MeRy-B ist eine Pflanzenmetabolom-Plattform, die es ihren Nutzern erlaubt, metabolische NMR-Profile von Pflanzen abzulegen und zu visualisieren. MeRy-B ist eine web-basierende Applikation mit öffentlichem und privatem Zugang. Sie wurde entwickelt, um das Wissen von kuratierten Pflanzenprofilen und Metaboliten unter Einbeziehung von NMR zu erweitern, die Daten abzufragen und zu visualisieren, Biomarker mittels Visualisierung der Spektren und statistischer Werkzeuge zu detektieren und bei der Biomarker-Identifikation zu assistieren. Die Plattform enthält Pflanzenmetaboliten und Listen unbekannter Stoffe mit Information über experimentelle Bedingungen und Metabolitkonzentrationen von verschiedenen Pflanzenarten, welche aus Tausenden von kuratierten und kommentierten NMR-Profilen vieler Organe oder Gewebe zusammengetragen wurden. Um Daten hochladen zu können, kontaktieren Sie bitte den Administrator. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EcoGene 3.0 a ist ein neues Web-Interface für EcoGene.org, welches unter Benutzung von Drupal Open-Source Website-Software gestaltet wurde. EcoGene 2.0 und EcoGene präsentieren beide Daten aus unserer täglich aktualisierten relationalen MySql-Datenbank. Manche der Bereiche und Inhalte von EcoGene.org werden nur über EcoGene 3.0 erhältlich sein. EcoGene 2.0 wird über einen Link auf der EcoGene 3.0 Homepage für die, die es weiter nutzen möchten, verfügbar bleiben. EcoGene-RefSeq wurde zur Unterstützung des Nutzen der EcoGene-Graphik-Präsentationen und Tools mit anderen Genomen entwickelt. Aktuell sind 2074 vollständige Bakteriengenome aus dem NCBI-RefSeq-Projekt über EcoGene-RefSeq erreichbar. Querverweis-Mapping und Download wurde für den Nutzerzugang zu vielen zusätzlichen Zugangszahlen und anderen Gen-Identifers, wie z.B. Genname, Synonym entwickelt. GeneSets Venn-Diagramme, GeneSets wurden von Genen gesammelt, und in EcoTopics, EcoArray oder von Nutzern ausgestatteten Listen von Genen zusammengefasst. Venn-Diagramm ist eine interaktive Graphik-Präsentation von booleschen Suchvergleichen, die 1, 2 oder 3 Gen-Sätze verwenden. Weitere Informationen sind auf der EcoTools-Seite erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Natural Antisense Transcriptions (NATs), eine Art von regulatorischen RNAs, kommen häufig in Pflanzengenomen vor und spielen signifikante Rollen in physiologischen und/oder pathologischen Prozessen. PlantNATsDB (Plant Natural Antisense Transcripts DataBase) ist eine Plattform zum Kommentieren und Entdecken von NATs durch Integration verschiedener Datenquellen. PlantNATsDB liefert außerdem eine integrative, interaktive und informationsreiche graphische Weboberfläche, um multidimensionale Daten anzuzeigen, und erleichtert die pflanzenbiologische Forschung und die Entdeckung von funktionalen NATs. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ScerTF katalogisiert über 1200 Positions-Gewichtsmatrizen (PWMs) für 196 verschiedene Hefe-Transkriptionsfaktoren. Wir haben 11 Literaturquellen kuratiert, die veröffentlichten positionsspezifischen Scoring-Matrizen gegen In-vivo-TF-Besetzungsdaten und TF-Zerstörungs-Experimente bewertet und die genauesten Modelle kombiniert, um eine einzige Sammlung der am besten performenden Gewichtsmatrizen für Saccharomyces cerevisiae zu produzieren. ScerTF ist nützlich für eine Vielzahl von Problemen, wie die Verknüpfung regulatorischer Stellen mit Transkriptionsfaktoren, Identifizierung eines Transkriptionsfaktors auf einer Benutzereingabe-Matrix, das Auffinden der Gene von einem bestimmten TF gebunden bzw. reguliert und das Finden regulatorischer Wechselwirkungen zwischen Transkriptionsfaktoren. Geben Sie einen TF-Namen ein, um die empfohlene Matrix für einen bestimmten TF zu finden oder geben Sie eine Nukleotidsequenz ein, um alle TFs zu identifizieren, die an eine bestimmte Region binden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die CATMA-Datenbank ist öffentlich und frei zugänglich. Das Ziel des vollständigen Acker-Schmalwand(Arabidopsis)-Transkriptom-MicroArray (Complete Arabidopsis Transcriptome MicroArray; CATMA)-Projekts war das Design und die Produktion von hochqualitativen genspezifischen Sequenz-Tags (GSTs), die nahezu das komplette Arabidopsisgenom abdecken. Das GST-Repertoire wird von einer Vielzahl von Gruppen für die Produktion von DNA-Arrays für Transkript-Profiling-Experimente verwendet. CATMA-Microarrays bilden die Basis des CAGE-Projekts, welches auf die Konstruktion einer Genexpressions-Referenzdatenbank für Arabidopsis abzielt. Die CATMA-GSTs sind außerdem das Basismaterial für das AGRIKOLA-Projekt, welches sich mit großflächigem systematischem RNAi-Silencing von Arabidopsis-Genen befasst. CATMA ist eine Zusammenarbeit von Forschungsgruppen aus 8 europäischen Ländern. Alle CATMA-Mitglieder sind öffentliche Laboratorien, teilweise mit Verbindungen zu privaten Forschungsinstituten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Virus-Datenbank des University College London wurde als ein System für die Organisation von Open-reading-frame-Sequenzen der Tier-Viren entwickelt. Alle bekannten und vorhergesagten Proteinsequenzen von Genomen bestimmter Virusfamilien wurden aus GenBank extrahiert und gefiltert um 100% Redundanz zu entfernen. Auf der Basis von Sequenz-Ähnlichkeiten wurden die Sequenzen in Homologe Protein-Familien (HPFs) eingeteilt. Die Familien wurden mit Bemerkungen, einschließlich der Funktion und funktionalen Klassifizierung, ähnlicher Proteinstrukturen, Taxonomie, Länge der Proteine, Grenzen von konservierten Regionen, virusspezifischen Gennamen und Links zu EMBL-Einträgen und SWISSPROT angereichert. Es ist zudem möglich die prä-aligned konservierten Sequenzregionen oder komplette Proteinsequenzen als FASTA-Format-Dateien darstellen zu lassen. Suchen können unter Benutzung von Familiennummer, Virusname, Proteinfunktion, GenBank-Identifikationsnumer oder beliebigem Keyword durchgeführt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Panzea ist der bioinformatische Zweig des Projekts, welches die genetische Architektur von Mais und dessen Wildformen (NSF 0820619) erforscht. Das Projekt wird durch die National Science Foundation gefördert. Das Projekt beschreibt die genetische Architektur von komplexen Eigenschaften von Mais bzw. Zea. Wir werden Gene identifizieren, die für die Domestikation wichtige Eigenschaften und drei agronomische Schlüsseleigenschaften kontrollieren: Blutezeit, Pflanzenhöhe und Kornqualität. Wir werden die allelische Reihenfolge dieser Gene charakterisieren, ihre epistatischen und umweltlichen Interaktionen untersuchen und einen Schritt in Richtung dem letztendlichen Ziel der Vorhersage des Phänotyps aus dem Genotyp machen. Die genetischen, Keimgewebs- und bioinformatischen Ressourcen, die innerhalb des Projekts entstanden sind, warden Mais-Forschern weltweit helfen die genetische Basis jeder beliebigen Eigenschaft zu entdecken. Die Panzea-Webseite bietet einen Zugang zur Projekt-Datenbank und zum Bioinformatik-Modul. Die Panzea-Datenbank enthält genotypische und phänotypische Daten und genetische Marker-Informationen, die innerhalb des Projekts hergestellt wurden. Das Design der Datenbank basiert auf „Genomic Diversity and Phenotype Data Model“ (GDPDM). Das Datenbankschema und eine Excel-Datei mit Tabelle und Feldbeschreibungen sind auf dieser Webseite erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Rice Annotation Project (RAP) wurde nach Beendigung der Sequenzierung des Reis-Genoms 2004 mit dem Ziel entworfen, der wissenschaftlichen Gesellschaft eine akkurate und zeitnah erläuterte Reis-Genom-Sequenz zu liefern. Eine der Hauptaufgaben von RAP ist es, erläuternde Meetings nach jamboree-style auf einer geregelten Basis zu veranstalten, um die manuelle Pflege aller Genstrukturen und -funktionen zu erleichtern. Ein weiteres Ziel ist es, die umfassende Analyse der Sequenz basierend auf den Ergebnissen der Annotation und die Konstruktion einer öffentlichen Datenbank zu erleichtern. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
RadishBase ist eine Datenbank zu Genom und Genetik des Rettichs. Rettich (Raphanus sativus L., 2n = 2x = 18) gehört zur Familie Brassicaceae und ist eine ökonomisch wichtige Anbaupflanze, die weltweit konsumiert wird, nicht zuletzt auch in Ostasien. [Information des Anbieters, übersetzt]
Bei UniVIO, dem "Uniformed Viewer for Integrative Omics", handelt es sich um eine Datenbank, die eine integrierte Datensammlung zu Hormonom- und Transkriptom-Analysen in 14 Organen der Reis-Pflanze (Oryza sativa) bietet, und zwar zu Reis in reproduktivem Stadium sowie zu Gibberellin-bezogenen Mutanten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]