Das Tiger Genome Project (TGP) ist ein internationales, offenes Projekt für die Sequenzierung und Analyse des Tigergenoms. Das offene Projekt ist ein öffentlicher Dienst, der durch die Non-Profit-Organisation Genome Research Foundation (GRF) und TheragenEtex Inc. ins Leben gerufen wurde. Das Ziel des Projekts ist es die Informationen zum Tigergenom zu sichern, da der Tiger durch die koreanische Regierung auf die Stufe 1 der gefährdeten Tierarten gesetzt wurde. GRF strebt die Erforschung des gesamten Genoms des Amurtigers (Panthera tigris altaica; Koreanischer oder Sibirischer Tiger) durch Sequenzierung und Analyse an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Bgee ist eine Datenbank für das Abrufen und den Vergleich der Genexpressionsmuster zwischen Tierarten. Bgee bildet zuerst heterogene Expressionsdaten zur Anatomie und Entwicklung von verschiedenen Arten ab (aktuell Expressed Sequence Tags (EST), Affymetrix und in-situ-Hybridisierungsdaten). Anschließend wurden Homologiebeziehungen zwischen Anatomien, und Vergleichskriterien zwischen Entwicklungsstadien entwickelt, um automatisierte Vergleiche über die Artgrenzen hinaus durchführen zu können. Auf die Daten kann durch Ontologie-Browsing, Textsuche, Expressionssuche oder erweiterte Expressionssuche zugegriffen werden. Genexpressionsmuster können durch das Auswählen einer beliebigen Genfamilie (z.B. ENSFM00500000270089) verglichen werden. Die gesamten Inhalte der Bgee Expressionsdatenbank, der Ontologien, der Homologieverknüpfungen zwischen anatomischen Ontologien und die Beziehungen zwischen Entwicklungsontologien sind alle im Download-Bereich erhältlich. Weitere Information ist in der Dokumentation bereitgestellt. Alle Datenquellen, die in Bgee benutzt wurden, sind auf der Datenquellen-Seite aufgelistet. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
In Tieren regulieren RNA-Bindungsproteine (RBP) und mikroRNA (miRNA) die Expression von förmlich allen Genen post-transkriptional durch die Bindung von RNA. Aktuelle Fortschritte in experimentellen und kombinatorischen Methoden ermöglichen das transkriptom-weite Abbilden von diesen Interaktionen. Es wird vermutet, dass die kombinatorischen Aktivitäten von RBPs und miRNAs auf Target-mRNA einen post-transkriptionalen Code bilden. Wir stellen Ihnen eine Datenbank zur Verfügung, die die Suche nach der Entschlüsselung dieses regulatorischen Codes unterstützt. Innerhalb DoRiNA kuratieren, speichern und integrieren wir systematisch Daten zu Bindungsstellen für RBPs und miRNAs. Nutzer können einen auf ein bestimmtes Ziel (mRNA) oder einen Regulator (RBP und/oder miRNA) fokussierten Blick frei wählen. Wir haben einen Datenbankrahmen mit kurzen Suchzeiten für komplexe Suchbedingungen geschaffen (z.B. die Frage nach allen Targets einer bestimmten Kombination von Regulatoren). Alle Suchresultate können in Kombination mit einer riesigen Auswahl an anderen genom-weiten Daten durchsucht, inspiziert und analysiert werden, da unsere Datenbank direkt mit einer lokalen Kopie des UCSC-Genom-Browsers verbunden ist. Zur Zeit umfasst DoRiNA RBP-Daten von Mensch-, Maus- und Wurmgenom. [Quelle: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/15/nar.gkr1007.full, übersetzt] ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
Dr.VIS sammelt und lokalisiert mit humanen Krankheiten verknüpfte virale Integrationsstellen. Bis jetzt sind ca. 600 Stellen erhältlich, die 5 Virusorganismen und 11 menschliche Krankheiten abdecken. Integrationsstellen in Dr. VIS sind gegen Chromosomen-, Cytoband-, Gen- und Refseq-Positionen, so spezifisch wie möglich, lokalisiert worden. Viral-zelluläre Junction-Sequenzen wurden aus Papern und Nukleotid-Datenbanken extrahiert, und sind mit korrespondierenden Integrationsstellen verknüpft. Graphische Bilder, die die Verteilung von viralen Integrationsstellen zusammenfassen, sind mit Hilfe von Chromosomenkarten erzeugt worden. Es steht Ihnen frei sich umzusehen und Daten von Dr. VIS zu downloaden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cancer GEnome Mine ist eine öffentliche Datenbank zur Speicherung von klinischen Daten zu Tumorproben und Microarray-Daten, sowie relevanten Metadaten der Messungen und Proben mit Schwerpunkt auf vergleichende genomische Hybridisierung (aCGH) und Data-Mining von Genkopienzahlveränderungen. CanGEM unterstützt den MIAME-Standard und speichert, wenn möglich, klinische Informationen, die standartisiertes, sowie kontrolliertes Vokabular verwenden. Microarray-Proben werden weiterhin mit ihren physikalischen Koordinaten im menschlichen Genom annotiert, und es werden aCGH-Daten zum Erhalt von genspezifischen Kopienzahlen analysiert. Nutzer können eigene Datensätze durch die Suche nach spezifischen klinischen Proben oder Kopienzahländerungen von individuellen Genen anlegen. Abweichungshäufigkeiten für diese Datensätze können kalkuliert werden, und die Daten können auf der Genomkarte des menschlichen Genoms mit Genannotationen visualisiert werden. Außerdem sind die originalen Datenordner für eine detailiertere Analyse erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
GWAS Central (vorher: Human Genome Variation Datenbank of Genotype-to-Phenotype Information) ist eine Datenbank von zusammengefassten Ergebnissen aus genetischen Assoziationsstudien. Wir sammeln aktiv Datensätze von Public-Domain-Projekten, und ermutigen zu einer direkten Dateneinsendung durch die Forschercommunity. GWAS Central wurde über einem einfachen Layer von Markern, die alle bekannten SNPs und andere Varianten von öffentlichen Datenbanken, wie dbSNP und DBGV umfassen. Allel- und Genotyphäufigkeitsdaten, sowie genetische Assiziationssignifikanzfunde wurden am Anfang der Marker-Daten hinzugefügt und in gleicher Weise organisiert, sodass Recherchen in typischen Journalmanuskripten berichtet werden. Kritisch ist, dass keine individuellen Genotypen oder Phänotypen in der GWAS Central-Datenbank präsentiert werden, sondern nur in Gruppen zusammengefasste Daten. Die größte Einheit des Datenangebots ist eine Studie, die als gleichwertig mit einem Journal-Artikel angesehen werden kann. Diese kann ein oder mehrere Experimente, eine oder mehrere Proben-Panels der Testobjekte und eine oder mehrere Phänotypen enthalten. Proben-Panels können im Sinne von verschiedenen Phänotypen charakterisiert werden und sie können zudem kombiniert und/oder in „Assayed Panels“ geteilt werden. Die Assayed Panels werden als eine Basis für die Auswertung von Allel-/Genotyp-Häufigkeiten (in Genotype Experiments), und/oder von genetischen Assoziationsfunden (in ‘Analysis Experiments’). Verwendet. Umweltfaktoren werden als Teil der Sample Panel- and Assayed Panel-Datenstrukturen gehandhabt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
SNPedia ist eine Wiki-basierte bioinformatische Website zur Humangenetik, die als Datenbank für SNPs fungiert. Jeder Artikel auf SNP liefert eine kurze Beschreibung, Links zu wissenschaftlichen Artikeln und persönliche Genom Webseiten, sowie Mikroarray Information über dieses SNP. [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Genetics Home Reference ist eine Website der National Library of Medicine für Verbraucherinformation über genetische Zustände und Gene oder Chromosomen, die mit diesen Bedingungen verbunden sind. Auf der Website kann man Zusammenfassungen über genetische Bedingungen, Gen-Zusammenfassungen, Genfamilien-Zusammenfassungen, Chromosomen-Zusammenfassungen, ein Handbuch und ein Glossar finden. Des Weiteren gibt es verschiedenste Lern-Aktivitäten, die dabei helfen die Website zu erkunden und etwas neues über menschliche Gene zu erfahren. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Diese Seite enthält alle Daten unserer laufenden proteomischen Analysen des menschlichen Zellkerns, welche als eine Zusammenarbeit zwischen den Lamond- und Mann-Laboren (in Dänemark und in München) erfolgt. Durch Nutzung von hoch sensitiver Massen Spektroskopie und stringenten Kriterien haben wir bis jetzt ca. 700 menschliche, nukleare Proteine identifiziert. Kürzlich haben wir eine quantitative proteomische Annäherung für die zeitliche Charakterisierung des Proteinflusses durch den Kern genutzt, um die Kinetik von bis zu 489 nuklearen Proteinen nach verschiedensten Stoffbehandlungen zu ermitteln und zu demonstrieren, dass es kein einheitliches komplettes Proteom für den Nukleus gibt, aber ein überlappendes Set von Proteomen, die relevant sind, um den Zellstatus oder Zellzustand zu unterscheiden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Wissenschaftler der Zoologischen Staatssammlung München sind dabei, für alle etwa 34.000 in Bayern beheimateten Tierarten einen genetischen Bestimmungsschlüssel zu erstellen. Diese Daten sind in der Forschung, aber auch in zahlreichen praktischen Anwendungsgebieten nutzbar. Im vierten Projektjahr (Frühjahr 2013) liegen bereits DNA Sequenzen von über 11.000 Arten vor - ein riesiger Erfolg, der BFB weltweit zu einem Spitzenreiter im DNA Barcoding macht. Die Wissenschaftler der Zoologischen Staatsammlung in München sind dabei Projektpartner einer der wohl ehrgeizigsten weltweiten Forschungsinitiativen in den Biowissenschaften. Der kanadische Biologe Paul Hebert von der University of Guelph bei Toronto hat sich mit iBOL (International Barcode of Life) zum Ziel gesetzt, die Gencodes aller Tierarten weltweit zu analysieren und diese in der Online-Datenbank Bold (Barcode of Life Data Systems) Forschern weltweit zur Verfügung zu stellen. ... [Information des Anbieters]
