ccPDB (Erfassung und Gestaltung von Datensätzen aus PDB) wurde geschaffen, um Hilfe für die wissenschaftliche Öffentlichkeit zu bieten, die im Bereich der Funktions- oder Strukturanalyse von Proteinen arbeitet. Diese Datensammlung an Datensätzen basiert auf der Protein Data Bank (PDB), wo alle Datensätze von der PDB bezogen werden. ccPDB besitzt 4 Module: i) Erfassung von Datensätzen, ii) Erzeugunmg von Datensätzen, iii) Web Services und iv) wichtige Links. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Datenbank charakterisierter Proteine, CharProtDB, wurde angelegt und entwickelt als von Experten gepflegte Quelle über experimentell charakterisierte Proteine, welche in der veröffentlichten Literatur beschrieben wurden. Für jeden Proteineintrag in CharProtDB wird die Archivierung verschiedener Datentypen unterstützt. Dies beinhaltet funktionelle Anmerkungen (verschiedene Beispiele für Proteinnamen und Gensymbole), taxonomische Klassifizierung, Literaturverknüpfungen, spezifische Genontologiebegriffe und Beweisschlüssel, Enzymkommissions- Transportklassifizierungszahlen und Proteinsequenz. Darüber hinaus ist jeder Proteineintrag verbunden mit Verweisen zu allen öffentlichen Zugängen großer Proteindatenbanken als “synonyme Zugänge“. Jeder der oben genannten Datentypen kann zu so vielen Literaturreferenzen wie möglich verlinkt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ENZYME is a repository of information relative to the nomenclature of enzymes. It is primarily based on the recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (IUBMB) and it describes each type of characterized enzyme for which an EC (Enzyme Commission) number has been provided. ... [Information of the supplier]
Dieser Server widmet sich der Analyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen, die zur Superfamilie der alpha-/beta-Hydrolasen gehören, die homolog zu den Cholinesterasen sind. Keine andere Datenbank hält alle alpha/beta Hydrolase-Faltungsproteine zusammen: Interpro, Prosite und Pfam haben einige Einträge für Untermengen dieser strukturellen Superfamilie. Eine Tabelle „Synthese” zeigt die Korespondenz zwischen diesen Datenbankeinträgen und den Superfamilien in ESTHER. Die ESTHER-Tabelle ist momentan etwas zu groß um hilfreich zu sein. Jeder Ordner enthält eine der 31010 nicht-redundanten Proteine/Gene. Die Tabellen, die in der Familientabelle zusammengefasst sind, die Synthesen-Tabelle oder die Struktur-Tabelle werden möglicherweise hilfreicher sein. Die Gen-Lokus-Nomenklatur für diese nicht-redundanten Einträge ist ein Name mit 5 Buchstaben für die Organismen (3 für Gattungen, 2 für die Art, außer wenn ein allgemeiner 5-buchstabiger Name existiert; z.B. ratno für Rattus norvegicus und Mensch für Mann.) Dies erlaubt uns, nahe an der Swiss-Prot-Nomenklatur zu bleiben. Die letzten Eigenschaften definieren das Protein; z.B. menschliche AChE stellt die menschliche Acetylcholinesterase dar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
FunTree stellt eine Reihe von Datenressourcen zur Detektierung der Evolution von Enzymfunktionen innerhalb weit entfernter strukturell verwandter Cluster innerhalb Domänen-Superfamilien zur Verfügung, wie sie durch CATH bestimmt werden. Um über die Ressource zu verfügen, geben Sie den spezifischen CATH Superfamiliencode ein oder suchen Sie eine Struktur / Sequenz / Funktion (entweder über einen EC-Code oder über eine KEGG Liganden- / Reaktions-ID, PDB-ID oder UniProtKB-ID). Zudem können Sie die Ressource mittels Superfamilie / Funktion / Struktur / Metabolite und Reaktionen über das Menü im linken Feld durchsuchen. Zusätzliche Informationen über den Prozess können auf den HELP-Seiten gefunden werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Proteasen sind eine wichtige Gruppe der Enzyme und machen mehr als 2% des Genoms bei Menschen, Schimpansen, Mäusen und Ratten aus. Diese Enzymgruppe ist an zahlreichen physiologischen Prozessen beteiligt. Die Bedeutung der Proteasen wird durch die Existenz von 80 verschiedenen Erbkrankheiten belegt, die auf Mutationen der Protease-Gene zurückgehen. Außerdem sind Proteasen an vielen Krankheiten wie Gefäßkrankheiten, rheumatischer Arthritis, neurodegenerativen Prozessen und Krebs beteiligt. Während der letzten 10 Jahre hat unser Labor mehr als 60 humane Protease-Gene identifiziert und charakterisiert. Wegen der Bedeutung der proteolytischen Enzyme in der humanen Pathologie und Physiologie haben wir kürzlich das Konzept des Degradomes, als das vollständige Proteasen-Repertoire eines Gewebes oder Organismus’, entwickelt. Dank des Abschlusses der Sequenzierungs-Projekte der Genome von Mensch, Schimpanse, Maus und Ratte waren wir zum ersten Mal in der Lage, das gesamte Protease-Repertoire dieser Organismen zu vergleichen und zu analysieren genauso wie die entsprechenden Protease-Inhibitor-Gene. Diese Website ist ein Repository dieser Information, wie beschrieben in: The Degradome database: mammalian proteases and diseases of proteolysis Nucleic Acids Res (2008). ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die online verfügbare Datenbank CYPED integriert Daten zu Sequenz und Struktur von Cytochrom P450-Monooxygenasen, um das Protein-Engineering zu erleichtern. Die Navigation zu den Daten erfolgt anhand von Proteinfamilien, Organismen oder Proteinstrukturen; weiterhin wird eine BLAST-Suchfunktion angeboten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Polbase ist ein offener Speicher von Informationen zum Thema DNA-Polymerase. Ziele sind: a) Lieferung einer freien und offenen Informationsquelle, fokussiert auf DNA-Polymerasen; b) Zusammenstellung von Auszügen der wichtigsten Ergebnisse von veröffentlichten und unveröffentlichten Quellen; c) Präsentation der Ergebnisse im Kontext, aber ohne redaktionelle Befangenheit, bestätigt durch Autoren; d) Schaffung eines Hubs mit DNA-Polymerase als Mittelpunkt, durch Verbindung mit anderen Protein-Ressourcen; e) Berücksichtigung der Ratschläge von der Community; f) Verbleib bei der aktuellen automatischen Identifizierung neu veröffentlichter Paper; g) Nachhaltigkeit! Durch Beteiligung der Polymerase-Forschungs-Community können wir eine nützliche Quelle mit minimalem Aufwand von jedem individuellen Mitarbeiter anfertigen lassen. Die DNA-Polymerase-Datenbank (Poolbase) ist vorgesehen als Zusammenstellung der Fülle von existierenden DNA- Polymerase-Informationen von privaten und öffentlichen Aufzeichnungen in eine offene durchsuchbare Datenbank. Sie ergänzt existierende Quellen, zum Beispiel: a) PubMed; b) ExPASy; c) UniProtKB; d) RCSB PDB; e) KEGG; f) PROSITE; g) BRENDA; h) Human Polymerase Gamma Mutation Database. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
