Die Anfänge der DDBJ (DNA Data Bank of Japan) am National Institute of Genetics (NIG) reichen bis in das Jahr 1986 zurück. Seit Beginn fungiert DDBJ als eine der Internationalen DNA-Datenbanken, zu denen auch EBI in Europa und NCBI in den USA als die beiden anderen Mitglieder gehören. Folglich arbeiten wir mit diesen Datenbanken durch Austausch von Daten und Informationen sowie durch regelmäßig stattfindende Konferenzen zusammen. DDBJ ist die einzige DNA-Datenbank in Japan, die offiziell zum Sammeln von DNA-Sequenzen aus der Forschung und zum Ausgeben der international akzeptierten Accession Numbers zertifiziert ist. Wir sammeln primär Daten von japanischen Forschern, integrieren aber natürlich auch Daten von Forschern aus beliebigen anderen Ländern. Da wir die gesammelten Daten täglich mit EMBL/EBI und GenBank/NCBI abgleichen, weisen alle drei Datenbanken praktisch zu jeder Zeit denselben Datenbestand auf. Wir bieten weiterhin zahlreiche Tools für Recherche und Datenanalyse, die durch DDBJ und andere entwickelt worden sind. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Die DNAtraffic-Datenbank ist eine einzigartige, umfassende und ausführlich kommentierte Datenbank der Genomdynamiken während des Lebens einer Zelle. DNAtraffic enthält umfangreiche Daten zur Nomenklatur, Ontologie, Struktur und Funktion von Proteinen, die bei der Kontrolle der DNA-Integritätsmechanismen eine Rolle spielen. Diese Daten sind z.B. Chromatin-Remodelling, DNA-Reparatur und die Antwort auf DNA-Schäden von 8 Modellorganismen, die häufig in Studien zur DNA verwendet werden: Homo sapiens (Mensch), Mus musculus (Maus), Drosophila melanogaster (Fruchtfliege), Caenorhabditis elegans (Nematode), Saccharomyces cerevisiae (knospende Hefe), Schizosaccharomyces pombe (Spalthefe), Escherichia coli K-12, Arabidopsis thaliana (Acker-Schmalwand). DNAtraffic enthält vergleichende Informationen zu Krankheiten, die in Verbindung mit gefalteten menschlichen Proteinen stehen. Die Datenbank wird oft im Zusammenhang mit systematischen Informationen der Nomenklatur, Chemie und Struktur von DNA-Schäden und Drug-targeting Nukleinsäuren und/oder Proteinen, die in die Aufrechterhaltung der Genomstabilität involviert sind, zitiert. Eines der Ziele der Datenbank ist die Schaffung der ersten Plattform für die kombinatorische Komplexität der DNA-Metabolismus-Analyse. Sie enthält Illustrationen von Stoffwechselwegen, Schäden, Proteinen und Wirkstoffen. Da DNAtraffic designed wurde um ein großes Spektrum an wissenschaftlichen Disziplinen abzudecken, ist es großflächig mit einer Vielzahl von Datenquellen verknüpft. Die Datenbank ist frei erhältlich und kann nach Name des DNA-Netzwerkprozesses, DNA-Schaden, Protein, Krankheit und Wirkstoff durchsucht werden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Ensembl ist ein Gemeinschaftsprojekt von EMBL - European Bioinformatics Institute (EBI) und Wellcome Trust Sanger Institute (WTSI) zur Entwicklung eines Software Systems, das automatisch Annotationen von ausgewählten eukaryontischen Genomen erstellt und unterhält. Das Ensembl Project hat folgende Ziele: akkurate, automatische Analyse von Genomdaten, Analyse und Annotation gestützt durch aktuelle Daten, Präsentation der Analyse über das Web, Weitergabe der Analyse an andere bioinformatische Labore. Ensembl konzentriert sich auf die Genome von Vertebraten, aber andere Gruppen haben das System für die Arbeit mit Genomen von Pilzen und Pflanzen übernommen. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
The Eukaryotic Promoter Database is an annotated non-redundant collection of eukaryotic POL II promoters, for which the transcription start site has been determined experimentally. Access to promoter sequences is provided by pointers to positions in nucleotide sequence entries. The annotation part of an entry includes description of the initiation site mapping data, cross-references to other databases, and bibliographic references. EPD is structured in a way that facilitates dynamic extraction of biologically meaningful promoter subsets for comparative sequence analysis. (...) A eukaryotic promoter is defined as a DNA sequence around a transcription initiation site. The position reference to the initiation site is therefore the central part of a promoter entry. ... [Information of the supplier]
Das European Nucleotide Archive (ENA) speichert und veröffentlicht Informationen, die mit den experimentellen Arbeitsabläufen der Nukleotidsequenzierung zu tun haben. In der ENA-Datenbank werden alle Informationen, angefangen beim Input (Probe, Protokolle, Konfiguration der Geräte) über den Output des Sequenziergerätes (DNA-Sequenzen und Zusatzinformationen wie die Qualitätswerte) bis hin zu den Interpretationen der Analysen (Zusammenfügung der Sequenzen, Mapping und funktionelle Zuordnungen) hinterlegt. Die Daten erhält das ENA unter anderem von den größten europäischen Sequenzierzentren und durch Austausch mit anderen Partnerdatenbanken der International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). ENA besteht aus einer Vielzahl von Datenbanken, die die EMBL-Bank, das Sequence Read Archive (SRA) und das Trace Archive beinhalten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
FlyBase ist eine Datenbank genetischer und molekularer Daten von Drosophila. Flybase enthält Daten von allen Arten der Familie Drosophilidae. [Information des Anbieters, übersetzt]
GenBank(R) ist die Gensequenz-Datenbank der US-amerikanischen National Institutes of Health (NIH). GenBank ist eine annotierte Sammlung aller öffentlich zugänglichen DNA-Sequenzen (vgl. Nucleic Acids Research, 2011 Jan;39(Database issue):D32-7). Die Datenbank enthält in ihrem tradionellen GenBank-Hauptbestand zurzeit etwa 126 Milliarden Basen in 135 Millionen Sequenzen (April 2011). GenBank ist Teil der International Nucleotide Sequence Database Collaboration, welche aus der DNA DataBank of Japan (DDBJ), der European Molecular Biology Laboratory (EMBL), und GenBank am National Center for Biotechnology Information besteht. Diese drei Institutionen tauschen ihre Daten in täglichem Turnus aus. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Der "Gene Expression Omnibus" (GEO) ist ein öffentliches Repositorium für Daten zur funktionalen Genomik, das MIAME-konforme Datenlieferungen unterstützt. Es werden Array- und Sequenz-basierte Daten aufgenommen. Darüber hinaus werden den Benutzern Werkzeuge angeboten, um sie bei der Abfrage und beim Herunterladen von Experimenten und von Genexpressionsprofilen zu unterstützen. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Gene Weaver erlaubt es Anwendern phänotypspezifische Gen-Sets (Gene-Sets) über die Artgrenze hinaus, Gewebe und experimentelle Plattform zu integrieren. Gene-Sets können privat, zwischen Anwendern spezifischer Gruppen von Investoren und zwischen allen Anwendern gespeichert, geteilt und verglichen werden. Daten auf der Webseite sind in Sätzen von Genen oder Gen-Sets organisiert. Diese Sätze enthalten neben den Gen-Sets einige einfache Metadaten, wie Name, Beschreibung und Informationen zur Veröffentlichung. All diese Information kann gesucht werden, um den für Sie interessanten Satz zu finden. Phänotypdatensets können aus vielen verschiedenen Quellen stammen, einschließlich, aber nicht ausschließlich: Microarray-Expressions-Studien, Gene Ontology-Kategorien, Text Mining Tools, konservierten Modulen oder einfach aus einer Liste von Genen, die Sie interessant finden. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Genomes Online Database is a World Wide Web resource for comprehensive access to information regarding complete and ongoing genome projects around the world. GOLD provides the largest available and most detailed monitoring of genome sequencing projects. [Information of the supplier]
