Dieser Server widmet sich der Analyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen, die zur Superfamilie der alpha-/beta-Hydrolasen gehören, die homolog zu den Cholinesterasen sind. Keine andere Datenbank hält alle alpha/beta Hydrolase-Faltungsproteine zusammen: Interpro, Prosite und Pfam haben einige Einträge für Untermengen dieser strukturellen Superfamilie. Eine Tabelle „Synthese” zeigt die Korespondenz zwischen diesen Datenbankeinträgen und den Superfamilien in ESTHER. Die ESTHER-Tabelle ist momentan etwas zu groß um hilfreich zu sein. Jeder Ordner enthält eine der 31010 nicht-redundanten Proteine/Gene. Die Tabellen, die in der Familientabelle zusammengefasst sind, die Synthesen-Tabelle oder die Struktur-Tabelle werden möglicherweise hilfreicher sein. Die Gen-Lokus-Nomenklatur für diese nicht-redundanten Einträge ist ein Name mit 5 Buchstaben für die Organismen (3 für Gattungen, 2 für die Art, außer wenn ein allgemeiner 5-buchstabiger Name existiert; z.B. ratno für Rattus norvegicus und Mensch für Mann.) Dies erlaubt uns, nahe an der Swiss-Prot-Nomenklatur zu bleiben. Die letzten Eigenschaften definieren das Protein; z.B. menschliche AChE stellt die menschliche Acetylcholinesterase dar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
HIstome ist eine frei zugängliche spezialisierte Online-Datenbank zu menschlichen Histon-Varianten und damit zusammenhängenen Themen (einschließlich Enzyme, die Veränderungen bei Histonen bewirken können). Die Datenbank umfasst fünf Typen von Histonen, acht Typen von Modifikationen bei Histonen und 13 Klassen von Enzymen, die Veränderungen bei Histonen bewirken. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
"Hot Spots sind energetisch wichtige Seitenketten auf Proteinkontaktstellen und sind nicht zufällig über die Berührungsfläche verstreut, sondern ziemlich konzentriert. Diese gebündelten Hot Spots bilden Hot Regions. Hot Regions sind wichtig für die Stabilität von Proteinkomplexen und liefern auch die Spezifität der Bindungsstellen. Wir schlagen eine Datenbank namens HotRegion vor, welche die Hot Region-Informationen der Bindungsflächen durch die Verwendung vorhergesagter Hot Spot-Seitenketten und struktureller Eigenschaften dieser Schnittstellenseitenketten wie pair potentials, accessible surface area (ASA) und relative ASA-Werte der Interface-Seitenketten von Monomer- und Komplexform des Proteins liefert. Auch die 3D-Visualisierung der Kontaktstelle und Interaktionen zwischen den Hot Spot-Seitenketten wird angeboten." (übersetzt aus: Cukuroglu E., Gursoy A., Keskin O.; HotRegion: A database of predicted hot spot clusters, Nucleic Acids Res., 2012, Vol. 40, D829–D833.) ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
IDEAL (Intrinsisch ungeordnete Proteine mit extensiver Kommentierung und Literatur) bietet eine Sammlung von Wissen über experimentell bestätigte, intrinsisch ungeordnete Proteine (Intrinsically Disordered Proteins – IDPs) oder intrinsisch ungeordnete Regionen (Intrinsically Disordered Regions – IDRs). IDEAL beinhaltet von Hand gepflegte Vermerke über IDPs in Lokalisierungen, Strukturen und funktionellen Seiten wie Proteinbinderegionen und posttranslationalen Modifizierungsstellen zusammen mit Referenzen und struktureller Domänenbestimmung. Eines der einzigartigen, in IDPs beobachteten Phänomenen ist die sogenannte gekoppelte Faltung und Bindung, wo kurze, flexible Segmente sich an ihren Bindungspartner flechten und dabei eine spezifische Struktur formen, um als molekulares Erkennungselement zu wirken. IDEAL vermerkt solche Regionen als proteisches Segment (ProS), wenn beides, unstrukturierte und strukturierte Zustände, für diese Region bekannt sind. Alle Einträge sind in der Liste aufgeführt und individuelle Eingaben können über die Suche in der Ecke rechts oben bezogen werden. IDEAL verfügt auch über eine BLAST-Suche, welche Homologe in IDEAL finden kann. Alle Informationen in IDEAL können als XML-Datei herunter geladen werden. Die Hilfe-Seite beantwortet Fragen in der Bedienung von IDEAL. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die "Indel Flanking Region"-Datenbank (kurz IndelFR) ist eine Online-Ressource für Indels und die flankierenden Regionen von Proteinen aus den SCOP (Structural classification of Proteins)-Superfamilien. Das Ziel der Datenbank soll die Bereitstellung eines vergleichenden Datensatzes für die Analyse der Qualität von Aminosäure-Insertionen oder -Delektionen (Indels), Substitutionen und die Beziehung zwischen ihnen sein. Die Unterseite "SCOP Tree" bietet Ihnen Informationen, die nach der Klassifikation von SCOP geordnet sind. Kompatible Sätze wurden von PDBeFold gesammelt und können bei "Match Search" angeschaut werden. Alle Indel-Datensätze wurden unter Benutzung von Match-Datensätzen berechnet und können auf der Seite "Indel Search" abgefragt werden. Die Indel-Datensätze sind in der Download-Rubrik erhältlich. Online-Indel-Design arbeitet mit den Match-Dateien und berechneten Indel-Ionformationen. Eine Bedienungsanleitung kann unter "Help" gefunden werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Von einem Schlagwort oder PDB-Eintrag eines Komplexes aus können sie nach Folgendem durchsuchen: Homologe für jeden Proteinstrang in anderen Komplexen; Strukturelle Interologe für jede Kontaktstelle; Erfassung von Strukturen der Berührstellen, überlagerte Interlogstrukturen und vorhergesagter Sequenzabgleich in verschiedenen Spezies. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
JASPAR ist eine Datensammlung zu Transkriptionsfaktoren und ihren DNA-Bindungen, modelliert in Form von Matrizes. Diese können in Position Weight Matrices (PWMs or PSSMs) konvertiert werden, wie sie für das Scannen von Genomsequenzen verwendet werden. JASPAR ist die einzige Datenbank zu diesem Themengebiet, bei der die Daten ohne Einschränkungen, das heisst nach dem Open-source-Prinzip zur Verfügung stehen. Für eine umfassende Übersicht zu den Modellen und ihren möglichen Verwendungen vergleiche die folgenden Reviews: DNA binding sites: representation and discovery. In: Bioinformatics. 2000 Jan;16(1):16-23; Applied bioinformatics for the identification of regulatory elements. In: Nat Rev Genet. 2004 Apr;5(4):276-87. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
LOCATE ist eine kuratierte Datenbank für Daten über die molekulare Organisation von Membranen und die subzellulare Lokalisierung von Proteinen aus den RIKEN FANTOM4-Proteinsequenz-Daten für Maus (Mus musculus) und Mensch (Homo sapiens; Mammalia). [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Auf Massenspektrometrie basierende Proteomik ist zu einer mächtigen Technologie für die Erforschung der Protein-Zusammensetzung von Organellen, Zelltypen und Geweben geworden. In unserem Department läuft ein umfassendes Programm zum Mapping dieser Proteome, welches durch die Max-Planck Unified (MAPU) Proteome Database unterstützt wird. MAPU enthält Daten zu Proteomen mehrerer Körperflüssigkeiten, inklusive Plasma, Urin und Gehirnflüssigkeit. Auch grundlegende Annotationen sowie Links zu anderen öffentlich zugänglichen Datenbanken werden in MAPU angeboten; wir planen, weitere Analysewerkzeuge hinzuzufügen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The Membrane Protein Data Bank (MPDB) is an online, searchable, relational database of structural and functional information on integral, anchored and peripheral membrane proteins and peptides. Data originates from the Protein Data Bank and other databases, and from the literature. Structures are based on X-ray and electron diffraction, nuclear magnetic resonance and cryoelectron microscopy. The MPDB is searchable online by protein characteristic, structure determination method, crystallization technique, detergent, temperature, pH, author, etc. Record entries are hyperlinked to the PDB and Pfam for viewing sequence, three-dimensional structure and domain architecture, and for downloading coordinates. Links to PubMed are also provided. ... [Information of the supplier]