Die Website "ProGlycProt" (Prokaryotische Glykoproteine) ist ein manuell gepflegter, umfassender Speicherort für experimentell charakterisierte bakterielle und archaeelle Glykoproteine, welcher mittels einer gründlichen Literatursuche generiert wird. Dies ist der Anfang der Bemühungen prägnante, relevante Informationen in einer vergleichenden Methode zu liefern, welche sich von der rasch anwachsenden Literatur über prokaryotische Glykoproteine, ihre glykosylierenden Enzyme, an Glykosylation gekoppelte Gene und deren genomischen Kontext ableiten lassen. ProGlycProt ist eine umfangreiche Online-Sammlung experimentell verifizierter Glykosites und Glykoproteinen von Prokaryoten. Zum Vorteil der Nutzer ist die Datenbank unter dem Menüpunkt ProGlycProtdb in zwei Sektionen unterteilt, ProCGP und ProUGP. ProCGP ist der Hauptabschnitt, welcher aus charakterisierten prokaryotischen Glykoproteinen besteht, definiert als Eintragungen mit mindestens einem experimentell bestätigten "glykosylierten Rest". ProUGP dahingegen ist die ergänzende Sektion, welche uncharakterisierte prokaryotische Glykoproteine präsentiert, definiert als Eintragungen mit experimentell identifizierter Glykosylation aber undefinierten Glykosites. ProGlycProt wurde mit dem Ziel entwickelt als Hilfsmittel zu fungieren aber auch das aufkommende wissenschaftliche Interesse am Verständnis von Mechanismen, Auswirkungen und Neuheiten der Protein-Glykosylation in Prokaryoten zu steigern, was viele krankheitserregende und auch ökonomisch wichtige bakterielle Arten einschließt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The MicrobesOnline genome database contains over 300 prokaryotic genomes. All genomes are automatically analyzed through the VIMSS genome pipeline. We use publicly available sequence analysis tools and databases to search for homologs (NCBI BLAST, SwissProt, COG) and protein domains (InterPro), to assign gene ontologies (Gene Ontology Consortium) and EC numbers and to map the metabolic pathways (KEGG). We then link the orthology relationships between genes, predict operon structures and regulon networks. Most of the genomes are downloaded from NCBI and genes are parsed from GenBank files. When an incomplete genome is directly downloaded from a sequencing center, we predict protein coding genes using CRITICA and Glimmer, tRNA genes using tRNAscan and other RNA genes by BLASTn. All of the info in the VIMSS genome database is freely available on our website. ... [Information of the supplier]
Das „Fungal Genetics Stock Center“ ist eine Wissensquelle, die der Pilzgenetik-Forschergemeinde und Ausbildungs – und Forschungsorganisationen allgemein zur Verfügung steht. Die FGSC wurde 1960 am Dartmouth College auf Empfehlung der Genetics Society of America gegründet. In diesem Jahr existierten ungefähr 400 Stämme bei der FGSC. Mittlerweile gibt es über 8000 Neurospora-Stämme, eine wachsende Anzahl von Neurospora Knock-out Mutanten, über 2000 Aspergillus-Stämme und verschiedene Vertreter anderer Pilze. Zusätzlich wurden bei der FGSC Gene kloniert und Genbibliotheken erstellt. Anfang 2001 fügten wir Stämme von Magnaporthe grissea samt der molekularen Werkzeuge, um damit arbeiten zu können, hinzu. 2003 und 2004 schließlich existieren nahezu 50000 Magnaporthe Knock-out Mutanten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
xBASE ist eine Datenbank für vergleichende Genom-Analyse von Bakterien-Genomsequenzen mit besonderem Augenmerk auf Organismen mit Bedeutung für die Lebensmittelwirtschaft. Das Projekt wurde ursprünglich 2002 von Roy Chaudhuri und Mark Pallen der Universität Birmingham als ein Teil des von der BBSRC geförderten Exploiting Genomics Konsortiums (ExGen) konzipiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
