Das erste Ziel von computerunterstützter molekularer Biologie, wie auch von Molekularbiologie selbst, ist die Bedeutung der Genom-Information zu verstehen und wie diese Information ausgedrückt ist. Unser Interesse gilt den Problemen der Voraussage der biologischen Funktion von Genen und Genprodukten aus ihrer primären Sequenz und Struktur. Weiterhin gilt unser Interesse der Voraussage der Struktur von Proteinen und DNS aus ihrer Sequenz und dem Verständnis wie und wann Gene abgelesen werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
BOXSHADE is a program for pretty-printing multiple alignment output. The program itself doesn't do any alignment, you have to use a multiple alignment program like ClustalW or Pileup and use the output of these programs as input for BOXSHADE. Of course, you can also use manually aligned sequences (in a proper format). [Information of the supplier]
The HIV databases contain data on HIV genetic sequences, immunological epitopes, drug resistance-associated mutations, and vaccine trials. The website also gives access to a large number of tools that can be used to analyze these data. This project is funded by the Division of AIDS of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), a part of the National Institutes of Health (NIH). ... [Information of the supplier]
Das neue J. Craig Venter Institute wurde im Oktober 2006 aus dem Zusammenschluss verschiedener Tochter – und Vorläufergesellschaften Institute for Genomic Research (TIGR) und Center for the Advancement of Genomics (TCAG), J. Craig Venter Science Foundation, Joint Technology Center, und Institute for Biological Energy Alternatives (IBEA) gebildet. Heute sind alle diese Organisationen zu einer großen multidisziplinären Genom-fokusierten Organisation geworden. Mit mehr als 500 Wissenschaftlern und Beschäftigten, mehr als 250.000 square feet (ca. 23.225 m2) Laborfläche und Standorten in Rockville, Maryland und La Jolla, California, ist das neue J. Craig Venter Institute eines der Führenden in der Genomforschung. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
CATH is a hierarchical classification of protein domain structures, which clusters proteins at four major levels, Class(C), Architecture(A), Topology(T) and Homologous superfamily (H).Class, derived from secondary structure content, is assigned for more than 90% of protein structures automatically. Architecture, which describes the gross orientation of secondary structures, independent of connectivities, is currently assigned manually. The topology level clusters structures into fold groups according to their topological connections and numbers of secondary structures. The homologous superfamilies cluster proteins with highly similar structures and functions. The assignments of structures to fold groups and homologous superfamilies are made by sequence and structure comparisons. The boundaries and assignments for each protein domain are determined using a combination of automated and manual procedures. These include computational techniques, empirical and statistical evidence, literature review and expert analysis. ... [Information of the supplier]
Der EMA-Atlas ist ein digitaler Atlas der Embryonalentwicklung der Maus. Er gründet auf den die Mausembryologie bestimmenden Büchern von Theiler (1989) und Kaufman (1992), aber er erweitert diese Studien durch die Schaffung eine Serie interaktiver dreidimensionaler Computermodelle von Mausembryonen in verschiedenen Stadien der Entwicklung. Der Atlas bildet einen raum-zeitlichen Rahmen für die Genexpressions-Datenbank emage. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Site Rat Genome Database RatMap konzentriert sich auf die Präsentation von Rattengenen, DNA-Markern, QTL:s etc, die auf Chromosomen lokalisiert sind. Die Datenbank widmet sich der Nomenklatur der Rattengene und sollte bei solchen Fragestellungen benutzt werden. Ratmap ist formal bei dem Rat Genome and Nomenclature Committee (RGNC) eingeordnet und wird unterhalten von dem Department for Cell and Molecular Biology, Göteborg University, Schweden. Bei RatMap können Sie Informationen finden über: Nomenklatur der Rattengene, Position von Genen auf Chromosomen, DNA-Marker, QTL:s usw., Vorhersagen der Position von mehr als 6000 Ratengenen (siehe GAPP), Genfunktion, Literaturreferenzen, DNA-Sequenzen mit Links zu DDBJ/EMBL/GenBank, Unigene and Locus Link ID:s und Links. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MOLMOL ist ein molekulares Grafikprogramm, das eingesetzt wird, um dreidimensionale Strukturen von biologischen Makromolekühlen darzustellen, zu analysieren und zu manipulieren, mit besonderer Betonung der Untersuchung von durch NMR bestimmten Protein- oder DNA-Strukturen. Das Programm läuft auf UNIX und Windows NT/95/98/2000 und ist frei erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das HUSAR Bioinformatics Lab am Deutschen Krebsforschungszentrum bietet topaktuellen Bioinformatik-Support und Training für den Wissenschaftler der (Post-)Genomära. Dies beinhaltet die Heidelberg Unix Sequence Analysis Resources (HUSAR), eine große Sammlung von essentiellen Tools für die Sequenzanalyse. [Information des Anbieters, übersetzt]
We present a neural network based method (ChloroP) for identifying chloroplast transit peptides and their cleavage sites. Using cross-validation, 88% of the sequences in our homology reduced training set were correctly classified as transit peptides or nontransit peptides. This performance level is well above that of the so far only publicly available chloroplast localization predictor PSORT. Cleavage sites are predicted using a scoring matrix derived by an automatic motif-finding algorithm. Approximately 60% of the known cleavage sites in our sequence collection were predicted to within +- 2 residues from the cleavage sites given in SWISS-PROT. An analysis of 715 A. thaliana sequences from SWISS-PROT suggests that the ChloroP method should be useful for the identification of putative transit peptides in genome-wide sequence data. ... [Information of the supplier]
