FungiDB gehört zur EuPathDB-Familie von Datenbanken und ist eine integrierte genomische und funktional-genomische Datenbank für das Reich der Pilze. In der ersten Iteration (veröffentlicht Anfang 2011) enthielt FungiDB die Genome von 18 Pilzen, welche 17 Arten abdeckten. FungiDB bietet komplette Genomsequenzen und Erläuterungen und wird um experimentelle Daten erweitert sowie um aus der Umwelt isolierte Sequenzen, bereitgestellt von der Gemeinschaft der Wissenschaftler. Die Datenbank beinhaltet vergleichende Genomik, Analyse der Genexpression und zusätzliche bioinformatische Analysen sowie ein Webinterface zur Auswertung der Daten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Phenomics of yeast Mutants (PhenoM) ist eine Onlinedatenbank, welche quantitative Messwerte von 1.909.914 Zellen und 78.194 morphologischen Images für 775 temperatursensitive Mutanten von 491 essentiellen Genen bei permissiver (26°C) und restriktiver Temperatur (32°C) beinhaltet. Die morphologischen Aufnahmen wurden durch high-content screening-(HCS)-Technologie in den Gruppen Boone und Andrews am Terrence Donnelly Centre for Cellular and Biomolecular Research (CCBR) der Universität von Toronto durchgeführt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Bundesministerium für Bildung und Forschung fördert im Rahmen der Öffentlichkeitsarbeit des Deutschen Pflanzengenom-Forschungsprogramm GABI die Onlineplattform Pflanzenforschung.de. Diese soll als zentrales Modul neben anderen Elementen wie z.B. Fachforen der informativen Aufklärung über Themen der Pflanzenforschung dienen. Ziel dieses Internetportals ist es, die Bedeutung und die Faszination der Pflanzenforschung einer interessierten Öffentlichkeit zu vermitteln. Aktuelle Forschungsergebnisse, Hintergrundinformationen, gesellschaftlich relevante Informationen im Zusammenhang mit der „Pflanze“ sowie allgemeinpolitische Debatten im Kontext zu Pflanzenforschung und Pflanzenzüchtung werden populärwissenschaftlich, informativ und im fachlichen Kontext aufbereitet. Interdisziplinäre Verknüpfungen zwischen Themen aus Forschung, Landwirtschaft, Ökonomie, Ökologie und Gesellschaft finden neben spezifischen Projektinformationen und fokussierten Themen über die Pflanzenforschung hinaus eine gemeinsame Plattform. Das Internetportal zeigt, dass die Möglichkeiten eines Studiums in der Pflanzenforschung weit über den Studienhorizont klassischer Fächer wie Biologie, Agrar- oder Ernährungswissenschaften hinausgehen. Denn selbst Bereiche wie Informatik, Elektronik oder Sensorik finden sich in den verschiedensten Studiengängen wider. Berufsbilder, die heute in der Gesellschaft aufgrund ihrer Spezifizierung kaum wahrgenommen werden, werden demnach exemplarisch vorgestellt und sichtbar. ... [Information des Anbieters]
Hülsenfrüchte (Fabaceae) spielen wegen ihrer einzigartigen Fähigkeit, symbiontische Stickstofffixierung (SNF) durch endosymbiontische Interaktionen mit Bakterien in Wurzelknöllchen durchzuführen, eine wichtige Rolle dabei den Stickstoffkreislauf der Biosphäre aufrecht zu erhalten, und sind zudem in der Landwirtschaft zur Stickstofffixierung wichtig. Diese entscheidende Fähigkeit kann nicht mittels der Modellpflanze Acker-Schmalwand (Arabidopsis thaliana) beobachtet werden. Neben der Wurzelknöllchenbildung und symbiontischen Stickstofffixierung gemeinsam mit den Knöllchenbakterien, besitzen Hülsenfrüchtler einige andere einzigartige Eigenschaften, die sich nicht bei A. thaliana finden lassen, wie z.B. die Bildung von Mykorrhiza, zusammengesetzte Blattentwicklung, proteinreiche Physiologie, ein übermäßiger sekundärer Metabolismus, drüsige Trichomenentwicklung und Grenzzellen in Wurzeln. LegumeIP ist eine integrierte Datenbank und Bioinformatik-Plattform für vergleichende Genomik und Transkriptomik, um Untersuchungen von Genfunktionen und Genom-Evolution der Hülsenfrüchtler zu unterstützen, und letztlich ein auf molekularen Daten basierendes Zuchtwerkzeug zu entwickeln um die Qualität von feldmäßig angebauten Hülsenfrüchten zu verbessern. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MeRy-B ist eine Pflanzenmetabolom-Plattform, die es ihren Nutzern erlaubt, metabolische NMR-Profile von Pflanzen abzulegen und zu visualisieren. MeRy-B ist eine web-basierende Applikation mit öffentlichem und privatem Zugang. Sie wurde entwickelt, um das Wissen von kuratierten Pflanzenprofilen und Metaboliten unter Einbeziehung von NMR zu erweitern, die Daten abzufragen und zu visualisieren, Biomarker mittels Visualisierung der Spektren und statistischer Werkzeuge zu detektieren und bei der Biomarker-Identifikation zu assistieren. Die Plattform enthält Pflanzenmetaboliten und Listen unbekannter Stoffe mit Information über experimentelle Bedingungen und Metabolitkonzentrationen von verschiedenen Pflanzenarten, welche aus Tausenden von kuratierten und kommentierten NMR-Profilen vieler Organe oder Gewebe zusammengetragen wurden. Um Daten hochladen zu können, kontaktieren Sie bitte den Administrator. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EcoGene 3.0 a ist ein neues Web-Interface für EcoGene.org, welches unter Benutzung von Drupal Open-Source Website-Software gestaltet wurde. EcoGene 2.0 und EcoGene präsentieren beide Daten aus unserer täglich aktualisierten relationalen MySql-Datenbank. Manche der Bereiche und Inhalte von EcoGene.org werden nur über EcoGene 3.0 erhältlich sein. EcoGene 2.0 wird über einen Link auf der EcoGene 3.0 Homepage für die, die es weiter nutzen möchten, verfügbar bleiben. EcoGene-RefSeq wurde zur Unterstützung des Nutzen der EcoGene-Graphik-Präsentationen und Tools mit anderen Genomen entwickelt. Aktuell sind 2074 vollständige Bakteriengenome aus dem NCBI-RefSeq-Projekt über EcoGene-RefSeq erreichbar. Querverweis-Mapping und Download wurde für den Nutzerzugang zu vielen zusätzlichen Zugangszahlen und anderen Gen-Identifers, wie z.B. Genname, Synonym entwickelt. GeneSets Venn-Diagramme, GeneSets wurden von Genen gesammelt, und in EcoTopics, EcoArray oder von Nutzern ausgestatteten Listen von Genen zusammengefasst. Venn-Diagramm ist eine interaktive Graphik-Präsentation von booleschen Suchvergleichen, die 1, 2 oder 3 Gen-Sätze verwenden. Weitere Informationen sind auf der EcoTools-Seite erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Natural Antisense Transcriptions (NATs), eine Art von regulatorischen RNAs, kommen häufig in Pflanzengenomen vor und spielen signifikante Rollen in physiologischen und/oder pathologischen Prozessen. PlantNATsDB (Plant Natural Antisense Transcripts DataBase) ist eine Plattform zum Kommentieren und Entdecken von NATs durch Integration verschiedener Datenquellen. PlantNATsDB liefert außerdem eine integrative, interaktive und informationsreiche graphische Weboberfläche, um multidimensionale Daten anzuzeigen, und erleichtert die pflanzenbiologische Forschung und die Entdeckung von funktionalen NATs. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ScerTF katalogisiert über 1200 Positions-Gewichtsmatrizen (PWMs) für 196 verschiedene Hefe-Transkriptionsfaktoren. Wir haben 11 Literaturquellen kuratiert, die veröffentlichten positionsspezifischen Scoring-Matrizen gegen In-vivo-TF-Besetzungsdaten und TF-Zerstörungs-Experimente bewertet und die genauesten Modelle kombiniert, um eine einzige Sammlung der am besten performenden Gewichtsmatrizen für Saccharomyces cerevisiae zu produzieren. ScerTF ist nützlich für eine Vielzahl von Problemen, wie die Verknüpfung regulatorischer Stellen mit Transkriptionsfaktoren, Identifizierung eines Transkriptionsfaktors auf einer Benutzereingabe-Matrix, das Auffinden der Gene von einem bestimmten TF gebunden bzw. reguliert und das Finden regulatorischer Wechselwirkungen zwischen Transkriptionsfaktoren. Geben Sie einen TF-Namen ein, um die empfohlene Matrix für einen bestimmten TF zu finden oder geben Sie eine Nukleotidsequenz ein, um alle TFs zu identifizieren, die an eine bestimmte Region binden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die CATMA-Datenbank ist öffentlich und frei zugänglich. Das Ziel des vollständigen Acker-Schmalwand(Arabidopsis)-Transkriptom-MicroArray (Complete Arabidopsis Transcriptome MicroArray; CATMA)-Projekts war das Design und die Produktion von hochqualitativen genspezifischen Sequenz-Tags (GSTs), die nahezu das komplette Arabidopsisgenom abdecken. Das GST-Repertoire wird von einer Vielzahl von Gruppen für die Produktion von DNA-Arrays für Transkript-Profiling-Experimente verwendet. CATMA-Microarrays bilden die Basis des CAGE-Projekts, welches auf die Konstruktion einer Genexpressions-Referenzdatenbank für Arabidopsis abzielt. Die CATMA-GSTs sind außerdem das Basismaterial für das AGRIKOLA-Projekt, welches sich mit großflächigem systematischem RNAi-Silencing von Arabidopsis-Genen befasst. CATMA ist eine Zusammenarbeit von Forschungsgruppen aus 8 europäischen Ländern. Alle CATMA-Mitglieder sind öffentliche Laboratorien, teilweise mit Verbindungen zu privaten Forschungsinstituten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Virus-Datenbank des University College London wurde als ein System für die Organisation von Open-reading-frame-Sequenzen der Tier-Viren entwickelt. Alle bekannten und vorhergesagten Proteinsequenzen von Genomen bestimmter Virusfamilien wurden aus GenBank extrahiert und gefiltert um 100% Redundanz zu entfernen. Auf der Basis von Sequenz-Ähnlichkeiten wurden die Sequenzen in Homologe Protein-Familien (HPFs) eingeteilt. Die Familien wurden mit Bemerkungen, einschließlich der Funktion und funktionalen Klassifizierung, ähnlicher Proteinstrukturen, Taxonomie, Länge der Proteine, Grenzen von konservierten Regionen, virusspezifischen Gennamen und Links zu EMBL-Einträgen und SWISSPROT angereichert. Es ist zudem möglich die prä-aligned konservierten Sequenzregionen oder komplette Proteinsequenzen als FASTA-Format-Dateien darstellen zu lassen. Suchen können unter Benutzung von Familiennummer, Virusname, Proteinfunktion, GenBank-Identifikationsnumer oder beliebigem Keyword durchgeführt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
