Integrative und konjugative Elemente (ICEs) sind eine vielfältige Gruppe von mobilen genetischen Elementen, welche in Gram-positiven und Gram-negativen Bakterien gefunden wurden. ICEs sind selbst-übertragbare Elemente, die ein vollständiges Komplement für die Maschinerie zur Konjugation sowie aufwendige regulatorische Systeme für die Kontrolle des Ausschneidens aus dem Chromosom und den anschließenden, konjugativen Transfer beinhalten (Wozniak und Waldor, 2010; Burrus,2004). Diese multi-talentierten Einheit treibt ihre eigene Mobilisierung und potenziell auch die anderer „trampender“ genetischer Elemente voran und bewirkt einen horizontalen Gentransfer von virulenten Determinanten, Antibiotischen Resistenzgenen und anderen bakterieller Eigenschaften (Hastings. et al., 2004). ICEs werden mit steigenden Zahlen identifiziert, da Datenbanken mit sequenzierten Genomen exponentiell wachsen (Wozniak, et al., 2010; Ryan, et al., 2009; te Poele, et al., 2008; Burrus et al., 2002). Gegenwärtig sind nur wenige zur ICE-Familie klassifiziert worden, darunter als das am besten charakterisierte Element die SXT/R391-Famile von Vibrio cholerae, zum Beispiel SXT von Vibrio cholerae O139 MO10. Darüber hinaus wurden verschiedene Elemente, welche mehr als ein Jahrzehnt zuvor entdeckt wurden und vorher als Plasmid oder konjugative Transposons klassifiziert wurden, wie pSAM2 und Tn916, nun als ICEs definiert. ICEs bieten typischerweise eine Zahl an Eigenschaften, die interessant für die Forscher auf den Gebieten der prokariotischen Evolution, Pathogenese, Biotechnologie und Stoffwechselprozesse sind. Diese beinhalten ein hohes Niveau an funktioneller Diversität, fremdartiger und häufig geflickter Replikationsursprüngen sowie in geringem Umfang experimentelle Daten über dieses Gebilde. Wir sortieren die verfügbaren experimentellen und bioinformatischen Untersuchungsdaten und Literatur über bekannte und mutmaßliche ICEs in Bakterien in eine PostgreSQL-basierte Datenbank, genannt ICEberg. Wie der Name andeutet, erwarten wir, dass ICEberg weiter von seiner gegenwärtig sichtbaren, winzigen Spitze, welche das aktuelle Wissen über ICEs darstellt, zu einer sehr substantiellen Datenbank wächst, wo immer mehr dieser Objekte bestätigt werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
EcoGene 3.0 a ist ein neues Web-Interface für EcoGene.org, welches unter Benutzung von Drupal Open-Source Website-Software gestaltet wurde. EcoGene 2.0 und EcoGene präsentieren beide Daten aus unserer täglich aktualisierten relationalen MySql-Datenbank. Manche der Bereiche und Inhalte von EcoGene.org werden nur über EcoGene 3.0 erhältlich sein. EcoGene 2.0 wird über einen Link auf der EcoGene 3.0 Homepage für die, die es weiter nutzen möchten, verfügbar bleiben. EcoGene-RefSeq wurde zur Unterstützung des Nutzen der EcoGene-Graphik-Präsentationen und Tools mit anderen Genomen entwickelt. Aktuell sind 2074 vollständige Bakteriengenome aus dem NCBI-RefSeq-Projekt über EcoGene-RefSeq erreichbar. Querverweis-Mapping und Download wurde für den Nutzerzugang zu vielen zusätzlichen Zugangszahlen und anderen Gen-Identifers, wie z.B. Genname, Synonym entwickelt. GeneSets Venn-Diagramme, GeneSets wurden von Genen gesammelt, und in EcoTopics, EcoArray oder von Nutzern ausgestatteten Listen von Genen zusammengefasst. Venn-Diagramm ist eine interaktive Graphik-Präsentation von booleschen Suchvergleichen, die 1, 2 oder 3 Gen-Sätze verwenden. Weitere Informationen sind auf der EcoTools-Seite erhältlich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Eine Datenbank ist ein Modell eines Teils der Welt. RegulonDB ist in diesem Sinn auf der einen Seite ein Modell der komplexen Regulation des Transkriptionstarts oder des regulatorischen Netzwerks der Zelle. Auf der anderen Seite ist es auch ein Modell der Organisation der Gene in Transkriptionseinheiten, Operons und einfache und komplexe Regulons. In diesem Sinn ist RegulonDB ein Computermodell der Mechanismen der Regulation der Transkription. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Cyanobacteria carry a complete set of genes for oxygenic photosynthesis, which is the most fundamental life process on the earth. This organism is also interesting from an evolutional viewpoint, for it was born in a very ancient age and has survived in various environments. Chloroplast is believed to have evolved from cyanobacterial ancestors which developed an endosymbiontic relationship with a eukaryotic host cell. CyanoBase provides an easy way of accessing the sequences and all-inclusive annotation data on the structures of the cyanobacterial genomes. ... [Information of the supplier]
CyBib is a bibliographic database exclusively for scientific literature about cyanobacteria (blue-green algae). The entire database has been parked on the Internet to provide a resource for researchers and students involved with cyanobacteria. CyBib v5 is the seventh generation of the database to be presented on the Internet. It contains nearly 25,000 references. These references were collected in large part by Jeff Elhai, known for his Internet outreach work as the founder, editor, and publisher of CyanoNews. The other contributors are too numerous to name. ... [Information of the supplier]
DOLOP provides information for several hundred lipoproteins with relevant links to molecular details. Features include functional classification, predictive algorithm for query sequences, primary sequence analysis and lists of predicted lipoproteins ... [Information of the supplier, modified]
The Ribosomal Database Project (RDP) provides ribosome related data services to the scientific community, including online data analysis, rRNA derived phylogenetic trees, and aligned and annotated rRNA sequences. [Information of the supplier]
PlasmoDB ist eine Genom-Datenbank für die Gattung Plasmodium, eine Gruppe von einzelligen, eukaryotischen Pathogenen, die in Menschen und Tieren Krankheiten einschließlich Malaria hervorrufen. [Information des Anbieters, übersetzt]
Das Ziel der HOM-Datenbamk ist es, der Forschergemeinschaft verständliche Information zum Thema der ca. 600 Prokaryonten, deren Lebensraum die menschliche Mundhöle ist, zugänglich zu machen. Die Mehrzahl der Arten werden weder in einem Labor kultiviert, noch wurden sie benannt, und sie werden lediglich auf Grund ihrer 16S rRNA-Sequenzen identifiziert. Die HOMD arbeitet mit einem provisorischen Namensgebungsschema, um die bislang unbenannten Arten einheitlich zu identifizieren und Stammkulturen, Klone und Probendaten aus einem beliebigen Labor direkt und unverwechslebar mit einem Namen verbinden zu können. Die HOMD verbindet Sequenzdaten mit phänotypischen, phylogenetischen, klinischen und bibliografischen Informationen. Genomsequenzen von Bakterien, deren Lebensraum vollständig oder auch nur teilweise in der menschlichen Mundhöle liegt, und die folglich auf dem Interessengebiet dieses Forschungsvorhabens und das des Human Microbiome Project liegt, werden nach ihrer Veröffentlichung schnellstmöglich in die HOMD aufgenommen. Die HOMD bietet einfach zu bedienende Werkzeuge, um die Genome der öffentlich zugänglichen Bakterien zu betrachten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die Datenbank der bakteriellen Ökotoxine für Menschen ist eine Datenbank der Sequenzen, Strukturen, Interaktionsnetzwerke und analytischen Resultate von 229 Ökotoxinen, welche von 26 verschiedenen Bakteriengattungen hergestellt werden und für den Menschen pathogen sind. Alle Toxine sind in 24 verschiedene Toxin-Klassen unterteilt. Das Ziel von DBETH ist es eine vergleichende Datenbank für humanpathogen wirkende bakterielle Ökotoxine bereitzustellen. DBETH bietet Ihnen außerdem eine Plattform zur Identifizierung potentieller Ökotoxine wie Sequenzen durch Homologie-basierende, sowie nicht-homolog-basierende Methoden. Beim homologie-basierenden Zugang kann der Nutzer potentielle Ökotoxin-ähnliche Sequenzen identifizieren, indem er entweder BLASTp gegen die Toxin-Sequenz laufen lässt oder indem er die Toxindomänen mittels HMMER identifiziert. Im nichthomologie-basierenden Teil benutzt DBETH eine Maschine, die lernt einen Zugang zur Identifizierung potentieller Ökotoxine zu finden. ... [Information des Anbieters]
