CATH is a hierarchical classification of protein domain structures, which clusters proteins at four major levels, Class(C), Architecture(A), Topology(T) and Homologous superfamily (H).Class, derived from secondary structure content, is assigned for more than 90% of protein structures automatically. Architecture, which describes the gross orientation of secondary structures, independent of connectivities, is currently assigned manually. The topology level clusters structures into fold groups according to their topological connections and numbers of secondary structures. The homologous superfamilies cluster proteins with highly similar structures and functions. The assignments of structures to fold groups and homologous superfamilies are made by sequence and structure comparisons. The boundaries and assignments for each protein domain are determined using a combination of automated and manual procedures. These include computational techniques, empirical and statistical evidence, literature review and expert analysis. ... [Information of the supplier]
Die Anfänge der DDBJ (DNA Data Bank of Japan) am National Institute of Genetics (NIG) reichen bis in das Jahr 1986 zurück. Seit Beginn fungiert DDBJ als eine der Internationalen DNA-Datenbanken, zu denen auch EBI in Europa und NCBI in den USA als die beiden anderen Mitglieder gehören. Folglich arbeiten wir mit diesen Datenbanken durch Austausch von Daten und Informationen sowie durch regelmäßig stattfindende Konferenzen zusammen. DDBJ ist die einzige DNA-Datenbank in Japan, die offiziell zum Sammeln von DNA-Sequenzen aus der Forschung und zum Ausgeben der international akzeptierten Accession Numbers zertifiziert ist. Wir sammeln primär Daten von japanischen Forschern, integrieren aber natürlich auch Daten von Forschern aus beliebigen anderen Ländern. Da wir die gesammelten Daten täglich mit EMBL/EBI und GenBank/NCBI abgleichen, weisen alle drei Datenbanken praktisch zu jeder Zeit denselben Datenbestand auf. Wir bieten weiterhin zahlreiche Tools für Recherche und Datenanalyse, die durch DDBJ und andere entwickelt worden sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Eine Datenbank ist ein Modell eines Teils der Welt. RegulonDB ist in diesem Sinn auf der einen Seite ein Modell der komplexen Regulation des Transkriptionstarts oder des regulatorischen Netzwerks der Zelle. Auf der anderen Seite ist es auch ein Modell der Organisation der Gene in Transkriptionseinheiten, Operons und einfache und komplexe Regulons. In diesem Sinn ist RegulonDB ein Computermodell der Mechanismen der Regulation der Transkription. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cyanobacteria carry a complete set of genes for oxygenic photosynthesis, which is the most fundamental life process on the earth. This organism is also interesting from an evolutional viewpoint, for it was born in a very ancient age and has survived in various environments. Chloroplast is believed to have evolved from cyanobacterial ancestors which developed an endosymbiontic relationship with a eukaryotic host cell. CyanoBase provides an easy way of accessing the sequences and all-inclusive annotation data on the structures of the cyanobacterial genomes. ... [Information of the supplier]
Saccharomyces Genome Database ist eine wissenschaftliche Datenbank über molekulare Biologie und Genetik der Hefe Saccharomyces cerevisiae (Bäckerhefe). (...) SGD enthält Sequenzen von Hefe-Genen und -Proteinen, Beschreibungen und Klassifikationen ihrer biologischen Bedeutungen, molekularer Funktionen und ihrer subzellularen Lokalisierung; außerdem bietet sie Links zu Publikationen, Links zu Datensätzen bezüglich Genomfunktionen und Tools zur Analyse und zum Vergleich von Sequenzen. Die SGD-Homepage ist der Haupteinstiegspunkt zur Datenbank. SGD ist für den Gebrauch durch Wissenschaftler bestimmt; Informationen über Hefen für Laien sind in der Yeast Virtual Library zu finden. SGD sammelt keine medizinischen Informationen, und die SGD-Kuratoren können keine Fragen zu Gesundheitsthemen beantworten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
FlyBase ist eine Datenbank genetischer und molekularer Daten von Drosophila. Flybase enthält Daten von allen Arten der Familie Drosophilidae. [Information des Anbieters, übersetzt]
ProDom is a comprehensive database of protein domain families generated from the global comparison of all available protein sequences. Recent improvements include the use of three-dimensional (3D) information from the SCOP database; a completely redesigned web interface; visualization of ProDom domains on 3D structures; coupling of ProDom analysis with the Geno3D homology modelling server; Bayesian inference of evolutionary scenarios for ProDom families. In addition, we have developed ProDom-SG, a ProDom-based server dedicated to the selection of candidate proteins for structural genomics. ... [Information of the supplier]
Codon Usage Database ist eine erweiterte WWW-Version von CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank). Die Datenbank ermöglicht Recherchen zur Häufigkeit von Codonen in verschiedenen Organismen. Datenbestand (Stand Januar 2007): 32.775 Organismen, 2.298.913 vollständige Protein-kodierende Genes (CDS's). Benutzung: Eine Suchmaske erlaubt die Abfrage von Tabellen zur Codon-Häufigkeit für Organismen; für die Suche können wissenschaftliche Namen oder Teile davon verwendet werden. ... [Information des Anbieters]
The HIV databases contain data on HIV genetic sequences, immunological epitopes, drug resistance-associated mutations, and vaccine trials. The website also gives access to a large number of tools that can be used to analyze these data. This project is funded by the Division of AIDS of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), a part of the National Institutes of Health (NIH). ... [Information of the supplier]