ChIPBase ist eine eine integrierte Ressource und eine Plattform für die Dekodierung von Transkriptionsfaktorbindungsstellenkarten, Expressionsprofile und transkriptionale Regulation der langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs, lincRNAs), microRNAs, anderer ncRNAs (snoRNAs, tRNAs, snRNAs, etc.) und Protein-kodierender Genen von ChIP-Seq Daten. ChIPBase umfasst derzeit Millionen von Transkriptionsfaktorbindungsstellen (TFBSs) aus 6 verschiedenen Arten. ChIPBase bietet verschiedene web-basierte Tools und Browser an, um TF-lncRNA, TF-miRNA, TF-mRNA, TF-ncRNA und TF-miRNA-mRNA regulatorische Netzwerke zu untersuchen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
dbVar ist eine Datenbank für genomische strukturelle Veränderungen, die es erlaubt variante Daten aus Studien, eingereicht für jeden Organismus, zu suchen, anzuzeigen und zu downloaden. Im Allgemeinen sind die Varianten ≥ 50 Nukleotiden, aber gelegentlich auch kleiner. dbVar bietet Zugriff auf die Rohdaten (wenn verfügbar) und Links zu anderen NCBI- und externen Ressourcen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Death-Domain(DD)-Superfamilie ist eine der größten Klassen von Proteininteraktionsmodulen, und spielt eine zentrale Rolle bei der Apoptose, bei Entzündungen, bei der Nekrose und dem Immunzellsignalweg. Kritische Caspase-aktivierende Komplexe der Apoptose und dem Entzündungssignalweg werden durch die DD-Superfamilie zusammengebracht. Diese Domänen spielen bei der Rekrutierung von Downstream-Effektoren für Immunzellrezeptorsignaling, der interzellulären Pathogenerkennung und der Antwort auf DNA-Schäden eine Rolle. Um zukünftige Forschungsprojekte zu diesem Thema unter Wissenschaftlern, die sich für den durch die DD-Superfamilie vermittelten Stoffwechselweg interessieren, voranzutreiben, haben wir die Death-Domain-Datenbank entwickelt, eine manuell kuratierte Datenbank, deren Ziel es sein soll vergleichende Informationen zu PPI (Protein-Protein-Interaktionen) der menschlichen DD-Superfamilie bereitzustellen. Die aktuelle Version der Datenbank enthält 175 PPI-Paare unter 99 DDs durch die Kuration von 295 durch Fachleute überprüfte Publikationen. Die Datenbank enthält eine detaillierte Zusammenfassung von PPI-Daten, die in 3 Kategorien aufgeteilt werden können: Interaktion, Charakterisierung und funktionelle Rolle. Die Death-Domain-Datenbank hat eine Nutzer-freundliche Oberfläche mit verschiedenen hilfreichen Funktionen, einschließlich einer Suchmaschine, einer Interaktions-Karte und einer Funktion für den Querverweiß zu hilfreichen externen Datenbanken. Unsere Datenbank wird ihnen ein nützliches Werkzeug bei dem Verständnis und der Organisation eines molekularen Interaktionsnetzwerk der DD-Superfamilie sein. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Database of Genomic Variants archive (DGVA) ist eine Repository, die die Archivierung, Accessionierung und Verteilung von öffentlich verfügbaren genomischen, strukturellen Varianten bereitstellt. In den letzten Jahren gab es noch nie da gewesenene Fortschritte in der Technologie, die genomische Veränderungen charakterisiert, außerdem ist bekannt, dass eine Variation in der Einzel-Nukleotid- Ebene in den Genomen aller Arten reichlich vorkommt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DistiLD-Datenbank zielt darauf ab, den Nutzen existierender Ergebnisse genom-weiter Assoziationsstudien (GWAS) zu erhöhen, indem sie es einfacher macht krankheits-asoziierte SNPs und Gene in ihrem chromosomalen Kontext zu suchen und sichtbar zu machen. Die Datenbank führt drei wichtige Aufgaben durch: Publizierte GWAS werden von verschiedenen Quellen gesammelt und mit standartisierten, internationalen Krankheitscodes (ICD10 Codes) verknüpft. Zudem werden Daten des Internationalen HapMap-Projekts analysiert um "linkage disequilibrium"(LD)-Blocks zu definieren, auf denen SNPs und Gene abgebildet sind. Drittens macht es das Web-Interface leicht, krankheits-assoziierte SNPs und Gene innerhalb LD-Blocks zu suchen und zu visualisieren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DNAtraffic-Datenbank ist eine einzigartige, umfassende und ausführlich kommentierte Datenbank der Genomdynamiken während des Lebens einer Zelle. DNAtraffic enthält umfangreiche Daten zur Nomenklatur, Ontologie, Struktur und Funktion von Proteinen, die bei der Kontrolle der DNA-Integritätsmechanismen eine Rolle spielen. Diese Daten sind z.B. Chromatin-Remodelling, DNA-Reparatur und die Antwort auf DNA-Schäden von 8 Modellorganismen, die häufig in Studien zur DNA verwendet werden: Homo sapiens (Mensch), Mus musculus (Maus), Drosophila melanogaster (Fruchtfliege), Caenorhabditis elegans (Nematode), Saccharomyces cerevisiae (knospende Hefe), Schizosaccharomyces pombe (Spalthefe), Escherichia coli K-12, Arabidopsis thaliana (Acker-Schmalwand). DNAtraffic enthält vergleichende Informationen zu Krankheiten, die in Verbindung mit gefalteten menschlichen Proteinen stehen. Die Datenbank wird oft im Zusammenhang mit systematischen Informationen der Nomenklatur, Chemie und Struktur von DNA-Schäden und Drug-targeting Nukleinsäuren und/oder Proteinen, die in die Aufrechterhaltung der Genomstabilität involviert sind, zitiert. Eines der Ziele der Datenbank ist die Schaffung der ersten Plattform für die kombinatorische Komplexität der DNA-Metabolismus-Analyse. Sie enthält Illustrationen von Stoffwechselwegen, Schäden, Proteinen und Wirkstoffen. Da DNAtraffic designed wurde um ein großes Spektrum an wissenschaftlichen Disziplinen abzudecken, ist es großflächig mit einer Vielzahl von Datenquellen verknüpft. Die Datenbank ist frei erhältlich und kann nach Name des DNA-Netzwerkprozesses, DNA-Schaden, Protein, Krankheit und Wirkstoff durchsucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Dieser Server widmet sich der Analyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen, die zur Superfamilie der alpha-/beta-Hydrolasen gehören, die homolog zu den Cholinesterasen sind. Keine andere Datenbank hält alle alpha/beta Hydrolase-Faltungsproteine zusammen: Interpro, Prosite und Pfam haben einige Einträge für Untermengen dieser strukturellen Superfamilie. Eine Tabelle „Synthese” zeigt die Korespondenz zwischen diesen Datenbankeinträgen und den Superfamilien in ESTHER. Die ESTHER-Tabelle ist momentan etwas zu groß um hilfreich zu sein. Jeder Ordner enthält eine der 31010 nicht-redundanten Proteine/Gene. Die Tabellen, die in der Familientabelle zusammengefasst sind, die Synthesen-Tabelle oder die Struktur-Tabelle werden möglicherweise hilfreicher sein. Die Gen-Lokus-Nomenklatur für diese nicht-redundanten Einträge ist ein Name mit 5 Buchstaben für die Organismen (3 für Gattungen, 2 für die Art, außer wenn ein allgemeiner 5-buchstabiger Name existiert; z.B. ratno für Rattus norvegicus und Mensch für Mann.) Dies erlaubt uns, nahe an der Swiss-Prot-Nomenklatur zu bleiben. Die letzten Eigenschaften definieren das Protein; z.B. menschliche AChE stellt die menschliche Acetylcholinesterase dar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das European Nucleotide Archive (ENA) speichert und veröffentlicht Informationen, die mit den experimentellen Arbeitsabläufen der Nukleotidsequenzierung zu tun haben. In der ENA-Datenbank werden alle Informationen, angefangen beim Input (Probe, Protokolle, Konfiguration der Geräte) über den Output des Sequenziergerätes (DNA-Sequenzen und Zusatzinformationen wie die Qualitätswerte) bis hin zu den Interpretationen der Analysen (Zusammenfügung der Sequenzen, Mapping und funktionelle Zuordnungen) hinterlegt. Die Daten erhält das ENA unter anderem von den größten europäischen Sequenzierzentren und durch Austausch mit anderen Partnerdatenbanken der International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). ENA besteht aus einer Vielzahl von Datenbanken, die die EMBL-Bank, das Sequence Read Archive (SRA) und das Trace Archive beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das "Encyclopedia of DNA Elements"(ENCODE)- Konsortium hat sich zum Ziel gesetzt alle funktionalen Elemente des menschlichen Genoms zu identifizieren. Zu diesen Elementen gehören genomische Regionen, die von Transkriptionsfaktoren(TFs) gebunden werden, die von Nukleosomen mit modifizierten Histonen besetzt sind oder die überempfindlich für die Spaltung durch DNase I sind, etc. Wir organisieren die laufende Analyse der Ergebnisse der TF-Bindungs-Daten in einem im Web zugänglichen Speicher namens „factorbook.org“. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
hiPathDB stellt 2 verschiedene Typen von Integration/Verknüpfung zur Verfügung. Die Verknüpfung auf Pathway-Ebene (Stoffwechselebene) ist eine einfache Sammlung von verschiedenen Pathways, so wie sie in der ursprünglichen Datenbank beschrieben wurden. Wir entwickelten ein gen-zentriertes Pathwaymodel, das verschiedene Eigenschaften von vier Datenbanken wiederspiegelt. Die allumfassende Integration erstellt einen Super-Pathway, der alle Pathways miteinander verknüpft, indem er redundante Komponente vereinigt. Auch wenn detaillierte molekulare Informationen, wie die Komplexbildung oder die Modifikation in einzelnen Fällen verloren gehen können, bietet der vereinigte Superpathway einen Überblick über das aktuelle Wissen von menschlichen Pathways, besonders in Bezug auf das Verständnis von Beziehungen zwischen verschiedenen Pathways. Eine andere starke Leistung von hiPathDB ist das eingebaute Pathway-Visualisierungs–Modul, um wissenschaftliche Studien zu komplexen Netzwerken auf interaktivem Wege zu unterstützen. Der kraftgerichtete Layout-Algorithmus ist für fast alle automatischen Visualisierungen von Pathways optimiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
