ccPDB (Erfassung und Gestaltung von Datensätzen aus PDB) wurde geschaffen, um Hilfe für die wissenschaftliche Öffentlichkeit zu bieten, die im Bereich der Funktions- oder Strukturanalyse von Proteinen arbeitet. Diese Datensammlung an Datensätzen basiert auf der Protein Data Bank (PDB), wo alle Datensätze von der PDB bezogen werden. ccPDB besitzt 4 Module: i) Erfassung von Datensätzen, ii) Erzeugunmg von Datensätzen, iii) Web Services und iv) wichtige Links. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Datenbank charakterisierter Proteine, CharProtDB, wurde angelegt und entwickelt als von Experten gepflegte Quelle über experimentell charakterisierte Proteine, welche in der veröffentlichten Literatur beschrieben wurden. Für jeden Proteineintrag in CharProtDB wird die Archivierung verschiedener Datentypen unterstützt. Dies beinhaltet funktionelle Anmerkungen (verschiedene Beispiele für Proteinnamen und Gensymbole), taxonomische Klassifizierung, Literaturverknüpfungen, spezifische Genontologiebegriffe und Beweisschlüssel, Enzymkommissions- Transportklassifizierungszahlen und Proteinsequenz. Darüber hinaus ist jeder Proteineintrag verbunden mit Verweisen zu allen öffentlichen Zugängen großer Proteindatenbanken als “synonyme Zugänge“. Jeder der oben genannten Datentypen kann zu so vielen Literaturreferenzen wie möglich verlinkt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Dieser Server widmet sich der Analyse von Protein- und Nukleinsäuresequenzen, die zur Superfamilie der alpha-/beta-Hydrolasen gehören, die homolog zu den Cholinesterasen sind. Keine andere Datenbank hält alle alpha/beta Hydrolase-Faltungsproteine zusammen: Interpro, Prosite und Pfam haben einige Einträge für Untermengen dieser strukturellen Superfamilie. Eine Tabelle „Synthese” zeigt die Korespondenz zwischen diesen Datenbankeinträgen und den Superfamilien in ESTHER. Die ESTHER-Tabelle ist momentan etwas zu groß um hilfreich zu sein. Jeder Ordner enthält eine der 31010 nicht-redundanten Proteine/Gene. Die Tabellen, die in der Familientabelle zusammengefasst sind, die Synthesen-Tabelle oder die Struktur-Tabelle werden möglicherweise hilfreicher sein. Die Gen-Lokus-Nomenklatur für diese nicht-redundanten Einträge ist ein Name mit 5 Buchstaben für die Organismen (3 für Gattungen, 2 für die Art, außer wenn ein allgemeiner 5-buchstabiger Name existiert; z.B. ratno für Rattus norvegicus und Mensch für Mann.) Dies erlaubt uns, nahe an der Swiss-Prot-Nomenklatur zu bleiben. Die letzten Eigenschaften definieren das Protein; z.B. menschliche AChE stellt die menschliche Acetylcholinesterase dar. ... [Information des Anbieters, übersetzt]