Wir präsentieren die umfassende Sammlung von Homo sapiens-Modellen HOCOMOCO betreffend Transkriptionsfaktor(TF)-Bindungsmodelle; wir haben die Sammlung durch sorgfältige Integration von Daten aus verschiedenen Quellen generiert. HOCOMOCO enthält 426 nicht-redundante kuratierte Bindungsmodelle für 401 menschliche Transkriptionsfaktoren. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
“Multi-purpose Automated Genome Project Investigation Environment” (MAGPIE, http://magpie.ucalgary.ca/) ist ein Softwarepacket für die automatisierte Verwaltung und Präsentation von DNA- und Proteinsequenzen. MAGPIE filtert die Ergebnisse verschiedener Datenbanksuchergebnisse auf jede Sequenz (z.B. exprimierte Sequenz-Taqs, ESTs) oder Untersequenzen (z.B. offenes Leseraster, ORFs, in bakterieller genomischer DNA), und zeigt sie auf einer Zusammenfassungsseite, die Interpretationen der biologischen Rolle von Genen und Origins ermöglicht, an. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
MfunGD bietet eine Datensammlung zu annotierten Proteinen der Maus und zu deren Auftreten in Protein-Netzwerken. Die Annotation von Protein-Funktionen erfolgt unter Verwendung des "Functional Catalogue (FunCat) Annotation Scheme", welches ein hierarchisch strukturiertes Klassifikationssystem darstellt . [Information des Anbieters, übersetzt]
Die M-Phase, auch Zellteilung genannt, ist die wichtigste und fundamentalste Angelegenheit des eukaryotischen Zellzyklus. Nach der Replikation der Chromosomen während der S-Phase, werden die Schwester-Chromatiden getrennt und in die zwei Tochterzellen gleich aufgeteilt. Jede Tochterzelle erhält die durchschnittlichen und nötigen intrazellulären Komponenten und Organellen der Mutterzelle. Generell besteht die Zellteilung aus 6 Stufen, einschließlich Prophase, Prometaphase, Metaphase, Anaphase, Telophase und Cytokinese. Und die ersten 5 Schritte konstituieren die Mitose. Während der Mitose organisieren zahlreiche Proteine zu Super-Komplexen. Auch wenn bekannt ist, dass viele Proteine im Centromer, in den Kinetochoren und/oder den Intermediärkörperchen lokalisiert sind, gibt es keine integrierte Ressource auf diesem Gebiet. Deshalb haben wir hier alle solcher Proteine von 2 Pilzarten (S. cerevisiae und S. pombe) und 5 Tieren, einschließlich C. elegans, D. melanogaster, X. laevis, M. musculus und H. sapiens, gesammelt. Aus der verwandten Literatur von PubMed, wurde eine Vielzahl von Proteinen, die zumindest in einer der subzellulären Orte von Kinetochoren, dem Centrosom und den Intermediärkörperchen zu finden sind, manuell kuratiert. Um die Qualität der Daten, basierend auf „Sehen ist Glauben“, wurden diese Proteine eindeutig unter dem Fluoreszenzmikroskop untersucht. Danach wurde eine integrierte und suchbare Datenbank MiCroKit - Midbody, Centrosome and Kinetochore erstellt. Die MiCroKit-Datenbank ist die erste einheitliche Ressource um einen Großteil der identifizierten Komponenten und verwandten wissenschaftlichen Informationen zu Intermediärkörperchen, Centromer und Kinetochoren bereit zu stellen. Die Version 1.0 der MiCroKit-Datenbank wurde im November 2005 erstellt, und enthält 1,065 einzigartige Proteine. Die MiCroKit Version 2.0 wurde im Juni 2006, auf 1,120 Einträgen erweitert. Die aktuelle 3. Version der Datenbank wurde im Juli 2009 aktualisiert, und enthält 1,489 einzigartige Proteineinträge. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
Die Mausphänotyp-Datenbank (MPD; phenome.jax.org) charakterisiert Stämme von Labormäusen, um translationale Entdeckungen zu ermöglichen und in der Wahl der Mausstämme für experimentelle Studien zu assistieren. Wir sind eine Forschungsgruppe am Jackson Laboratory. Datensätze werden freiwillig durch Wissenschaftler von einer Vielzahl von Institutionen und mit verschiedenartigen Hintergründen zur Verfügung gestellt, oder manchmal durch uns aus öffentlichen Quellen zusammen getragen. MPD hat drei große Typen von stamm-spezifischen Datensätzen: Phänotyp-Stamm-Suche, SNP und Variationsdaten, und Genexpressions-Stamm-Überblicke. MPD sammelt Daten von klassischen durch Inzucht erzeugten Stämmen, wie auch jeden "fest-genomischen" Stamm und Derviate, die öffentlich durch öffentliche Forscher erworben werden können. Stämme können aus JAX-Mice oder jedem anderen Anbieter sein. Forscher, die einen diversen Satz von klassischen Stämmen testen wollen, sollten unsere MDP-Priotitäts-Stammsätze in Betracht ziehen. Aktuell subventionieren oder assistieren wir nicht bei der Beschaffung von Mäusen für Projekte. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Menschliche Transkriptionsfaktoren werden nach ihrer DNA-Bindedomäne klassifiziert. Die hier zur Verfügung gestellte Klassifizierung ist eine funktionierende Version, die gelegentlichen Änderungen, welche zur Diskussion gestellt werden, unterliegt. Eine robustere Version mit flexibler Visualisierung konnte mit Hilfe von Jürgen Dönitz' OBA-Server zur Verfügung gestellt werden. Darüber hinaus wird die Datenbank auch von der geneXplain Plattform genutzt und ist darüber ebenfalls zugänglich. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
PlasmoDB ist eine Genom-Datenbank für die Gattung Plasmodium, eine Gruppe von einzelligen, eukaryotischen Pathogenen, die in Menschen und Tieren Krankheiten einschließlich Malaria hervorrufen. [Information des Anbieters, übersetzt]
Das SEQanswers Wiki, welches sich mit Sequenzierung und Sequenzierungstechnologien beschäftigt, ist ein SemanticMediWiki (SMW), das von Mitgliedern der SEQanswers Community bearbeitet und erneuert wird. Das Wiki liefert einen umfangreichen Katalog von manuell kategorisierten Analyse Tools, Technologien und Informationen über Service Provider. In zwei Jahren hat die SEQanswers Community Seiten für über 400 Software Tools kreiert und diese mit ca. 350 Literatur Referenzen und 500 Weblinks assoziiert. SEQwiki besteht aus Daten über 578 bioinformatische Anwendungen, 484 Referencen und 753 URLs. ... [Information des Anbieters, übersetzt und verändert]
SEVENS fasst GPCR (G-Protein gekoppelte Rezeptor) Gene zusammen, die mit einer hohen Genauigkeit von 56 eukariotischen Genomen durch Pipeline Integrating und derartige Software wie Gene Finder, Sequenzüberlagerungs-Tools, Motiv- und Domänen–Verknüpfungs-Tools und Helix-Vorhersagern identifiziert wurden. Diese Datenbank liefert einen höheren Datenumfang als andere zurzeit verfügbare Datenbanken, die nicht nur exprimierte Sequenzen, sondern auch neu identifizierte Sequenzen, die noch nicht in in vivo Experimenten nachgewiesen werden konnten, obwohl sie definitiv auf der Genomesequenz existieren und nur auf die Möglichkeit warten ihre Funktion auszudrücken, enthalten sollten. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
Für das Erreichen eines besseren Verständnisses des Spleiß-Prozesses und seiner Funktionen ist, eine umfassende Kenntnis aller Faktoren des Spleißens von Proteinen und von RNA und ihrer Wechselwirkungen miteinander entscheidend. Ein großer Teil der relevanten Informationen ist in der Literatur vergraben oder in vielen unterschiedlichen Datenbanken verfügbar. Durch von Hand kuratierte Screenings von Literatur und Datenbanken haben wir experimentell bemessene Daten von 71 menschlichen RNA-bindenden, das Spleißen regulierenden Proteinen erfasst und sie in einer Datenbank namens "SpliceAid -F" organisiert. Diese Datenbank stellt für jeden Spleißfaktor (SF) seine funktionellen Domänen und seine Protein- und chemischen Interaktoren bereit. Außerdem haben wir experimentell validierte RNA-SF-Wechselwirkungen, einschließlich der relevanten Informationen zu den RNA -Bindungsstellen der Gene erfasst, also bestimmt wo diese liegen, ihre genomischen Koordinaten erfasst, die Spleiß Effekte bestimmt, experimentelle Verfahren festgehalten, sowie die entsprechenden Literaturangaben erfasst. ... [Information des Anbieters, übersetzt]
