NEMBASE ist eine Quelle für Transkriptionsanalysen von Nematoden (Fadenwürmer) und ein Forschungstool für die Nematodenbiologie, für die Ermittlung von Wirkstoffen und die Medikamentenentwicklung [Information des Anbieters, übersetzt]
H-DBAS ist eine einzigartige Datenbank für Alternatives Splicen (AS) basierend auf H-InvDB. Die Besonderheiten der Datenbank sind wie folgt: 1) repräsentative AS-Varianten (RASVs) wurden durch 8 Datensätze identifiziert, die 6 Säugetier-Modellorganismen (Mensch, Maus, Ratte, Schimpanse, Makak und Hund) beinhalten. Splice-Sites und Splice-Motive durch SNPs können an menschlicher mRNA beobachtet werden. Die Inhalte der Datensätze und der dazugehörenden Arten sind wie folgt: Komplette cDNA-Datensätze, mRNA-Datensätze und RNA-Datensätze 2) gleich splicende Varianten (ESVs) durch RASVs zwischen Mensch und Maus, Ratte, Schimpanse, Makak und Hund unter Benutzung von vergleichender Genomik 3) Splice-Stellen und Splicemotive durch SNPs können in Menschen beobachtet werden 4) RASVs, die Proteinfunktionen beeinflussen (Proteinmotiv, GO, subzelluläres Lokalisationssignal und Transmembrandomäne) können in Menschen beobachtet werden 5) AS-Junctions aus spezifischen zellulären Fraktionen (Zytoplasma, Kern, und Polysomen) von menschlichen Zellen wurden durch RNA-Seq Tags bestimmt. Die Translationsvalidation der Varianten, die AS-Junctions haben, wurden durch Vergleiche mit RefSeq-Junctions analysiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Tiger Genome Project (TGP) ist ein internationales, offenes Projekt für die Sequenzierung und Analyse des Tigergenoms. Das offene Projekt ist ein öffentlicher Dienst, der durch die Non-Profit-Organisation Genome Research Foundation (GRF) und TheragenEtex Inc. ins Leben gerufen wurde. Das Ziel des Projekts ist es die Informationen zum Tigergenom zu sichern, da der Tiger durch die koreanische Regierung auf die Stufe 1 der gefährdeten Tierarten gesetzt wurde. GRF strebt die Erforschung des gesamten Genoms des Amurtigers (Panthera tigris altaica; Koreanischer oder Sibirischer Tiger) durch Sequenzierung und Analyse an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Bgee ist eine Datenbank für das Abrufen und den Vergleich der Genexpressionsmuster zwischen Tierarten. Bgee bildet zuerst heterogene Expressionsdaten zur Anatomie und Entwicklung von verschiedenen Arten ab (aktuell Expressed Sequence Tags (EST), Affymetrix und in-situ-Hybridisierungsdaten). Anschließend wurden Homologiebeziehungen zwischen Anatomien, und Vergleichskriterien zwischen Entwicklungsstadien entwickelt, um automatisierte Vergleiche über die Artgrenzen hinaus durchführen zu können. Auf die Daten kann durch Ontologie-Browsing, Textsuche, Expressionssuche oder erweiterte Expressionssuche zugegriffen werden. Genexpressionsmuster können durch das Auswählen einer beliebigen Genfamilie (z.B. ENSFM00500000270089) verglichen werden. Die gesamten Inhalte der Bgee Expressionsdatenbank, der Ontologien, der Homologieverknüpfungen zwischen anatomischen Ontologien und die Beziehungen zwischen Entwicklungsontologien sind alle im Download-Bereich erhältlich. Weitere Information ist in der Dokumentation bereitgestellt. Alle Datenquellen, die in Bgee benutzt wurden, sind auf der Datenquellen-Seite aufgelistet. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
In Tieren regulieren RNA-Bindungsproteine (RBP) und mikroRNA (miRNA) die Expression von förmlich allen Genen post-transkriptional durch die Bindung von RNA. Aktuelle Fortschritte in experimentellen und kombinatorischen Methoden ermöglichen das transkriptom-weite Abbilden von diesen Interaktionen. Es wird vermutet, dass die kombinatorischen Aktivitäten von RBPs und miRNAs auf Target-mRNA einen post-transkriptionalen Code bilden. Wir stellen Ihnen eine Datenbank zur Verfügung, die die Suche nach der Entschlüsselung dieses regulatorischen Codes unterstützt. Innerhalb DoRiNA kuratieren, speichern und integrieren wir systematisch Daten zu Bindungsstellen für RBPs und miRNAs. Nutzer können einen auf ein bestimmtes Ziel (mRNA) oder einen Regulator (RBP und/oder miRNA) fokussierten Blick frei wählen. Wir haben einen Datenbankrahmen mit kurzen Suchzeiten für komplexe Suchbedingungen geschaffen (z.B. die Frage nach allen Targets einer bestimmten Kombination von Regulatoren). Alle Suchresultate können in Kombination mit einer riesigen Auswahl an anderen genom-weiten Daten durchsucht, inspiziert und analysiert werden, da unsere Datenbank direkt mit einer lokalen Kopie des UCSC-Genom-Browsers verbunden ist. Zur Zeit umfasst DoRiNA RBP-Daten von Mensch-, Maus- und Wurmgenom. [Quelle: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/11/15/nar.gkr1007.full, übersetzt] ... [Sonstige Quelle laut Angabe]
Dr.VIS sammelt und lokalisiert mit humanen Krankheiten verknüpfte virale Integrationsstellen. Bis jetzt sind ca. 600 Stellen erhältlich, die 5 Virusorganismen und 11 menschliche Krankheiten abdecken. Integrationsstellen in Dr. VIS sind gegen Chromosomen-, Cytoband-, Gen- und Refseq-Positionen, so spezifisch wie möglich, lokalisiert worden. Viral-zelluläre Junction-Sequenzen wurden aus Papern und Nukleotid-Datenbanken extrahiert, und sind mit korrespondierenden Integrationsstellen verknüpft. Graphische Bilder, die die Verteilung von viralen Integrationsstellen zusammenfassen, sind mit Hilfe von Chromosomenkarten erzeugt worden. Es steht Ihnen frei sich umzusehen und Daten von Dr. VIS zu downloaden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cancer GEnome Mine ist eine öffentliche Datenbank zur Speicherung von klinischen Daten zu Tumorproben und Microarray-Daten, sowie relevanten Metadaten der Messungen und Proben mit Schwerpunkt auf vergleichende genomische Hybridisierung (aCGH) und Data-Mining von Genkopienzahlveränderungen. CanGEM unterstützt den MIAME-Standard und speichert, wenn möglich, klinische Informationen, die standartisiertes, sowie kontrolliertes Vokabular verwenden. Microarray-Proben werden weiterhin mit ihren physikalischen Koordinaten im menschlichen Genom annotiert, und es werden aCGH-Daten zum Erhalt von genspezifischen Kopienzahlen analysiert. Nutzer können eigene Datensätze durch die Suche nach spezifischen klinischen Proben oder Kopienzahländerungen von individuellen Genen anlegen. Abweichungshäufigkeiten für diese Datensätze können kalkuliert werden, und die Daten können auf der Genomkarte des menschlichen Genoms mit Genannotationen visualisiert werden. Außerdem sind die originalen Datenordner für eine detailiertere Analyse erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
GWAS Central (vorher: Human Genome Variation Datenbank of Genotype-to-Phenotype Information) ist eine Datenbank von zusammengefassten Ergebnissen aus genetischen Assoziationsstudien. Wir sammeln aktiv Datensätze von Public-Domain-Projekten, und ermutigen zu einer direkten Dateneinsendung durch die Forschercommunity. GWAS Central wurde über einem einfachen Layer von Markern, die alle bekannten SNPs und andere Varianten von öffentlichen Datenbanken, wie dbSNP und DBGV umfassen. Allel- und Genotyphäufigkeitsdaten, sowie genetische Assiziationssignifikanzfunde wurden am Anfang der Marker-Daten hinzugefügt und in gleicher Weise organisiert, sodass Recherchen in typischen Journalmanuskripten berichtet werden. Kritisch ist, dass keine individuellen Genotypen oder Phänotypen in der GWAS Central-Datenbank präsentiert werden, sondern nur in Gruppen zusammengefasste Daten. Die größte Einheit des Datenangebots ist eine Studie, die als gleichwertig mit einem Journal-Artikel angesehen werden kann. Diese kann ein oder mehrere Experimente, eine oder mehrere Proben-Panels der Testobjekte und eine oder mehrere Phänotypen enthalten. Proben-Panels können im Sinne von verschiedenen Phänotypen charakterisiert werden und sie können zudem kombiniert und/oder in „Assayed Panels“ geteilt werden. Die Assayed Panels werden als eine Basis für die Auswertung von Allel-/Genotyp-Häufigkeiten (in Genotype Experiments), und/oder von genetischen Assoziationsfunden (in ‘Analysis Experiments’). Verwendet. Umweltfaktoren werden als Teil der Sample Panel- and Assayed Panel-Datenstrukturen gehandhabt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Diese Seite enthält alle Daten unserer laufenden proteomischen Analysen des menschlichen Zellkerns, welche als eine Zusammenarbeit zwischen den Lamond- und Mann-Laboren (in Dänemark und in München) erfolgt. Durch Nutzung von hoch sensitiver Massen Spektroskopie und stringenten Kriterien haben wir bis jetzt ca. 700 menschliche, nukleare Proteine identifiziert. Kürzlich haben wir eine quantitative proteomische Annäherung für die zeitliche Charakterisierung des Proteinflusses durch den Kern genutzt, um die Kinetik von bis zu 489 nuklearen Proteinen nach verschiedensten Stoffbehandlungen zu ermitteln und zu demonstrieren, dass es kein einheitliches komplettes Proteom für den Nukleus gibt, aber ein überlappendes Set von Proteomen, die relevant sind, um den Zellstatus oder Zellzustand zu unterscheiden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
