Im Jahr 2001 wurde eine Reihe von bereits früher separat entstandenen Datenbanken zu einem übergreifenden Informationssystem vereinigt, und einige der darin enthaltenen Daten (jedoch nicht alle) sind seitdem über die NZFUNGI-Website online verfügbar. Die Erstellung von NZFUNGI war ein Ergebnis des "Database Integration Project" (DIP), welches im Zeitraum 1999-2004 lief. Die enthaltenen Daten entstammen unter anderem dem National Fungal Herbarium (PDD) von Neuseeland und der International Collection of Microorganisms from Plants (ICMP). ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Eine Datenbank ist ein Modell eines Teils der Welt. RegulonDB ist in diesem Sinn auf der einen Seite ein Modell der komplexen Regulation des Transkriptionstarts oder des regulatorischen Netzwerks der Zelle. Auf der anderen Seite ist es auch ein Modell der Organisation der Gene in Transkriptionseinheiten, Operons und einfache und komplexe Regulons. In diesem Sinn ist RegulonDB ein Computermodell der Mechanismen der Regulation der Transkription. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cyanobacteria carry a complete set of genes for oxygenic photosynthesis, which is the most fundamental life process on the earth. This organism is also interesting from an evolutional viewpoint, for it was born in a very ancient age and has survived in various environments. Chloroplast is believed to have evolved from cyanobacterial ancestors which developed an endosymbiontic relationship with a eukaryotic host cell. CyanoBase provides an easy way of accessing the sequences and all-inclusive annotation data on the structures of the cyanobacterial genomes. ... [Information of the supplier]
This server is constructed around a database dedicated to the analysis of the genome of Escherichia coli: Colibri. Its purpose is to collate and integrate various aspects of the genomic information from E. coli, the paradigm of Gram-negative bacteria. Colibri provides a complete dataset of DNA and protein sequences derived from the paradigm strain E. coli K-12, linked to the relevant annotations and functional assignments. It allows one to easily browse through these data and retrieve information, using various criteria (gene names, location, keywords, etc.). ... [Information of the supplier]
DOLOP provides information for several hundred lipoproteins with relevant links to molecular details. Features include functional classification, predictive algorithm for query sequences, primary sequence analysis and lists of predicted lipoproteins ... [Information of the supplier, modified]
The Ribosomal Database Project (RDP) provides ribosome related data services to the scientific community, including online data analysis, rRNA derived phylogenetic trees, and aligned and annotated rRNA sequences. [Information of the supplier]
PlasmoDB ist eine Genom-Datenbank für die Gattung Plasmodium, eine Gruppe von einzelligen, eukaryotischen Pathogenen, die in Menschen und Tieren Krankheiten einschließlich Malaria hervorrufen. [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Ziel der HOM-Datenbamk ist es, der Forschergemeinschaft verständliche Information zum Thema der ca. 600 Prokaryonten, deren Lebensraum die menschliche Mundhöle ist, zugänglich zu machen. Die Mehrzahl der Arten werden weder in einem Labor kultiviert, noch wurden sie benannt, und sie werden lediglich auf Grund ihrer 16S rRNA-Sequenzen identifiziert. Die HOMD arbeitet mit einem provisorischen Namensgebungsschema, um die bislang unbenannten Arten einheitlich zu identifizieren und Stammkulturen, Klone und Probendaten aus einem beliebigen Labor direkt und unverwechslebar mit einem Namen verbinden zu können. Die HOMD verbindet Sequenzdaten mit phänotypischen, phylogenetischen, klinischen und bibliografischen Informationen. Genomsequenzen von Bakterien, deren Lebensraum vollständig oder auch nur teilweise in der menschlichen Mundhöle liegt, und die folglich auf dem Interessengebiet dieses Forschungsvorhabens und das des Human Microbiome Project liegt, werden nach ihrer Veröffentlichung schnellstmöglich in die HOMD aufgenommen. Die HOMD bietet einfach zu bedienende Werkzeuge, um die Genome der öffentlich zugänglichen Bakterien zu betrachten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Integrative und konjugative Elemente (ICEs) sind eine vielfältige Gruppe von mobilen genetischen Elementen, welche in Gram-positiven und Gram-negativen Bakterien gefunden wurden. ICEs sind selbst-übertragbare Elemente, die ein vollständiges Komplement für die Maschinerie zur Konjugation sowie aufwendige regulatorische Systeme für die Kontrolle des Ausschneidens aus dem Chromosom und den anschließenden, konjugativen Transfer beinhalten (Wozniak und Waldor, 2010; Burrus,2004). Diese multi-talentierten Einheit treibt ihre eigene Mobilisierung und potenziell auch die anderer „trampender“ genetischer Elemente voran und bewirkt einen horizontalen Gentransfer von virulenten Determinanten, Antibiotischen Resistenzgenen und anderen bakterieller Eigenschaften (Hastings. et al., 2004). ICEs werden mit steigenden Zahlen identifiziert, da Datenbanken mit sequenzierten Genomen exponentiell wachsen (Wozniak, et al., 2010; Ryan, et al., 2009; te Poele, et al., 2008; Burrus et al., 2002). Gegenwärtig sind nur wenige zur ICE-Familie klassifiziert worden, darunter als das am besten charakterisierte Element die SXT/R391-Famile von Vibrio cholerae, zum Beispiel SXT von Vibrio cholerae O139 MO10. Darüber hinaus wurden verschiedene Elemente, welche mehr als ein Jahrzehnt zuvor entdeckt wurden und vorher als Plasmid oder konjugative Transposons klassifiziert wurden, wie pSAM2 und Tn916, nun als ICEs definiert. ICEs bieten typischerweise eine Zahl an Eigenschaften, die interessant für die Forscher auf den Gebieten der prokariotischen Evolution, Pathogenese, Biotechnologie und Stoffwechselprozesse sind. Diese beinhalten ein hohes Niveau an funktioneller Diversität, fremdartiger und häufig geflickter Replikationsursprüngen sowie in geringem Umfang experimentelle Daten über dieses Gebilde. Wir sortieren die verfügbaren experimentellen und bioinformatischen Untersuchungsdaten und Literatur über bekannte und mutmaßliche ICEs in Bakterien in eine PostgreSQL-basierte Datenbank, genannt ICEberg. Wie der Name andeutet, erwarten wir, dass ICEberg weiter von seiner gegenwärtig sichtbaren, winzigen Spitze, welche das aktuelle Wissen über ICEs darstellt, zu einer sehr substantiellen Datenbank wächst, wo immer mehr dieser Objekte bestätigt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Datenbank der bakteriellen Ökotoxine für Menschen ist eine Datenbank der Sequenzen, Strukturen, Interaktionsnetzwerke und analytischen Resultate von 229 Ökotoxinen, welche von 26 verschiedenen Bakteriengattungen hergestellt werden und für den Menschen pathogen sind. Alle Toxine sind in 24 verschiedene Toxin-Klassen unterteilt. Das Ziel von DBETH ist es eine vergleichende Datenbank für humanpathogen wirkende bakterielle Ökotoxine bereitzustellen. DBETH bietet Ihnen außerdem eine Plattform zur Identifizierung potentieller Ökotoxine wie Sequenzen durch Homologie-basierende, sowie nicht-homolog-basierende Methoden. Beim homologie-basierenden Zugang kann der Nutzer potentielle Ökotoxin-ähnliche Sequenzen identifizieren, indem er entweder BLASTp gegen die Toxin-Sequenz laufen lässt oder indem er die Toxindomänen mittels HMMER identifiziert. Im nichthomologie-basierenden Teil benutzt DBETH eine Maschine, die lernt einen Zugang zur Identifizierung potentieller Ökotoxine zu finden. ... [Information des Anbieters]
