Das JGI Genom Portal bietet ein Interface zu verschiedenen bioinformatischen Tools für die Untersuchung von Genomen. Für jeden durch die JGI sequenzierten Organismus ist ein spezifisches Subset von Tools verfügbar. Ausgehend von einer Unterseite für den jeweiligen Organismus sind über die Navigationsleiste die entsprechenden Tools verfügbar. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Arabidopsis Information Resource (TAIR) führt eine Datenbank mit den genetischen und molekularbiologischen Daten für den Modellorganismus und Vertreter der Höheren Pflanzen, Arabidopsis thaliana. Die durch TAIR verfügbaren Daten beeinhalten die komplette Genomsequenz mit der genetischen Struktur, Informationen über Genprodukte, Stoffwechsel, die Genexpression, DNA und Samenbestände, Genomkarten, genetische und physiologische Marker, Publikationen und Informationen zu der Arabidopsis Forschungsgemeinde. Die Daten über die Funktionen einzelner Genprodukte werden anhand von neuester publizierter Literatur und Eingaben der Gemeinschaft alle zwei Wochen aktualisiert. Genstrukturen werden 1-2 mal pro Jahr mittels Computergestützter und manueller Methoden sowie durch Eingaben der Gemeinde zu neuen Genen aktualisiert. TAIR bietet zudem von den gefundenen Datensätzen aus auch eine ausführliche Weiterverlinkung zu anderen Arabidopsis Resourcen im Netz. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Gramene ist eine kuratierte Open Source-Datenbasis für die vergleichende Genomanalyse bei Gräsern. Unser Ziel ist die Unterstützung von Untersuchungen zu interspezifischen Homologie-Beziehungen. Dabei wird auf Daten aus öffentlichen Projekten zurückgegriffen, die sich mit Genom- und EST-Sequenzierung, mit Analyse von Proteinstrukturen und -funktionen, mit genetischem Mapping, mit der Interpretation von biochemischen Stoffwechselwegen, mit der Lokalisierung von Genen und von QTL sowie mit phänotypischen Merkmalen und Mutationen befassen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Mit finanzieller Unterstützung der Wellcome Trust Functional Genomics Development Initiative strebt das Projekt GeneDB an, primär für drei Organismen kuratierte Datenbankressourcen zu entwickeln und zu unterhalten: Schizosaccharomyces pombe (vollständig sequenziert), sowie die Protozoen Leishmania major und Trypanosoma brucei (Sequenzierung noch abzuschließen). Zu den Zielen gehört, die Daten einzusammeln, zu speichern und zu pflegen, sie für die Integration in anlaufende Projekte im Bereich Functional genomics and proteomics zur Verfügung zu stellen, und eine einfach zu benutzende Schnittstelle zu bieten. Für die Zukunft wird in's Auge gefaßt, die übergreifend nutzbare Datenbankstruktur auch für Datensets zu anderen Organismen zu übernehmen, die am Sanger Institute Pathogen Sequencing Unit sequenziert wurden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das SOL Genomics Network ist eine "Clade Oriented Database" (COD) mit genomischen, genetischen, phänotypischen und taxonomischen Informationen zu Arten der Euasterids, einschließlich der Familien Solanaceae (z. B. Tomate, Kartoffel, Aubergine, Pfeffer, Petunie) und Rubiaceae (Kaffee). Genomische Daten werden in vergleichender Darstellung angeboten und sind mit dem vollständig sequenzierten Genom von Arabidopsis verknüpft. SGN ist darüber hinaus eines der Zentren, die bei der Sequenzierung des Genoms der Tomate involviert sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die SoyBase-Webpräsenz bietet ein umfangreiches Spektrum von Daten und Werkzeugen für die Forschung an der Sojabohne, Glycine max. Sie integriert genetische und molekularbiologische Ressourcen, die besonders für die Anwendung in der Sojabohnen-Zucht relevant sind. Die Daten sind primär in Form von Maps organisiert (Genetic Map, Physical Map, Sequence Map). ... [Redaktion vifabio]
Integrative und konjugative Elemente (ICEs) sind eine vielfältige Gruppe von mobilen genetischen Elementen, welche in Gram-positiven und Gram-negativen Bakterien gefunden wurden. ICEs sind selbst-übertragbare Elemente, die ein vollständiges Komplement für die Maschinerie zur Konjugation sowie aufwendige regulatorische Systeme für die Kontrolle des Ausschneidens aus dem Chromosom und den anschließenden, konjugativen Transfer beinhalten (Wozniak und Waldor, 2010; Burrus,2004). Diese multi-talentierten Einheit treibt ihre eigene Mobilisierung und potenziell auch die anderer „trampender“ genetischer Elemente voran und bewirkt einen horizontalen Gentransfer von virulenten Determinanten, Antibiotischen Resistenzgenen und anderen bakterieller Eigenschaften (Hastings. et al., 2004). ICEs werden mit steigenden Zahlen identifiziert, da Datenbanken mit sequenzierten Genomen exponentiell wachsen (Wozniak, et al., 2010; Ryan, et al., 2009; te Poele, et al., 2008; Burrus et al., 2002). Gegenwärtig sind nur wenige zur ICE-Familie klassifiziert worden, darunter als das am besten charakterisierte Element die SXT/R391-Famile von Vibrio cholerae, zum Beispiel SXT von Vibrio cholerae O139 MO10. Darüber hinaus wurden verschiedene Elemente, welche mehr als ein Jahrzehnt zuvor entdeckt wurden und vorher als Plasmid oder konjugative Transposons klassifiziert wurden, wie pSAM2 und Tn916, nun als ICEs definiert. ICEs bieten typischerweise eine Zahl an Eigenschaften, die interessant für die Forscher auf den Gebieten der prokariotischen Evolution, Pathogenese, Biotechnologie und Stoffwechselprozesse sind. Diese beinhalten ein hohes Niveau an funktioneller Diversität, fremdartiger und häufig geflickter Replikationsursprüngen sowie in geringem Umfang experimentelle Daten über dieses Gebilde. Wir sortieren die verfügbaren experimentellen und bioinformatischen Untersuchungsdaten und Literatur über bekannte und mutmaßliche ICEs in Bakterien in eine PostgreSQL-basierte Datenbank, genannt ICEberg. Wie der Name andeutet, erwarten wir, dass ICEberg weiter von seiner gegenwärtig sichtbaren, winzigen Spitze, welche das aktuelle Wissen über ICEs darstellt, zu einer sehr substantiellen Datenbank wächst, wo immer mehr dieser Objekte bestätigt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Hülsenfrüchte (Fabaceae) spielen wegen ihrer einzigartigen Fähigkeit, symbiontische Stickstofffixierung (SNF) durch endosymbiontische Interaktionen mit Bakterien in Wurzelknöllchen durchzuführen, eine wichtige Rolle dabei den Stickstoffkreislauf der Biosphäre aufrecht zu erhalten, und sind zudem in der Landwirtschaft zur Stickstofffixierung wichtig. Diese entscheidende Fähigkeit kann nicht mittels der Modellpflanze Acker-Schmalwand (Arabidopsis thaliana) beobachtet werden. Neben der Wurzelknöllchenbildung und symbiontischen Stickstofffixierung gemeinsam mit den Knöllchenbakterien, besitzen Hülsenfrüchtler einige andere einzigartige Eigenschaften, die sich nicht bei A. thaliana finden lassen, wie z.B. die Bildung von Mykorrhiza, zusammengesetzte Blattentwicklung, proteinreiche Physiologie, ein übermäßiger sekundärer Metabolismus, drüsige Trichomenentwicklung und Grenzzellen in Wurzeln. LegumeIP ist eine integrierte Datenbank und Bioinformatik-Plattform für vergleichende Genomik und Transkriptomik, um Untersuchungen von Genfunktionen und Genom-Evolution der Hülsenfrüchtler zu unterstützen, und letztlich ein auf molekularen Daten basierendes Zuchtwerkzeug zu entwickeln um die Qualität von feldmäßig angebauten Hülsenfrüchten zu verbessern. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MeRy-B ist eine Pflanzenmetabolom-Plattform, die es ihren Nutzern erlaubt, metabolische NMR-Profile von Pflanzen abzulegen und zu visualisieren. MeRy-B ist eine web-basierende Applikation mit öffentlichem und privatem Zugang. Sie wurde entwickelt, um das Wissen von kuratierten Pflanzenprofilen und Metaboliten unter Einbeziehung von NMR zu erweitern, die Daten abzufragen und zu visualisieren, Biomarker mittels Visualisierung der Spektren und statistischer Werkzeuge zu detektieren und bei der Biomarker-Identifikation zu assistieren. Die Plattform enthält Pflanzenmetaboliten und Listen unbekannter Stoffe mit Information über experimentelle Bedingungen und Metabolitkonzentrationen von verschiedenen Pflanzenarten, welche aus Tausenden von kuratierten und kommentierten NMR-Profilen vieler Organe oder Gewebe zusammengetragen wurden. Um Daten hochladen zu können, kontaktieren Sie bitte den Administrator. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EcoGene 3.0 a ist ein neues Web-Interface für EcoGene.org, welches unter Benutzung von Drupal Open-Source Website-Software gestaltet wurde. EcoGene 2.0 und EcoGene präsentieren beide Daten aus unserer täglich aktualisierten relationalen MySql-Datenbank. Manche der Bereiche und Inhalte von EcoGene.org werden nur über EcoGene 3.0 erhältlich sein. EcoGene 2.0 wird über einen Link auf der EcoGene 3.0 Homepage für die, die es weiter nutzen möchten, verfügbar bleiben. EcoGene-RefSeq wurde zur Unterstützung des Nutzen der EcoGene-Graphik-Präsentationen und Tools mit anderen Genomen entwickelt. Aktuell sind 2074 vollständige Bakteriengenome aus dem NCBI-RefSeq-Projekt über EcoGene-RefSeq erreichbar. Querverweis-Mapping und Download wurde für den Nutzerzugang zu vielen zusätzlichen Zugangszahlen und anderen Gen-Identifers, wie z.B. Genname, Synonym entwickelt. GeneSets Venn-Diagramme, GeneSets wurden von Genen gesammelt, und in EcoTopics, EcoArray oder von Nutzern ausgestatteten Listen von Genen zusammengefasst. Venn-Diagramm ist eine interaktive Graphik-Präsentation von booleschen Suchvergleichen, die 1, 2 oder 3 Gen-Sätze verwenden. Weitere Informationen sind auf der EcoTools-Seite erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]