern und integrieren wir systematisch Daten zu Bindungsstellen für RBPs und miRNAs. Nutzer können einen auf ein bestimmtes Ziel (mRNA) oder einen Regulator (RBP und/oder miRNA) fokussierten Blick frei wählen. Wir haben einen Datenbankrahmen mit kurzen Suchzeiten für komplexe Suchbedingungen geschaffen (z.B. die Frage nach allen Targets einer bestimmten Kombination von Regulatoren). Alle Suchresultate können in Kombination mit einer riesigen Auswahl an anderen genom-weiten Daten durchsucht, inspiziert und analysiert werden, da unsere Datenbank direkt mit einer lokalen Kopie des UCSC-Genom-Browsers verbunden ist. Zur Zeit umfasst DoRiNA RBP-Daten von Mensch-, Maus- und Wurmgenom. [Quelle: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/15/nar.gkr1007.full, übersetzt] ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
Die "greengenes"-Webapplication bietet einen Zugang zu aktuellen und umfassenden 16S rRNA-Gensequenzalignments, welche durch Browsen, Analysieren und Downloaden näher betrachtet werden können. Die Daten, die greengenes präsentiert, können Wissenschaftlern bei der Wahl phylogenetisch-spezifischer Sonden, bei der Interpretation von Microarray-Resultaten und dem Aligning/der Annotation von neuartigen Sequenzen behilflich sein. Wenn Sie ein ARB-Nutzer sind, können Sie greengenes zur Aktualisierung ihrer eigenen lokalen Datenbank verwenden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Natural Antisense Transcriptions (NATs), eine Art von regulatorischen RNAs, kommen häufig in Pflanzengenomen vor und spielen signifikante Rollen in physiologischen und/oder pathologischen Prozessen. PlantNATsDB (Plant Natural Antisense Transcripts DataBase) ist eine Plattform zum Kommentieren und Entdecken von NATs durch Integration verschiedener Datenquellen. PlantNATsDB liefert außerdem eine integrative, interaktive und informationsreiche graphische Weboberfläche, um multidimensionale Daten anzuzeigen, und erleichtert die pflanzenbiologische Forschung und die Entdeckung von funktionalen NATs. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Willkommen auf der Webseite der Datenbank des Znosko Lab für die Charakterisierung von sekundären Strukturmotiven der RNA (RNA CoSSMos). Diese ermöglicht die systematische Suche durch alle katalogisierten 3-D Nukleinsäure-PDB-Strukturen, die sekundäre Strukturmotive wie Mismatches, (a) symmetrische innere Loops, Hairpin-Loops und Bulge-Loops enthalten. Zur Nutzung der Suchfunktion der Datenbank wählen Sie bitte "Search" im Menü. Wenn Sie Fragen haben, checken Sie unsere Wiki-Webseite oder mailen Sie uns via der "Contact Us"-Page. Erwägen Sie außerdem eine Registrierung, fall dies Ihr erster Besuch der Datenbank ist. Die Webseite funktioniert bei einer Auflösung von mindestens 1440x900 am besten und ist vollständig kompatibel mit diesen Browsern: Internet Explorer 8, Firefox 3.6, Safari XX und Google Chrome. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die virale siRNA Datenbank (VIRsiRNAdb) ist eine strukturelle Sammlung von experimentell bestätigten siRNAs, veröffentlicht in der wissenschaftlichen Literatur, welche auf diverse Gene von humanmedizinisch wichtigen Viren abzielen. Die Pflegebemühungen konzentrieren sich bisher hauptsächlich auf bekannte Viren, die mit bekannten Infektionskrankheiten beim Menschen in Verbindung gebracht werden. Derzeit liefert die Datenbank experimentelle Informationen von 1358 siRNAs, aus einschlägigen Pubmed-Artikeln, welche siRNA-Sequenzen, Virus-Subtypen, Zielgene, GenBank Zugänge, Design Algorithmen, Zelltyp und Wirksamkeit einschließen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Splice Disease ist eine Datenbank, die experimentell unterstützte Daten von RNA-Splicing-Mutationen und -Krankheiten sammelt und pflegt. Die RNA Splicing-Mutationen schließen cis- acting-Mutationen, die das Splicen unterbrechen, und trans-acting-Mutationen, die RNA abhängige krankheitsauslösende Funktionen aufweisen, mit ein. Informationen wie EntrezGeneID, Gen-genomische Sequenzen, Mutationen (Nukleotid-Austausch, Löschung und Einfügung), Lokalisation von Mutationen im Gen, Organismus, detaillierte Beschreibung der gespleißten Mutation und Referenzen werden ebenfalls gesammelt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]