Das Ziel des Nukleinsäure-Datenbank-Projekts (NDB) ist es, strukturelle Informationen zu Nukleinsäuren zu sammeln und zu verbreiten. Das NDB wurde im Jahre 1992 durch Helen M. Berman (Rutgers University), Wilma K. Olson (Rutgers University) und David Beveridge (Wesleyan University) gegründet. Zusätzlich waren Anke Gelblin, Tamas Demeny, S.-H. Hsieh, A.R. Srinivasan und Bohdan Schneider Mitglieder des ursprünglichen NDB-Projektteams. Das NDB-Projekt wird durch die National Science Foundation der U.S.A. und das Department of Energy finanziert. Das NDB führt die mmCIF Website. mmCIF (macromolecular Crystallographic Information File) ist die IUCr-geprüfte Datenrepräsentation für makromolekulare Strukturen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Synthetic biology has gained much attention since Craig Venter and his team in 2010 made the historic announcement of the creation of first fully functioning, reproducing cell controlled by synthetic DNA. The 2013 NCMLS New Frontiers symposium - a joint venture between the Radboud University Medical & Science faculties - will feature international keynote speakers as well as NCMLS top researchers, who will provide high-quality presentations on current achievements and challenges ahead in our quest to understanding the chemistry and biology of life. ... [Information of the supplier]
Die Website RNA World sammelt RNA-bezogene Websites im Internet und wurde für Wissenschaftler entwickelt, die sich für RNA und ihre verschiedenen biologischen Aufgaben interessieren. Es sind zu finden: Links zu Datenbanken mit Sequenzen, Sekundärstrukturen, Koordinaten und Bildern von dreidimensionalen Strukturen, Links zu anderen Web Tools, zu Software, Büchern, Tutorials, Meetings und zum RNA Prototyp Newsgroup Archiv. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Vienna RNA Package besteht aus einer C-Bibliothek und verschiedenen stand-alone Programmen zur Vorhersage und zum Vergleich von RNA-Sekundärstrukturen. [Information des Anbieters, übersetzt]
The plant snoRNA Database and web-site brings together information from three independent computer-assisted searches of the Arabidopsis genome for box C/D snoRNA genes and from studies of ncRNAs. To date, the Arabidopsis box C/D snoRNAs have been used to identify approximately 250 genes from different non-Arabidopsis plant species and these sequences are included as alignments in the Database. Finally, the Database provides a unifying nomenclature for all of the plant snoRNA genes. ... [Information of the supplier]
The Ribosomal Database Project (RDP) provides ribosome related data services to the scientific community, including online data analysis, rRNA derived phylogenetic trees, and aligned and annotated rRNA sequences. [Information of the supplier]
snoRNA-LBME-db includes profiles of more than 350 human snoRNAs, with descriptions of the molecule and data on sequence, size and target. Data is accessible for searching and browsing. [Editorial staff vifabio]
Die miRBase Sequenz Datenbank ist ein durchsuchbare Datenbank mit publizierten miRNA Sequenzen und Annotationen. Die Daten hier wurden vormals von miRNA Registry bereitgestellt. Jeder Eintrag in der miRBase Sequenz Datenbank repräsentiert ein vorausgesagtes "Haarnadel" Teilstück eines miRNA Transkripts (in der Datenbank als "mir" bezeichnet), zusammen mit Informationen über den Ort und die Sequenz der reifen miRNA Sequenz (genannt "miR"). Beides, die "Hairpin" und die reifen Sequenzen sind verfügbar für die Suche mit BLAST und SSEARCH, und die Einträge können auch per Suche mit Name, Schlüsselbegriff, Referenz oder Annotation erhalten werden. Alle Sequenz - und Annotationsdaten sind auch zum Download verfügbar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Bei dem Vienna Drosophila RNAi Center (VDRC) handelt es sich um eine gemeinsame Initiative des Instituts für Molekulare Biotechnologie (IMBA) und dem Forschungsinstitut für Molekulare Pathologie (IMP). Das VDRC nutzt und entwickelt die Transgene Drosophila RNAi Bibliothek der Dickson-Arbeitsgruppe (früher am IMBA, zur Zeit am IMP) weiter. Seine Aufgabe ist es, mithilfe dieser Technologie wissenschaftliche Entdeckungen zu fördern. Der in vivo RNAi Ansatz erlaubt es den Forschern, individuelle Drosophila Gene gezielt auszuschalten, indem sie das GAL4/UAS System benutzen, um die RNAi zu bestimmten tierischen Zellen zu steuern. Mit einer Abdeckung des Drosophila-Genoms von über 85 % scheint es eine vielversprechende Methode zu sein, um Genfunktionen zu bekannten und neu-annotierten Genen des Genomsequenzierungsprojektes zuzuordnen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
JASPAR ist eine Datensammlung zu Transkriptionsfaktoren und ihren DNA-Bindungen, modelliert in Form von Matrizes. Diese können in Position Weight Matrices (PWMs or PSSMs) konvertiert werden, wie sie für das Scannen von Genomsequenzen verwendet werden. JASPAR ist die einzige Datenbank zu diesem Themengebiet, bei der die Daten ohne Einschränkungen, das heisst nach dem Open-source-Prinzip zur Verfügung stehen. Für eine umfassende Übersicht zu den Modellen und ihren möglichen Verwendungen vergleiche die folgenden Reviews: DNA binding sites: representation and discovery. In: Bioinformatics. 2000 Jan;16(1):16-23; Applied bioinformatics for the identification of regulatory elements. In: Nat Rev Genet. 2004 Apr;5(4):276-87. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
