Die Death-Domain(DD)-Superfamilie ist eine der größten Klassen von Proteininteraktionsmodulen, und spielt eine zentrale Rolle bei der Apoptose, bei Entzündungen, bei der Nekrose und dem Immunzellsignalweg. Kritische Caspase-aktivierende Komplexe der Apoptose und dem Entzündungssignalweg werden durch die DD-Superfamilie zusammengebracht. Diese Domänen spielen bei der Rekrutierung von Downstream-Effektoren für Immunzellrezeptorsignaling, der interzellulären Pathogenerkennung und der Antwort auf DNA-Schäden eine Rolle. Um zukünftige Forschungsprojekte zu diesem Thema unter Wissenschaftlern, die sich für den durch die DD-Superfamilie vermittelten Stoffwechselweg interessieren, voranzutreiben, haben wir die Death-Domain-Datenbank entwickelt, eine manuell kuratierte Datenbank, deren Ziel es sein soll vergleichende Informationen zu PPI (Protein-Protein-Interaktionen) der menschlichen DD-Superfamilie bereitzustellen. Die aktuelle Version der Datenbank enthält 175 PPI-Paare unter 99 DDs durch die Kuration von 295 durch Fachleute überprüfte Publikationen. Die Datenbank enthält eine detaillierte Zusammenfassung von PPI-Daten, die in 3 Kategorien aufgeteilt werden können: Interaktion, Charakterisierung und funktionelle Rolle. Die Death-Domain-Datenbank hat eine Nutzer-freundliche Oberfläche mit verschiedenen hilfreichen Funktionen, einschließlich einer Suchmaschine, einer Interaktions-Karte und einer Funktion für den Querverweiß zu hilfreichen externen Datenbanken. Unsere Datenbank wird ihnen ein nützliches Werkzeug bei dem Verständnis und der Organisation eines molekularen Interaktionsnetzwerk der DD-Superfamilie sein. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DistiLD-Datenbank zielt darauf ab, den Nutzen existierender Ergebnisse genom-weiter Assoziationsstudien (GWAS) zu erhöhen, indem sie es einfacher macht krankheits-asoziierte SNPs und Gene in ihrem chromosomalen Kontext zu suchen und sichtbar zu machen. Die Datenbank führt drei wichtige Aufgaben durch: Publizierte GWAS werden von verschiedenen Quellen gesammelt und mit standartisierten, internationalen Krankheitscodes (ICD10 Codes) verknüpft. Zudem werden Daten des Internationalen HapMap-Projekts analysiert um "linkage disequilibrium"(LD)-Blocks zu definieren, auf denen SNPs und Gene abgebildet sind. Drittens macht es das Web-Interface leicht, krankheits-assoziierte SNPs und Gene innerhalb LD-Blocks zu suchen und zu visualisieren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DNAtraffic-Datenbank ist eine einzigartige, umfassende und ausführlich kommentierte Datenbank der Genomdynamiken während des Lebens einer Zelle. DNAtraffic enthält umfangreiche Daten zur Nomenklatur, Ontologie, Struktur und Funktion von Proteinen, die bei der Kontrolle der DNA-Integritätsmechanismen eine Rolle spielen. Diese Daten sind z.B. Chromatin-Remodelling, DNA-Reparatur und die Antwort auf DNA-Schäden von 8 Modellorganismen, die häufig in Studien zur DNA verwendet werden: Homo sapiens (Mensch), Mus musculus (Maus), Drosophila melanogaster (Fruchtfliege), Caenorhabditis elegans (Nematode), Saccharomyces cerevisiae (knospende Hefe), Schizosaccharomyces pombe (Spalthefe), Escherichia coli K-12, Arabidopsis thaliana (Acker-Schmalwand). DNAtraffic enthält vergleichende Informationen zu Krankheiten, die in Verbindung mit gefalteten menschlichen Proteinen stehen. Die Datenbank wird oft im Zusammenhang mit systematischen Informationen der Nomenklatur, Chemie und Struktur von DNA-Schäden und Drug-targeting Nukleinsäuren und/oder Proteinen, die in die Aufrechterhaltung der Genomstabilität involviert sind, zitiert. Eines der Ziele der Datenbank ist die Schaffung der ersten Plattform für die kombinatorische Komplexität der DNA-Metabolismus-Analyse. Sie enthält Illustrationen von Stoffwechselwegen, Schäden, Proteinen und Wirkstoffen. Da DNAtraffic designed wurde um ein großes Spektrum an wissenschaftlichen Disziplinen abzudecken, ist es großflächig mit einer Vielzahl von Datenquellen verknüpft. Die Datenbank ist frei erhältlich und kann nach Name des DNA-Netzwerkprozesses, DNA-Schaden, Protein, Krankheit und Wirkstoff durchsucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Dieser Server widmet sich der Analyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen, die zur Superfamilie der alpha-/beta-Hydrolasen gehören, die homolog zu den Cholinesterasen sind. Keine andere Datenbank hält alle alpha/beta Hydrolase-Faltungsproteine zusammen: Interpro, Prosite und Pfam haben einige Einträge für Untermengen dieser strukturellen Superfamilie. Eine Tabelle „Synthese” zeigt die Korespondenz zwischen diesen Datenbankeinträgen und den Superfamilien in ESTHER. Die ESTHER-Tabelle ist momentan etwas zu groß um hilfreich zu sein. Jeder Ordner enthält eine der 31010 nicht-redundanten Proteine/Gene. Die Tabellen, die in der Familientabelle zusammengefasst sind, die Synthesen-Tabelle oder die Struktur-Tabelle werden möglicherweise hilfreicher sein. Die Gen-Lokus-Nomenklatur für diese nicht-redundanten Einträge ist ein Name mit 5 Buchstaben für die Organismen (3 für Gattungen, 2 für die Art, außer wenn ein allgemeiner 5-buchstabiger Name existiert; z.B. ratno für Rattus norvegicus und Mensch für Mann.) Dies erlaubt uns, nahe an der Swiss-Prot-Nomenklatur zu bleiben. Die letzten Eigenschaften definieren das Protein; z.B. menschliche AChE stellt die menschliche Acetylcholinesterase dar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
hiPathDB stellt 2 verschiedene Typen von Integration/Verknüpfung zur Verfügung. Die Verknüpfung auf Pathway-Ebene (Stoffwechselebene) ist eine einfache Sammlung von verschiedenen Pathways, so wie sie in der ursprünglichen Datenbank beschrieben wurden. Wir entwickelten ein gen-zentriertes Pathwaymodel, das verschiedene Eigenschaften von vier Datenbanken wiederspiegelt. Die allumfassende Integration erstellt einen Super-Pathway, der alle Pathways miteinander verknüpft, indem er redundante Komponente vereinigt. Auch wenn detaillierte molekulare Informationen, wie die Komplexbildung oder die Modifikation in einzelnen Fällen verloren gehen können, bietet der vereinigte Superpathway einen Überblick über das aktuelle Wissen von menschlichen Pathways, besonders in Bezug auf das Verständnis von Beziehungen zwischen verschiedenen Pathways. Eine andere starke Leistung von hiPathDB ist das eingebaute Pathway-Visualisierungs–Modul, um wissenschaftliche Studien zu komplexen Netzwerken auf interaktivem Wege zu unterstützen. Der kraftgerichtete Layout-Algorithmus ist für fast alle automatischen Visualisierungen von Pathways optimiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
“Multi-purpose Automated Genome Project Investigation Environment” (MAGPIE, http://magpie.ucalgary.ca/) ist ein Softwarepacket für die automatisierte Verwaltung und Präsentation von DNA- und Proteinsequenzen. MAGPIE filtert die Ergebnisse verschiedener Datenbanksuchergebnisse auf jede Sequenz (z.B. exprimierte Sequenz-Taqs, ESTs) oder Untersequenzen (z.B. offenes Leseraster, ORFs, in bakterieller genomischer DNA), und zeigt sie auf einer Zusammenfassungsseite, die Interpretationen der biologischen Rolle von Genen und Origins ermöglicht, an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MfunGD bietet eine Datensammlung zu annotierten Proteinen der Maus und zu deren Auftreten in Protein-Netzwerken. Die Annotation von Protein-Funktionen erfolgt unter Verwendung des "Functional Catalogue (FunCat) Annotation Scheme", welches ein hierarchisch strukturiertes Klassifikationssystem darstellt . [Information des Anbieters, übersetzt]
Die M-Phase, auch Zellteilung genannt, ist die wichtigste und fundamentalste Angelegenheit des eukaryotischen Zellzyklus. Nach der Replikation der Chromosomen während der S-Phase, werden die Schwester-Chromatiden getrennt und in die zwei Tochterzellen gleich aufgeteilt. Jede Tochterzelle erhält die durchschnittlichen und nötigen intrazellulären Komponenten und Organellen der Mutterzelle. Generell besteht die Zellteilung aus 6 Stufen, einschließlich Prophase, Prometaphase, Metaphase, Anaphase, Telophase und Cytokinese. Und die ersten 5 Schritte konstituieren die Mitose. Während der Mitose organisieren zahlreiche Proteine zu Super-Komplexen. Auch wenn bekannt ist, dass viele Proteine im Centromer, in den Kinetochoren und/oder den Intermediärkörperchen lokalisiert sind, gibt es keine integrierte Ressource auf diesem Gebiet. Deshalb haben wir hier alle solcher Proteine von 2 Pilzarten (S. cerevisiae und S. pombe) und 5 Tieren, einschließlich C. elegans, D. melanogaster, X. laevis, M. musculus und H. sapiens, gesammelt. Aus der verwandten Literatur von PubMed, wurde eine Vielzahl von Proteinen, die zumindest in einer der subzellulären Orte von Kinetochoren, dem Centrosom und den Intermediärkörperchen zu finden sind, manuell kuratiert. Um die Qualität der Daten, basierend auf „Sehen ist Glauben“, wurden diese Proteine eindeutig unter dem Fluoreszenzmikroskop untersucht. Danach wurde eine integrierte und suchbare Datenbank MiCroKit - Midbody, Centrosome and Kinetochore erstellt. Die MiCroKit-Datenbank ist die erste einheitliche Ressource um einen Großteil der identifizierten Komponenten und verwandten wissenschaftlichen Informationen zu Intermediärkörperchen, Centromer und Kinetochoren bereit zu stellen. Die Version 1.0 der MiCroKit-Datenbank wurde im November 2005 erstellt, und enthält 1,065 einzigartige Proteine. Die MiCroKit Version 2.0 wurde im Juni 2006, auf 1,120 Einträgen erweitert. Die aktuelle 3. Version der Datenbank wurde im Juli 2009 aktualisiert, und enthält 1,489 einzigartige Proteineinträge. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Mausphänotyp-Datenbank (MPD; phenome.jax.org) charakterisiert Stämme von Labormäusen, um translationale Entdeckungen zu ermöglichen und in der Wahl der Mausstämme für experimentelle Studien zu assistieren. Wir sind eine Forschungsgruppe am Jackson Laboratory. Datensätze werden freiwillig durch Wissenschaftler von einer Vielzahl von Institutionen und mit verschiedenartigen Hintergründen zur Verfügung gestellt, oder manchmal durch uns aus öffentlichen Quellen zusammen getragen. MPD hat drei große Typen von stamm-spezifischen Datensätzen: Phänotyp-Stamm-Suche, SNP und Variationsdaten, und Genexpressions-Stamm-Überblicke. MPD sammelt Daten von klassischen durch Inzucht erzeugten Stämmen, wie auch jeden "fest-genomischen" Stamm und Derviate, die öffentlich durch öffentliche Forscher erworben werden können. Stämme können aus JAX-Mice oder jedem anderen Anbieter sein. Forscher, die einen diversen Satz von klassischen Stämmen testen wollen, sollten unsere MDP-Priotitäts-Stammsätze in Betracht ziehen. Aktuell subventionieren oder assistieren wir nicht bei der Beschaffung von Mäusen für Projekte. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
PlasmoDB ist eine Genom-Datenbank für die Gattung Plasmodium, eine Gruppe von einzelligen, eukaryotischen Pathogenen, die in Menschen und Tieren Krankheiten einschließlich Malaria hervorrufen. [Information des Anbieters, übersetzt]
