Die Human Metabolome Database (HMDB) ist eine frei verfügbare elektronische Datenbank für Detailinformationen zu niedermolekularen Metaboliten, die im menschlichen Körper vorkommen. Die beabsichtigten Verwendungsbereiche liegen bei Metabolomics, Klinischer Chemie, Biomarker-Identifizierung und in der Ausbildung. Die Datenbankstruktur ist darauf angelegt, drei Arten von Daten zu speichern bzw. zu verlinken: 1) chemische Daten, 2) klinische Daten und 3) molekularbiologische/biochemische Daten. Zur Zeit enthält die Datenbank fast 2500 Einträge zu Metaboliten; sowohl wasserlösliche als auch fettlösliche Metabolite, und sowohl in größerer Menge auftretende (> 1 uM) als auch seltenere Metabolite (< 1 nM) werden berücksichtigt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
The human genome seems to encode for not more than 30,000 to 40,000 proteins. A major challenge is to understand how posttranslational events, such as glycosylation, affect the activities and functions of these proteins in health and disease. The importance of protein glycosylation is becoming widely realized through studies on protein folding, protein localization and trafficking, protein solubility, biological half-life as well as studies on cell-cell interactions. The progressing Glycomics projects will dramatically accelerate the understanding of the roles of carbohydrates in cell communication and lead to novel therapeutic approaches for treatment of human disease. The MIT's magazine of innovation (January 21 2003) has identified Glycomics as one of the top ten technologies that will change the future. To support the upcoming Glycomics projects we [German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg] focus our research activities on the development of bioinformatic tools and databases for glycobiology. ... [Information of the supplier]
Die Website stellt die offizielle Datenbank der Japanischen Konferenz über die Biochemie von Lipiden (JCBL) dar. Die "LipidBank" für das Internet ist demnach eine offene, frei zugängliche Datenbank der natürlichen Lipde inklusive der Fettsäuren, Glycerolipide, Sphingolipide, Steroide und der verschiedensten Vitamine. Die Datenbank enthält mehr als 6000 einzigartige molekulare Strukturen (im ChemDraw cdx oder MDL MOL Format), ihre Lipid Namen (gebräuchlicher Name, IUPAC-Name), Informationen über deren Spektren (Massen-, UV-, IR-, NMR- und weitere Spektren) sowie wichtige Literaturangaben. Die Datenbank enthält ausschließlich natürliche Lipide und wird manuell erstellt sowie redaktionell von Experten in dem Gebiet der Lipidforschung betreut. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die an der Universität Hamburg gehostete Webpräsenz bietet einen Zugang zum Sammelwerk Landolt-Börnstein in Form eines als Datenbank gestalteten Inhaltsverzeichnisses. Auf die beim Springer-Verlag elektronisch erhältlichen Volltexte wird verlinkt; der Zugang zu den Volltexten setzt eine entsprechende Lizenz voraus. Auch ohne lizenzierten Zugriff auf die Volltexte aus Landolt-Börnstein können umfassende Informationen zu chemischen Stoffen und ihren Eigenschaften abgerufen werden. Insgesamt werden 160.000 organische und anorganische Stoffe hinsichtlich Namen, Molekülstruktur, Chemical Abstracts-Nummer und anderen Identifiern dargestellt. Für viele Stoffe werden Crosslinks zu Derivaten angezeigt. ... [Redaktion vifabio]
MassBank ist das erste öffentlich zugängliche Repositorium für massenspektrometrische Daten, welches zugleich den Austausch solcher Daten innerhalb der Scientific Community ermöglicht. Die Daten in MassBank sind nützlich zur chemischen Identifizierung und zur strukturellen Aufklärung von chemischen Verbindungen, die mittels Massenspektrometrie untersucht wurden. Die Webpräsenz bietet zahlreiche Elemente, darunter eine verteilte Datenbank und hochgradig präzise Massenspektren von biologischen Stoffwechselprodukten. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Menschen empfinden zahlreiche chemische Verbindungen als bitter. Die Bitterheit eines Stoffes weist oft auf seine mögliche Giftigkeit und die Abneigung gegen Bitteres hilft, Giftiges nicht zu sich zu nehmen. Ein gut bekanntes Beispiel ist Strychnin. Einige andere bittere Stoffe, wie Koffein, sind genießbar und werden in großen Mengen konsumiert, während sie in hohen Dosen giftig sind. Die Zahl der bitteren Moleküle wird in die Tausende geschätzt. Aber was sind diese Verbindungen? Wie ähnlich oder verschieden sind ihre chemischen Eigenschaften? Agieren sie an den selben oder unterschiedlichen Rezeptoren? Ist es möglich, die Bitterheit eines Moleküls vorherzusagen? Um die Erforschung dieser verblüffenden Fragen zu ermöglichen, haben wir BitterDB gegründet, eine freie und duchsuchbare Datenbank von bitteren Stoffen. BitterDB enthält aktuell über 550 bittere Moleküle, aus der Literatur sowie dem Merck Index, und ihre zugehörigen 25 menschlichen Bittergeschmacksrezeptoren (ht2R). BitterDB bietet verschiedene Möglichkeiten, die bittere Welt zu untersuchen: Die Suche nach bitteren Verbindungen nach verschiedenen Kriterien und die Suche nach bitteren Molekülen mit ähnlicher Struktur zur angefragten Verbindung, BLAST von Bitterrezeptoren und mehr. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
hiPathDB stellt 2 verschiedene Typen von Integration/Verknüpfung zur Verfügung. Die Verknüpfung auf Pathway-Ebene (Stoffwechselebene) ist eine einfache Sammlung von verschiedenen Pathways, so wie sie in der ursprünglichen Datenbank beschrieben wurden. Wir entwickelten ein gen-zentriertes Pathwaymodel, das verschiedene Eigenschaften von vier Datenbanken wiederspiegelt. Die allumfassende Integration erstellt einen Super-Pathway, der alle Pathways miteinander verknüpft, indem er redundante Komponente vereinigt. Auch wenn detaillierte molekulare Informationen, wie die Komplexbildung oder die Modifikation in einzelnen Fällen verloren gehen können, bietet der vereinigte Superpathway einen Überblick über das aktuelle Wissen von menschlichen Pathways, besonders in Bezug auf das Verständnis von Beziehungen zwischen verschiedenen Pathways. Eine andere starke Leistung von hiPathDB ist das eingebaute Pathway-Visualisierungs–Modul, um wissenschaftliche Studien zu komplexen Netzwerken auf interaktivem Wege zu unterstützen. Der kraftgerichtete Layout-Algorithmus ist für fast alle automatischen Visualisierungen von Pathways optimiert. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MMMDB 1.2 ist eine frei erhältliche metabolische Datenbank, die eine Sammlung von in verschiedenen Geweben einzelner Mäuse gemessenen Metaboliten enthält. Die Datensätze wurden unter Benutzung eines einzigen Instruments gesammelt, und es fließen keine Informationen aus externen Literaturquellen ein. Diese Tatsache ist für das Erfassen eines ganzheitlichen Überblicks großer metabolischer Stoffwechselwege von besonderer Bedeutung. Momentan werden Daten von folgenden Geweben in der Datenbank bereitgestellt: Großhirn, Kleinhirn, Thymus, Milz, Lunge, Leber, Niere, Herz, Pankreas, Hoden und Plasma. Nicht-gerichtete Analysen wurden durch Kapillarelektrophorese-Laufzeit-Massenspektroskopie (CE-TOFMS) durchgeführt, deshalb wurden sowohl identifizierte Metabolite als auch unbekannte Peaks (ohne passenden Standard) zur vorliegenden Datenbank hinzugefügt. Es werden nicht nur quantifizierte Konzentrationen, sondern auch rohe Daten, wie Elektropherogramme, Massen-Spektroskopie-Ergebnisse und Kommentare (wie Isotop und Fragment) für die Nutzer der Datenbank bereitgestellt. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MeRy-B ist eine Pflanzenmetabolom-Plattform, die es ihren Nutzern erlaubt, metabolische NMR-Profile von Pflanzen abzulegen und zu visualisieren. MeRy-B ist eine web-basierende Applikation mit öffentlichem und privatem Zugang. Sie wurde entwickelt, um das Wissen von kuratierten Pflanzenprofilen und Metaboliten unter Einbeziehung von NMR zu erweitern, die Daten abzufragen und zu visualisieren, Biomarker mittels Visualisierung der Spektren und statistischer Werkzeuge zu detektieren und bei der Biomarker-Identifikation zu assistieren. Die Plattform enthält Pflanzenmetaboliten und Listen unbekannter Stoffe mit Information über experimentelle Bedingungen und Metabolitkonzentrationen von verschiedenen Pflanzenarten, welche aus Tausenden von kuratierten und kommentierten NMR-Profilen vieler Organe oder Gewebe zusammengetragen wurden. Um Daten hochladen zu können, kontaktieren Sie bitte den Administrator. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
UniPathway ist eine manuell gepflegte Ressource zu enzymkatalysierten und spontanen chemischen Reaktionen. Sie liefert hierarchische Repräsentationen von metabolischen Stoffwechselwegen und ein kontrolliertes Vokabular für Pathway-Erläuterungen in UniProtKB. UniPathway-Daten sind verknüpft mit schon existierenden metabolischen Ressourcen wie zum Beispiel ChEBI/Rhea, KEGG and MetaCyc. ... [Information des Anbieters, übersetzt]