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Datenbank-Führer
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TIGRFAMs ist eine Datensammlung zu Protein-Familien mit Daten zu Hidden Markov Models (HMMs), zu Multiple Sequence Alignments, sowie mit Kommentaren und Querbezügen zu Literaturquellen und thematisch verwandten Datenbanken und Modellen. [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
www.jcvi.org/cgi-bin/tigrfams/index.cgi
TCDB ist eine betreute Datenbank mit Fakten aus mehr als 10.000 veröffentlichten Referenzen. Die Datenbank enthält über 3.000 Protein-Sequenzen; sie wendet ein umfassendes, durch IUBMB akkreditiertes Klassifikationssystem für Membranproteine an, bekannt als "Transporter Classification (TC) system". Das ... [Information des Anbieters, übersetzt]
www.tcdb.org/
Sie köennen SMART in zwei verschiedenen Modi verwenden: "normal" oder "genomic". Der Hauptunterschied liegt in den jeweils zugrunde liegenden Protein-Datenbanken. In "Normal SMART" umfaßt die Datenbasis Swiss-Prot, SP-TrEMBL und stabile Ensembl-Proteome. In "Genomic SMART" werden nur die Proteome von ... [Information des Anbieters, übersetzt]
smart.embl-heidelberg.de/
JASPAR ist eine Datensammlung zu Transkriptionsfaktoren und ihren DNA-Bindungen, modelliert in Form von Matrizes. Diese können in Position Weight Matrices (PWMs or PSSMs) konvertiert werden, wie sie für das Scannen von Genomsequenzen verwendet werden. JASPAR ist die einzige Datenbank zu diesem Themengebi... [Information des Anbieters, übersetzt]
jaspar.genereg.net/
Antimikrobielle Peptide, auch als "Host Defense Peptides“ oder" alarmins " bezeichnet, wurden in fast allen Lebewesen, in Bakterien, Pilzen, Pflanzen, Insekten, Amphibien, bis hin zu Säugetieren und dem Menschen nachgewiesen. Als zentrale Komponente der angeborenen Immunität beseitigen diese alten ... [Information des Anbieters, übersetzt]
aps.unmc.edu/AP/main.php
Auf Massenspektrometrie basierende Proteomik ist zu einer mächtigen Technologie für die Erforschung der Protein-Zusammensetzung von Organellen, Zelltypen und Geweben geworden. In unserem Department läuft ein umfassendes Programm zum Mapping dieser Proteome, welches durch die Max-Planck Unified (MAPU) ... [Information des Anbieters, übersetzt]
www.mapuproteome.com/
MfunGD bietet eine Datensammlung zu annotierten Proteinen der Maus und zu deren Auftreten in Protein-Netzwerken. Die Annotation von Protein-Funktionen erfolgt unter Verwendung des "Functional Catalogue (FunCat) Annotation Scheme", welches ein hierarchisch strukturiertes Klassifikationssystem darstellt . [Information des Anbieters, übersetzt]
mips.helmholtz-muenchen.de/genre/proj/mfungd/
Peptidome ist ein offen zugänglicher Datenspeicher, der Tandem-Massenspektrometrie-Daten von Proteinen und Peptiden speichert und frei zur Verfügung stellt. Die Daten stammen von wissenschaftlichen Forschungsgruppen. Die Daten werden auf verschiedenen Ebenen dargestellt, um die Experimente und Analysen ... [Information des Anbieters, übersetzt]
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/peptidome/
Die Generierung von syntaktisch korrekten und eindeutigen Namen für Proteine ist eine große Herausforderung im Kontext von funktionalen Annotations-Vorgängen. Häufig werden neue Proteine aufgrund einer Homologie zu bereits bekannten Proteinen benannt, wobei letztere oftmals selbst problematische Namen ... [Information des Anbieters, übersetzt]
www.jcvi.org/pn-utility/
ApoHoloDB (auch AH-DB oder Apo and Holo structures DataBase) sammelt Apo- und Holostruktur-Paare von Proteinen. Für verschiedene Proteinfunktionen wurde gezeigt, dass Übergänge ihrer Konformationen durch das Eingehen von Bindungen mit anderen Molekülen ausgelöst werden. Dabei wird die Tertiärstruktur, ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
ahdb.ee.ncku.edu.tw/
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